(from groups.google.com/News Dashboard) (treasureCollection)
◉收件者：treasureCollection@googlegroups.com
◉如題。
◉原來要進入第二行才算「內容」
◉你嘛幫幫忙…
◉還有，只有舊版才能進行編輯嗎?
2020/10 (?)
Dear老師您好:
我是清大生物科技所博士班六年級學生-劉奕宏，想邀請您參加我的論文進度報告，題目是：
「口腔癌相關纖維母細胞之分子亞型研究」(Molecular subtypes of oral cancer associated fibroblasts)
我的指導教授是清大楊嘉鈴老師及國衛院林素芳老師。
近年來利用單細胞轉錄體定序技術(scRNA-seq)，證實至少有兩種不同亞型的腫瘤相關纖維母細胞(CAFs)存於多類常見癌症之腫瘤微環境中，分別稱為inflammatory CAF (iCAF)和myofibroblastic CAF (myCAF)，它們與病人手術及化療之預後息息相關。
最近我們實驗室利用轉錄體定序分析(RNA-seq)技術，在不同的口腔癌細胞異種移殖(xenograft)組織中，也發現兩類基因表現迥然不同的CAF。藉由多種生物資訊軟體及與最新文獻交叉比對，我們發現與iCAF相近的宿主基質細胞(stromal cell)，表現出許多和血管新生及發炎反應相關的路徑; 而與myCAF相近的基質細胞則在特殊幾類外基質 (ECM) 和基質金屬蛋白酶 (MMP) 有顯著的表現。之後，學生將進行含免疫組織染色等功能性實驗加以驗證。
懇請老師撥冗前來參加我的進度報告並指導未來論文研究方向。
下面是九月份的日曆表，請老師註記您「無法」出席的時間。等我一交集好所有老師可以的時間後，會儘速跟老師們報告，以做最後的確認。 再次感謝您的幫忙!
祝您???
2020年底或2021年初 CA Seminar-Progress Report
Slide 1 大家好 很高興今天輪到我們實驗室做進度報告 主要題目是跟cancer-associated fibroblasts 相關 (縮寫為CAF)
Slide 2 大家知道大部分的腫瘤都是漸進性，且相當heterogeneous (異質性很高)，以全球頭頸癌病患為例，由出現不正常增生到invasive cancer (圈出OPMD→ NCKU)，估計要6~8年的時間，且許多實驗室透過各種omics技術，找到腫瘤組織中的致癌分子並試著釐清致癌機轉。
Slide 3 近五年來，最令人興奮的是這一種，single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq)，它帶來前所未有的高解析度、直接分析臨床檢體、因此證實或釐清許多之前 in vitro, ex vivo, 及動物實驗的結果。我這邊列出幾篇常見腫瘤的scRNA-seq論文，包括我們所上聚焦的頭頸癌及胰臟癌。不過，容許我先介紹這一篇，keratinocyte的生命週期。
Slide 4 這是UCSF一個研究團隊，提出的正常上皮細胞會歷經的七個階段，包括三個basal keratinocytes (BK) 三個differentiated keratinocytes (DK) 及中間的mitotic stage. 每個stage 表現哪些基因，哪些pathway會被調升和調降，都藉由他們分析了22,000多顆來自人體組織的上皮細胞而得到答案。舉例而言，stage 4 (他們稱為mitotic stage) 之細胞，清清楚楚的表現DNMT1, EZH2, H2A.Z等chromatin enzymes, modifiers都集中於這個階段表現。而這個情形，以我們用bulk-RNA-seq是分不出來的，我們看到的是所有七個stage混在一起的結果。
Slide 5 這一張slide要跟大家分享 剛剛提到2017年head and neck scRNA-seq分析結果，很幸運的他們是做oral cancer，取了18例檢體其中包括5例matched lymphnode mets， RNA-seq的結果。主要發現有二，第一，組織中的stroma gene expression 包括CAF及T cell，可能大大干擾之前TCGA subtyping結果，依照他們新的分子亞型gene matrix，絕大數(>70%)應稱為malignant-basal，其它剩下的為classical及atypical。第二，malignant-basal type tissue又分兩種，一種是我們過去一直說的EMT，而另一種則是 partial-EMT (+ for SNAI2)，而parital 與過去所說的collective migration非常相似。
Slide 6 這張想說明CAF及T Cell是oral cancer tissue中stroma的大宗。
Slide 7 這一張是David Tuvesion group以scRNA-seq分析臨床PDAC及KPC老鼠腫瘤組織的Figure 4，重要發現發現有二: 第一，confirm之前報告 除 B, T cell大量減少以外，其他部分KPC小鼠的腫瘤組成與人類具高度相似性，這張是KPC小鼠腫瘤組組織12種細胞 marker genes列表; (2) 不管是人、或是老鼠PDAC均存在3種CAF, 分別是inflammatory CAF, myobibrobalst CAF, and antigen presentation CAF.
也就是簡稱看有關我的報告主要分三個部分第一部分是講有關我們最近出來三對ericko lim用A4印出來的細胞株他的出入的分析結果哪個部分就是要談到我們用