LogID Title Initial Date AF001 Codebook for GA341 (= YJC AE538 = YMU RNA-seq on OKB2/S1F/THP1) SFL 10/21/15 AF002 Experimental sheme for AE592 (YMU RNA-seq GA416 and GA417) SFL 10/23/15 AF003 Codebook for GA417 SFL 11/3/15 AF004 Codebook for GA416 SFL 11/4/15 AF005 Codebook for Po-Ting SFL 11/5/15 AF006 Codebook for tidy 40T/N raw data […]
LogID Title Initial Date AE801 Compare Serum folate concn in OPMD patient and summary MAF in SNPs of folate-mediated one carbon metabolism PTL 2015/11/9 AE802 Calculate and compare the MAF of rs1801133 and rs1801131 from sample PTL 2015/11/13 AE803 Calculate and compare the MAF of rs2274976, rs1805087, rs1801394 and rs1979277 from sample PTL 2015/11/17 AE804 PTL AE805 PTL #1由 poting 在 三,
IRB 問與答 2014年題庫 由 sufang 在 二, 06/09/2015 – 09:09 發表 Oral Cancer IRB Oral Cancer Su-Fang Lin <sflin1@gmail.com> Jun 5 Reply to 張書銘, 陳雅雯, 江士昇, 夏興國 Dear All, 我PP計畫的IRB審查回來了, 兩個reviewer都有一點問題. 總評皆為「修正後推薦」。想請問大家先前有沒有碰到類似的問題, 其正解為何? 先謝謝大家的幫忙! 之後如果大家不介意的話, 我們是不是把各自的問題集合在一起、弄成一本題庫? 具IRB同仁說 送出去的審委不一樣、同樣的申請件, 碰到的問題都不一樣。 Thanks again! Su-Fang (ext 35107) (餘刪, 見下6/8回覆) Ya-Wen Chen Jun 5 Reply to me, 張書銘, 江士昇, 夏興國 以下是我遇到的問題及回答, 素芳的問題與我的問題有相似, 重點是(簡易審查核對表)提及使用合法生物資料庫..簡易審查核對表我更改成接續前階段研究之後續資料分析(湘如建議). 委員A本研究係以成大醫院口腔癌組織進行相關研究，其第16頁(簡易審查核對表)提及，係使用合法生物資料庫，請主持人具體說明該檢體來自於成大醫院哪個生物資料庫?回覆：更改成: 僅限於接續前階段研究之後續資料分析 其所使用之檢體系匿名化或去連結化?回覆： 去連結化 第24頁(免研究參與者同意申請書)所附成大醫院兩份IRB證書之相關研究計畫主題，是否與本計畫主題相關?回覆：是, 本計畫是以HR-97-100
由 sufang 在 四, 06/04/2015 – 13:38 發表 Pre-published EVKV NGS 3552_2012_12_Whole genome sequencing of the Akata and Mutu Epstein-Barr virus (EBV) strains.pdf 3577_2011_11_Direct sequencing and characterization of a clinical isolate of Epstein-Barr virus from nasopharyngeal carcinoma tissue by using next-generation sequencing technology 3964_2014_02_Integrated mRNA and microRNA transcriptome sequencing characterizes sequence variants and mRNA–microRNA regulatory
Correlation of Smoking-Associated DNA Methylation Changes in Buccal Cells With DNA Methylation Changes in Epithelial Cancer JAMA Oncol. Published online May 14, 2015. doi:10.1001/jamaoncol.2015.1053 Andrew E. Teschendorff, PhD1,2; Zhen Yang, PhD2; Andrew Wong, PhD3; Christodoulos P. Pipinikas, PhD4; Yinming Jiao, MSc2; Allison Jones, BSc5; Shahzia Anjum, PhD5; Rebecca Hardy, PhD3; Helga B. Salvesen, MD6; Christina Thirlwell, PhD4; Samuel
2015/05 Methylation Marker Paper from JAMA Oncology Read More »
2016/105年待辦事項 由 sufang 在 三, 05/27/2015 – 08:45 發表 Pre-published Gene Fusion HOK Lin Lab Oral Cancer Paper Submission 宛樺: DDR1 overexpression in OSCC 嬿如: EBV Rta mediated DNA methylation in the host genome FGFR Gene Fusion related (玉蓮、奕宏) 1. FGFR2 gene fusion in cholangiocarcinoma (Post 連結) 2. FGFR3 gene fusion in oral cancer
RBBS由 sufang 在 三, 04/01/2015 – 09:00 發表 Pre-published RBBS 須細讀, 台大擬用此法screen HNSCC patients. Start: 04/01/2015
OSCC Cell Line STR information 20150312 更新版由 sufang 在 一, 03/30/2015 – 08:45 發表 Oral Cancer OSCC Cell Line STR analysis Dear all, 更新oral cancer相關細胞株之STR資訊共有16個細胞株, 其中DOK, FaDu, HOK, HSC-3, KB, OEC-M1, SCC-15, SCC-9, Tu-183(共9株)有送件STR的資訊(詳如附件)須請大家注意的資訊如下:1. HSC-3, 於Dr.郭靜娟’s lab的新HSC-3為真, 請非此來源者把舊的細胞扔了吧! (p.s Dr. 李岳倫於2014年7月及9月分別定的STR結果同新HSC-3, 推測亦為可用細胞株)2. KB, 於Dr.郭靜娟’s lab定STR結果為HeLa細胞, ATCC/JCRB資料庫也證明KB為HeLa. 請勿使用此細胞株!3. SCC-15, Dr.李岳倫’s lab 於2014年9月及10月分別定的STR結果皆與SAS細胞株相符(90.9% match), 使用此細胞株請小心!4. Tu-183, 於Dr.江士昇’s
OSCC Cell Line STR information 20150312 更新版 Read More »
由 sufang 在 五, 03/13/2015 – 08:29 發表 Pre-published 國長會議 長庚 國衛院長庚雙邊會議 2015/01/30 (五) at 林口長庚 王陸海: miR491-3p is responsible for oral cancer metastasis葉大森: bile duct cancer (miRNA 200下降), liver cancer (miRNA 200 上升，which is correlated with EMT)陳鈴津教授介紹 閻紫宸教授另外一個專長是 radio pharmatheutical research (新藥開發 GMP等等)———————–趙盈凱 副教授【胸腔外科】可吸收性生物醫材在食道癌之應用東方人食道癌 是由ABC引起的、西方的食道癌則多由胃食道逆流證實CCRT+Surgert is better therapy than just surgery-Big Database (2400 病人
3/6/2015 DR 提醒 1: Daw-Yang seems to use Clontech ds-cDNA prep for single cell Seq + Tagmentation 2: There is no way to add specific primer in this way… According to Daw-Yang: I will use Nexera XT for DNA prep. Figure 1 AMP for targeted RNA and DNA sequencing (pdf 4231). Double-stranded cDNA (dscDNA) synthesis
ds-cDNA prep for gene fusion detection Read More »