劉柯的4NQO老鼠與40T/N交叉比對部分

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由 sufang 在 六, 06/28/2014 – 15:59 發表 Oral Cancer 4NQO Oral Cancer

說在前頭: 目前我拿的還是Illumina normalized的”group” data. 這和江博前次所提，做過SVA1的M0, M1, M2, M3稍稍不同。等江博轉好他的data給我，我會儘快送入Molas，到時就可reconfirm大家心目中有興趣的基因/pathway在兩組資料中有 沒有差很大。
所以，我再囉唆一次，因為看了下面兩個圖後，我把stage 2的資料先不加入分析，因此僅看 stage 0, stage1, stage 3, stage 4的基因變化趨勢，共篩出543個基因，也就是Pathway Book v1中的”mouse model”部份。

開始敘述分析結果:
  1. DDR1在這個可愛的老鼠model中，表現量也是和staging有關: 1171 -> 1256 -> 1730 ->1829 算它1.5x上升，40T/N中是1.61x!  哈哈哈 哈哈哈哈……
  2. ENO1: 1680 -> 2294 -> 2321 -> 3443.2, 平均1.7x。(工商服務: 四月初胰臟組同仁認為ENO1是CSC marker之一 日前po文按我)
  3. NOTCH1: 414 -> 406 -> 306 -> 326, 平均0.86x。
  4. HIF1a: 199 -> 276 -> 418 -> 560, 平均2.43x。
  5. TGFB1: 211 -> 202 -> 232 -> 308, 平均1.29x。
  6. CDKN2A: 119 ->164 -> 175 -> 434, 平均2.55x。なぜ
  7. TP53 (Trp53): 390 -> 436 -> 422 -> 509, 平均1.21x。
  8. TP63 (Trp63): 2407 -> 2653 -> 3761 -> 5508, 平均1.89x。
  9. NFE2L2 (Nrf2): 407 -> 612 -> 537 -> 426, 平均1.32x。
  10. ACTA1 (alpha actin): 35553 -> 34640 -> 32987 -> 34378 , 平均0.95x。
 
Tryptone metabolism (KEGG maps):
*40T/N: ALDH1B1 (2x); IDO1 (3.39x); IL4I1 (4.71x); TDO2 (10.1x); AOX1 (0.45x); INMT (0.5x); MAOB(0.35x)
*mouse: Aox4 (0.53x); Inmt (0.66x)
 
Protein digestion and absorption (KEGG maps and excel breakdown):
—分析到這裡時 (好複雜啊)，赫然想到老鼠部份應該以STG4/STG0比較類似40TN中的average TN fold。總的而言，老鼠的OSCC組織雖開始有collagen deposition, 但未若40TN中那麼嚴重。
*40TN: COL1A1 (3.14x), COL7A1 (3.63x), COL12A1 (2.88x), LOX(1.54x), LOXL1(4.49x), LOXL2(2.59x), SLC3A2(2.43x), SCL7A8(4.56x), basement membrane collagens (COL4s)
*mouse: Col1a1 (1.69x), Col7a1 (4.18x), Col12a1 (3.12x), Lox (1.84x)
 
ECM-receptor interaction (KEGG maps and excel):
仔細進去看之後，40TN與mouse兩邊都上升的有AGRN, COL1A1, ITGA3, LAMA3, LAMB3, LAMC2, SDC1, SPP1 (OPN); 兩邊都下降的有TNXB. COL4A5在40TN 5.35x, 在mouse model中為0.59x, 後者造成KEGG map上圖是藍色的。
 
到底Focal adhesion上升是有什麼生理意義?
40T/N再這個pathway看起來有許多基因產生變化 但有的上去、有的下來，暫時理不出頭緒。
40TN與mouse兩邊都上升的有COL1A1, ITGA3, LAMA3, LAMB3, LAMC2, SHC1, SPP1, SRC; 兩邊都下降的有TNXB.
 
Cell adhesion molecules (KEGG map and excel):
40TN和老鼠model都上升的有CD80, CD276(B7H3), CDH3, SDC1。都下去的有CLDN, 但subtype不相同。另外，40TN中PD-L1 (CD274, 3.41x)和CTLA4 (CD152, 3.71x)都明顯上升，不過4NQO老鼠這邊還看不到有變化。
另外，KEGG這裡有很完善的cell–cell adhesions, including:
Immune system: APC–T cell, CTL–Target cell, Helper T–B cell, Endothelial–Endothelial, Leukocyte–Platelet, Platelet–Endothelial
Neural System: Presynaptic–Postsynaptic, Growth cone–Axon, Schwann–axon, Schwann cells (myelin), Myelin-Axon, Oligodendrocyte
Other Systems: Epithelial cell–Epithelial cell, Pigment–Non-pigment, Myoblast–Myoblast
 
Notch signaling pathway (KEGG maps): 強力比較的結果，鎖定NOTCH1, JAG2, MAML系列，並須和GO中的NOTCH, cell differentiation配着看較有力。
 
Differentiation:
PTK and PI3K:
Cell cycle:
p53 signaling pathway:
Retinol metabolism:
06/28/2014

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