由 mmiiee 在 四, 04/03/2014 – 11:43 發表 LIN Lab 2016 LabLog mmiiee 小嬿
| LogID | Title | Initial | Date |
| AC001 | To test EBV DNA polymerase primer by Q-PCR (trial 2) | YJC | 3/21/10 |
| AC003 | Test induction efficiency of TW01-EREVp2089 clones by SB (trial 2) | YJC | 3/22/10 |
| AC004 | To detect EBV Rta level between EREV8 and NA cells after induction | YJC | 3/25/10 |
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| AE914 | DNMT1 IP test (Trial 2) (sample from AE911_1 RH6) | YJC | 12/16/15 |
| AE915 | mRNA expression levels of CTCF and DNMTs in Rta microarray. | YJC | 12/17/15 |
| AE916 | DNMT1 IP test (Trial 3) (sample from AE380_LD48, LC48) | YJC | 12/21/15 |
| AE917 | ChIP samples preparation (for DNMT1) | YJC | 12/25/15 |
| AE918 | YJC |
#1由 EVKVLIN 在 五, 12/12/2014 – 09:39 發表。
AE538 RNA-Seq analysis of AC-treated HOK cells_GA341
陳嬿如
To: Tze-Tze Liu
Cc: Su-Fang Lin,
To: Tze-Tze Liu
Cc: Su-Fang Lin
Dear 劉博士, 您好:
Mon, Nov 10, 2014 at 5:03 PM
我是國衛院癌研所林素芳老師的博士後研究員陳嬿如
在今年四月時, 有請您幫忙將計劃編號NSC101-2325-B002-059的經費核銷了8個ChIP-seq的核心使用費, 但 樣本⼀一直還未寄送給您
由於我畢業了, 研究方向也稍做改變, 因此想將這批經費改送8個mRNA-seq, 請問這樣經費的使用上是否足夠? 而最近是否方便送件呢?
若樣本濃度為200 ng/ul, total 10 ug 是否足夠呢?
另外, 寄件部分是否使用乾冰寄送就可以了? 親自送件的話, 最遲幾點送達您實驗室較好呢? 除此之外是否有其他需要注意的地方呢?
感謝您, 並請不吝指教!
由於我畢業了, 研究方向也稍做改變, 因此想將這批經費改送8個mRNA-seq, 請問這樣經費的使用上是否足夠? 而最近是否方便送件呢?
若樣本濃度為200 ng/ul, total 10 ug 是否足夠呢?
另外, 寄件部分是否使用乾冰寄送就可以了? 親自送件的話, 最遲幾點送達您實驗室較好呢? 除此之外是否有其他需要注意的地方呢?
感謝您, 並請不吝指教!
敬祝 研安 陳嬿如 敬上
037-246-166 ext 35122
Tze-Tze Liu
To:
Cc: Su-Fang Lin,
To:
Cc: Su-Fang Lin
於 2014/11/10 下午 05:03, 陳嬿如 提到: Dear 劉博士, 您好:
Fri, Nov 14, 2014 at 11:29 AM
我是國衛院癌研所林素芳老師的博士後研究員陳嬿如
在今年四月時, 有請您幫忙將計劃編號NSC101-2325-B002-059的經費核銷了8個 ChIP-seq的核心使用費, 但樣本⼀一直還未寄送給您
由於我畢業了, 研究方向也稍做改變, 因此想將這批經費改送8個mRNA-seq, 請問這樣經費的使用上是否足夠? 而最近是否方便送件呢?
在今年四月時, 有請您幫忙將計劃編號NSC101-2325-B002-059的經費核銷了8個 ChIP-seq的核心使用費, 但樣本⼀一直還未寄送給您
由於我畢業了, 研究方向也稍做改變, 因此想將這批經費改送8個mRNA-seq, 請問這樣經費的使用上是否足夠? 而最近是否方便送件呢?
早期 ChIP-seq 由於無法做 sample barcode,每個樣品要跑⼀一個 lane,核銷經 費有 628,000,這筆費用現在 可以做較多 ChIP 及 RNA 樣品的定序。
1. 如果做 8 個 poly-A mRNA library preparation (NT$10,400*8=83,200), Illumina pair-end 2*100 bp sequencing 2lane(NT$94,500*2=189,000),合計NT$272,200,每個樣品的序列筆數約50millionreads 左右。
2. 如果做 8 個 rRNA depleted RNA library preparation (NT$14,200*8=113,600), Illumina pair-end 2*100 bp sequencing 2lane(NT$94,500*2=189,000),合計NT$302,600,每個樣品的序列筆數約50millionreads左 右。⼀一般如果想看 non-coding RNA (miRNA 除外) 可以選擇用 rRNA depleted RNA sequencing,但是 seq read 可能會有 30-50% 是⼀一些 signal recognition particle RNA (eg. RN7SL1, RN7SL2 etc.),與 poly-A mRNA sequencing 相較需要較多的 reads 做分析。
若樣本濃度為200 ng/ul, total 10 ug 是否足夠呢?
RNA 最好以 DNase I 處理,避免 DNA 汙染干擾後面的資料分析。total RNA 200 ng/ul, total 10 ug 足夠,如
RNA 最好以 DNase I 處理,避免 DNA 汙染干擾後面的資料分析。total RNA 200 ng/ul, total 10 ug 足夠,如
1 of 3 12/12/14 9:02 AM
Gmail – 再次請教送件問題 https://mail.google.com/mail/u/0/?ui=2&ik=d85e4b4e1a&vi…
果樣品準備好就可以用乾冰寄來/送來,我們下午 6:30 前都有人在。如果採快遞寄件的話請避免星期五寄,以 免星期六無人收件。
抱歉! 延遲回覆。如有問題請與我聯絡,謝謝
孜孜
Tze-Tze Liu (劉孜孜)
Genome Research Center National Yang-Ming University Taipei, Taiwan 11221
Genome Research Center National Yang-Ming University Taipei, Taiwan 11221
Tel: 886-2-2826-7318 Fax: 886-2-2825-0305 e-mail: ttliu@ym.edu.tw
tze@pmf.tw
——————————
陳嬿如 Thu, Nov 27, 2014 at 3:47 PM To: Tze-Tze Liu
Cc: Su-Fang Lin, 英潔
Cc: Su-Fang Lin
Dear 劉博士, 您好:
我們已將樣品準備好,於今日(11/27)下午用黑貓冷凍宅急便寄送給您,預計明天(11/28)中午前抵達,再請您 幫忙注意有沒有收到
這次送件有8個樣品,預定做 8 個 rRNA depleted RNA library preparation (NT$14,200*8=113,600)和Illumina pair-end 2*100 bp sequencing 4 lane (NT$94,500*4=378,000),合計NT$491,600,這個計算方式是否正確? 在經費和實驗材料上的運用會不會造成您的不便?
這次送件有8個樣品,預定做 8 個 rRNA depleted RNA library preparation (NT$14,200*8=113,600)和Illumina pair-end 2*100 bp sequencing 4 lane (NT$94,500*4=378,000),合計NT$491,600,這個計算方式是否正確? 在經費和實驗材料上的運用會不會造成您的不便?
非常感謝您通融我們能夠繼續運用這筆經費, 希望沒有造成您太大的困擾 若有任何問題再麻煩您與我連絡
實驗室電話: (037)246-166 分機35122
手機: 0958813027
實驗室電話: (037)246-166 分機35122
手機: 0958813027
敬祝 研安 陳嬿如 敬上
Dear 劉博士,
不好意思, 想再請教⼀一下, 若希望每個樣品都有100M reads, 所以⼀一個lane跑兩個樣本, 不知道這樣的算法是否 正確?
感謝您
感謝您
嬿如 敬上
Tze-Tze Liu
To:
Cc: Su-Fang Lin,
To:
Cc: Su-Fang Lin
於 2014/11/27 下午 03:47, 陳嬿如 提到: Dear 劉博士, 您好:
Fri, Nov 28, 2014 at 7:08 PM
我們已將樣品 準備好,於今日(11/27)下午用黑貓冷凍宅急便寄送給您,預計明天(11/28)中午前抵達,再請 您幫忙注意有沒有收到
這次送件有8 個樣品,預定做 8 個 rRNA depleted RNA library preparation (NT$14,200*8=113,600)和 Illumina pair-end 2*100 bp sequencing 4 lane (NT$94,500*4=378,000),合計NT$491,600,這個計算方式 是否正確?在經費和實驗材料上 的運用會不會造成您的不便?
這次送件有8 個樣品,預定做 8 個 rRNA depleted RNA library preparation (NT$14,200*8=113,600)和 Illumina pair-end 2*100 bp sequencing 4 lane (NT$94,500*4=378,000),合計NT$491,600,這個計算方式 是否正確?在經費和實驗材料上 的運用會不會造成您的不便?
樣品已收到,我們下星期先做 RNA QC,如果 RNA 品質好的話就會排入實驗。費用的計算正確,2 個樣品跑 paired-end 會有 100-150 reads。
孜孜
Tze-Tze Liu AttachmentsDec 3 (9 days ago)
to 陳嬿如, me, 英潔
to 陳嬿如, me, 英潔
嬿如，
所送 8 RNA 樣品 QC 檢查如附件，所有樣品 RIN > 8，我們會排入實驗做 library。
孜孜