Lab Meeting

聽完昨天lab meeting後、給奕宏的建議

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 (From google Groups/sflinlab2020) 覺得YH昨天的lab meeting slide整理進步許多，值得嘉許，請繼續保持、再精進~ 雖然還有DAVID/KEGG部分沒有報完，我想請奕宏以NCKU-OrCA-40TN (n=80) 這一組data，替代TCGA HNSC (n=526) 作類似分析，建議步驟如下 請至 ExpLog_2020_04 YHL區，取一個實驗代號，題目為Molecular subtyping of NCKU-OrCA-40TN by DeClust method NCKU-OrCA-40TN expression matrix 及 metadata 請由NHRI_NICR_R2-1211/2019_12_Xena…下載 expression matrix = exprs.0419.18047.txt metadata = clinical_features_20200610.txt 另有一筆R markdown file, 是我讀開這兩個txt檔的筆記供參。 請照昨天的作法，先run DeClut，看看這80個檢體可跑出幾個subtype 跑Estimate，了解每個檢體 stromal, immune, estimated tumor 分數。 跑CIBERSORTx. 這一次用Puram (就是昨天你show的head and neck scRNA-seq) ps 蔡博士講那一篇paper的三份slide雲端連結按我。 下週二因為TY要rehearsal JC paper, 所以再下ㄧ週 (07/07)，由你來報這邊的進度:-)

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睡覺前還是查一下mailbox, 還沒回音 (CAF index MS)… 明天家裡日曆的每日格言是…

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 Jun 23, 2020, 10:01:51 PM 「最困難的時候，就是離成功不遠的時候。」  睡覺去吧!  (31-3)+23=51d 賴亭羽<b002010033@gmail.com> Jun 24, 2020, 2:18:22 PM to sflinlab2020   (31-3)+23=51 d  <- (._.)? SFL<sflin1@gmail.com> Jun 25, 2020, 11:22:01 AM to sflinlab2020 (31-3)+25=53! 您嘛給我醒一醒…推推推… ___________________________________________________________ Jul 10, 2020, 2:23:30 PM Reviewer#2 名字揭曉! 原來是亭羽JC paper 團隊中，2017年J Exp Medicine的第一作者, 謝謝丹尼爾大大… Distinct Populations of Inflammatory Fibroblasts and Myofibroblasts in Pancreatic Cancer (PubMed

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第一份測試po文

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(From google Groups/sflinlab2020) 成功收到第一份 來自 Guest Forum 的測試文。 早上一直找不到「建立群組」按鈕，結果先在 @gmail.domain 建立一個新群組，邀請 @g.ntu加入，就成功了 a reply mail from lab account also works 先到 https://groups.google.com/forum/#!newtopic/sflinlab2020 論壇區發表主題  就可以開始玩… 賴亭羽<b002010033@gmail.com> Jun 23, 2020, 9:17:18 AM to sflinlab2020 玩…網站? 所以要貼主題的意思嗎? SFL<sflin1@gmail.com> Jun 23, 2020, 9:50:31 PM to sflinlab2020 Yes, post whatever you wish to discuss, record, or show-off here.

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D614G的最新進展

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被地震嚇醒，然後.. 找到知音了  一整個掃掉被地震嚇醒的擔憂，哈哈哈 原新聞連結如右 tinyurl.com/ya4ydkd3 The D614G mutation in the SARS-CoV-2 spike protein reduces S1 shedding and increases infectivity (bioRxive 06/12)Lizhou Zhang, Cody B Jackson, Huihui Mou, Amrita Ojha, Erumbi S Rangarajan, Tina Izard, Michael Farzan, Hyeryun Choe作者群名字看起來像中國人，其實是USA Scripps Research Institute # (old thought by SFL) 這個點與ACE2結合區離得蠻遠的，看得出來它自成一區，但卻無法猜出分子機轉。另外，D to G 似乎在演化上是理所當然之變… 06/15 原來要這樣講才對… https://youtu.be/Fvd-J1kIOYQ?t=31 # SARS-CoV2 # D614G

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Reviewer 3: It will be nice if you can share the codes… (CAF index MS)

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哎呦我的媽，醜醜的code見得了人嗎? Difference between R MarkDown and R NoteBook NoteBook多一個 .html檔，多麽邪魔 Daniel 太好了! 這一篇有望被接受! 我是安裝Gossamer bioinformatics suite (https://github.com/data61/gossamer)使用裡面的Xenome模組 (https://github.com/data61/gossamer/blob/master/docs/xenome.md) Xenome 我需要給一個workflow的 script file 裡面包含所有指令跟檔案路徑嗎? XenofilteR 應該可以直接給GitHub連結 (https://github.com/PeeperLab/XenofilteR) 對, 可以建立一個github account for this publication. 有兩種方式, 1, 直接fork (像給link, 可以追朔源頭) 別人的project, 2. 另外寫一套流程 python code for pipeline 把別人的程式碼放/包進來, 我之前都是一個個下指令, 沒有寫成腳本script 執行 這是我以前的github account …. :p  https://github.com/danielsu0523 都是直接implement成web application, Epimolas有放在江博士的github上

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LabLog-SFL

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LogID Title  Initial  Date AF001 Codebook for GA341 (= YJC AE538 = YMU RNA-seq on OKB2/S1F/THP1) SFL 10/21/15 AF002 Experimental sheme for AE592 (YMU RNA-seq GA416 and GA417) SFL 10/23/15 AF003 Codebook for GA417 SFL 11/3/15 AF004 Codebook for GA416 SFL 11/4/15 AF005 Codebook for Po-Ting SFL 11/5/15 AF006 Codebook for tidy 40T/N raw data

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The history of primary infection of EBV in keratinocytes

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2006/10 Molecular and cytogenetic changes involved in the immortalization of nasopharyngeal epithelial cells by telomerase (the link to NCBI) 2008/10/10 根據這一篇, 那送EBV進入NP460h-hTERT不就等同於把EBV關禁閉? 另外Dr.George Miller有篇在J.Virol.Methods(2006)的文章,看起來像是一位MD/PhD的學生做的。他以兩位IM病人血清(富含各種anti-EBV抗體)去分離經NaB處理過的P3HR1(HH514)細胞。分什麼呢?分那些在走lytic cycle和不被NaB活化的HH514。分下來後的細胞再送回去petri-dish養。結果發現走lytic cycle的細胞無一存活、而沒有induce的細胞可以再被養回來,而且induction rate隨著時間增加而增加。很有意思的一篇文章。George大學是學歷史的,非常會寫文章,邏輯性很強而且要言不贅,讀他的paper總覺得能做science真好。 2010/02  MTA_Signed_LinSF_NP460hTERT 2010/08 Epstein-Barr virus infection in immortalized nasopharyngeal epithelial cells: regulation of infection and phenotypic characterization (the link to NCBI) 2010/11 (YJC)AC301 To test the infectivity of Akata-p2089

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LabLog-柏廷篇

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LogID Title  Initial  Date AE801 Compare Serum folate concn in OPMD patient and summary MAF in SNPs of folate-mediated one carbon metabolism  PTL 2015/11/9 AE802 Calculate and compare the MAF of rs1801133 and rs1801131 from sample PTL 2015/11/13 AE803 Calculate and compare the MAF of rs2274976, rs1805087, rs1801394 and rs1979277 from sample PTL 2015/11/17 AE804 PTL AE805 PTL #1由 poting 在 三,

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