January 2012

01/11 Lab Meeting-小嬿

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進度報告 1. 為避免viral genome的干擾, 將系統換回TW01TetLuc及TW01TetER_16. 比較Dox處理6, 24, 48小時, CTCF binding在H19 ICR及c-Myc P2 promoter位置的量. Q-PCR結果顯示在兩個細胞中24小時CTCF結合在H19 ICR量比6小時多,並且在48小時下降; 在P2 promoter的位置, Luc細胞在三個時間點的結合量相近, ER細胞在24小時結合量上升, 48小時下降. 但, 兩組CTCF結合位置在Luc組細胞都比ER組來得多 –>加做Ctrl-6hr觀察Luc/ER兩組細胞的background差異 2. 整理過去paper報導CTCF在EBV/KSHV genome上的binding sites(CBS) –> EBV genome上約有20個位點, KSHV約有10個位點, 兩者的胃點有些有相似 –> 先focus在LCR, K-RTA/BZLF1 promoter, 及OriLyt等位置, 準備設計primers

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1/5 Lab Meeting-ingrid

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製備以下表現質體以供濁水溪公司代製兔子多株抗體 (全部已clone成功)(1) pGEXHis_cZ :已送出代製抗體。(2) pGEXHis_ER_Q320stop and pGEXHis_ER_L550stop(3) pGEXHis_KR_E600stop and pGEXHis_KR_Q658stop(4) pGEXHis_BALF3(2)(3)(4)除pGEXHis_ER_L550stop尚未表現，其餘在BL21表達蛋白質皆不明顯增多，且皆比預測值大約6-8kDa。目前採取的策略如下(1) 使用未開封的LB/BHI或跟其他實驗室要一點LB來做control(2) 表現蛋白質時，Amp濃度提高至200ug/ml，IPTG濃度降至0.1或0.5mM，加IPTG前應養約3-5小時直到OD600=0.6，同時使用DH5α作表現。(3) 做BL21及DH5α的competent cell林同學的論文中提及她用的ER1-320中(Dr. Miller提供，疑是B95-8 strain)很多Arg皆已被突變掉，包括Arg83、86、88、89及90，在我們MABA strain，這些位置皆是Arg。另外根據PWW的紀錄，二者的核酸序列有10個不同處，但只有2個amino acid不同。

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