cBIO cBIO database is one browser of Cancer Genome Anatomy Projects (CGAP).This project is supported by NIH and NCI that 20 cancer types will analyse with Copy-number (Array-CGH), mRNA expression (RNA-seq), mutation (NGS), and DNA methylation status between clinical tumor samples and adjust normal tissues. Now, there are 7 type of cancers that have finished this project and can […]
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Dear all: 附檔是我下禮拜要報告的paper，題目是: Transforming Fusions of FGFR and TACC Genes in Human Glioblastoma。 請大家多多指教了，謝謝各位。
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Progress Report 1. 欲觀察CTCF是否在EBV/KSHV的潛伏期中扮演repressor的角色:a) 利用shRNA-lentivirus infection方式knockdown CTCF expression五天之後, 發現病毒RNA/protein表現量上升, 存在於細胞中及release到上清液的的病毒DNA copies也變多. –> shCTCF clone B情況較特殊, 將mix其他三個clone的病毒液再觀察一次結果 –> viral transcripts/protein可多看BMRF1, K-bZIPb) 將CTCF表現質體送入細胞中表現3天, 發現病毒RNA/protein表現量沒有變化, 存在於細胞中及release到上清液的病毒DNA copies變化也不大 –> 調整細胞濃度做DNA transfection再觀察一次 2. 利用ChIP方式觀察EBV Rta表現是否影響CTCF結合於病毒基因體的能力. 初步結果可觀察到Dox-48hr細胞中, CTCF binding量比non-induction少; 而Rta除了binding在已知的RRE之外, 在目前所偵測的DNA片段上也都有Rta的訊號. –> EREV8的ChIP訊號都比ERKV弱, 需要多加確認 –> ChIP所得DNA量太少, 將做些調整以提高所得DNA濃度
0919 Lab Meeting-YJC Read More »
分析akata EGFP-EBV感染NP460hTert之後會發生什麼事 :1.調整很多條件使感染率提高。2.Rta及下游基因，以及Zta RNA皆在病毒感染後的細胞有偵測到。3.但是用WB及IFA仍無法偵測到病毒蛋白質的表現，目前仍在確認中。
1.為了補強DDR1 paper的圖表，重新做了shAXL, shDDR1, shEGFR, shFGFR3的實驗，發現它們對OSCC細胞的生長抑制作用(WST-1 assay)有程度上的差異，其中DDR1在48h對細胞的抑制平均而言可達三成左右。2.取OEC-M1為cell model，證實Glivec可以降低DDR1 auto-phosphorylation之程度。3.Collagen type IV處理的HOK及TW2.6細胞中，可見及DDR1表現量增加，其餘細胞的相關實驗則由小夏幫忙檢測中。
Dear all: 今天晚上剛好看到的BBC NEWS，繼六杯咖啡長壽之後，每天七杯茶會讓男性攝護腺癌機率上升（抖），paper是發在 journal Nutrition and Cancer上的，有找到原文我再貼來。WTF…不能淡定的喝茶了=.=~
Male tea drinkers ‘at greater risk of prostate cancer’ Read More »