(From google Groups/sflinlab2020) 成功收到第一份 來自 Guest Forum 的測試文。 早上一直找不到「建立群組」按鈕，結果先在 @gmail.domain 建立一個新群組，邀請 @g.ntu加入，就成功了 a reply mail from lab account also works 先到 https://groups.google.com/forum/#!newtopic/sflinlab2020 論壇區發表主題 就可以開始玩… 賴亭羽<b002010033@gmail.com> Jun 23, 2020, 9:17:18 AM to sflinlab2020 玩…網站? 所以要貼主題的意思嗎? SFL<sflin1@gmail.com> Jun 23, 2020, 9:50:31 PM to sflinlab2020 Yes, post whatever you wish to discuss, record, or show-off here.
被地震嚇醒，然後.. 找到知音了 一整個掃掉被地震嚇醒的擔憂，哈哈哈 原新聞連結如右 tinyurl.com/ya4ydkd3 The D614G mutation in the SARS-CoV-2 spike protein reduces S1 shedding and increases infectivity (bioRxive 06/12)Lizhou Zhang, Cody B Jackson, Huihui Mou, Amrita Ojha, Erumbi S Rangarajan, Tina Izard, Michael Farzan, Hyeryun Choe作者群名字看起來像中國人，其實是USA Scripps Research Institute # (old thought by SFL) 這個點與ACE2結合區離得蠻遠的，看得出來它自成一區，但卻無法猜出分子機轉。另外，D to G 似乎在演化上是理所當然之變… 06/15 原來要這樣講才對… https://youtu.be/Fvd-J1kIOYQ?t=31 # SARS-CoV2 # D614G
哎呦我的媽，醜醜的code見得了人嗎? Difference between R MarkDown and R NoteBook NoteBook多一個 .html檔，多麽邪魔 Daniel 太好了! 這一篇有望被接受! 我是安裝Gossamer bioinformatics suite (https://github.com/data61/gossamer)使用裡面的Xenome模組 (https://github.com/data61/gossamer/blob/master/docs/xenome.md) Xenome 我需要給一個workflow的 script file 裡面包含所有指令跟檔案路徑嗎? XenofilteR 應該可以直接給GitHub連結 (https://github.com/PeeperLab/XenofilteR) 對, 可以建立一個github account for this publication. 有兩種方式, 1, 直接fork (像給link, 可以追朔源頭) 別人的project, 2. 另外寫一套流程 python code for pipeline 把別人的程式碼放/包進來, 我之前都是一個個下指令, 沒有寫成腳本script 執行 這是我以前的github account …. :p https://github.com/danielsu0523 都是直接implement成web application, Epimolas有放在江博士的github上
Reviewer 3: It will be nice if you can share the codes… (CAF index MS) Read More »
LogID Title Initial Date AF001 Codebook for GA341 (= YJC AE538 = YMU RNA-seq on OKB2/S1F/THP1) SFL 10/21/15 AF002 Experimental sheme for AE592 (YMU RNA-seq GA416 and GA417) SFL 10/23/15 AF003 Codebook for GA417 SFL 11/3/15 AF004 Codebook for GA416 SFL 11/4/15 AF005 Codebook for Po-Ting SFL 11/5/15 AF006 Codebook for tidy 40T/N raw data
2006/10 Molecular and cytogenetic changes involved in the immortalization of nasopharyngeal epithelial cells by telomerase (the link to NCBI) 2008/10/10 根據這一篇, 那送EBV進入NP460h-hTERT不就等同於把EBV關禁閉? 另外Dr.George Miller有篇在J.Virol.Methods(2006)的文章,看起來像是一位MD/PhD的學生做的。他以兩位IM病人血清(富含各種anti-EBV抗體)去分離經NaB處理過的P3HR1(HH514)細胞。分什麼呢?分那些在走lytic cycle和不被NaB活化的HH514。分下來後的細胞再送回去petri-dish養。結果發現走lytic cycle的細胞無一存活、而沒有induce的細胞可以再被養回來,而且induction rate隨著時間增加而增加。很有意思的一篇文章。George大學是學歷史的,非常會寫文章,邏輯性很強而且要言不贅,讀他的paper總覺得能做science真好。 2010/02 MTA_Signed_LinSF_NP460hTERT 2010/08 Epstein-Barr virus infection in immortalized nasopharyngeal epithelial cells: regulation of infection and phenotypic characterization (the link to NCBI) 2010/11 (YJC)AC301 To test the infectivity of Akata-p2089
The history of primary infection of EBV in keratinocytes Read More »
LogID Title Initial Date AE801 Compare Serum folate concn in OPMD patient and summary MAF in SNPs of folate-mediated one carbon metabolism PTL 2015/11/9 AE802 Calculate and compare the MAF of rs1801133 and rs1801131 from sample PTL 2015/11/13 AE803 Calculate and compare the MAF of rs2274976, rs1805087, rs1801394 and rs1979277 from sample PTL 2015/11/17 AE804 PTL AE805 PTL #1由 poting 在 三,
2014/11/12 OPMD IRB: 基因檢測是以單核苷酸多態性（single nucleotide polymorphism, SNP）為主，特別是會影響酵素功能的功能性（functional）SNP與在亞洲人當中比較重要的SNP。SNP的檢測將採用Taqman allele discrimination的方式1。 首先，把DNA的濃度標準化為15ng/µL。然後，在96孔盤裡分別加入84位不同研究對象的DNA與試劑的混合液（2µL=30ng DNA in a 25µL reaction）、8個陽性對照及4個陰性對照，預計共需要24個96孔盤來完成所有研究對象（N=2000）每一個SNP的檢測。接著，把96孔盤放置在Applied Biosystem 7500 real time PCR（Foster City, CA）進行資料的讀取。每一個SNP的檢測將會經過幾個步驟的品質管制：a. 以對照組的檢測資料來評估Hardy-Weinberg disequilibrium，p值<0.01的SNP將被排除。b. Allele 的頻率將與the International Hapmap Project（www.hapmap.org)2 的中國人的基因資料來做比較。c. 偵測頻率（call rate）< 95%的SNP將被排除。d. 10%的DNA樣本將被重覆檢測來評估檢測的準確度。 1. de Kok JB, Wiegerinck ET, Giesendorf BA, Swinkels DW. Rapid genotyping of single nucleotide polymorphisms using
TOP-OCC and TOP-OCD Read More »
#1由 sufang 在 一, 08/03/2015 – 15:34 發表。 請修改一下AE443題目, 謝謝 Prepare 90 pairs(T/N) DNA and 48 pairs(T/N) RNA samples 應改成 Aliquot TLCN samples (90 T/N DNA and 48 T RNA) to KMUH 刪除 編輯 回應 #2由 EVKVLIN 在 二, 05/12/2015 – 09:19 發表。 2014/10/6 Ideogram results Ideograms ppt file can be downloaded from here. 刪除 編輯
2008/09/03 Lab Meeting心得彙整 1.一週三天有固定時間不能做實驗,會不會太沒效率了?來和與星期二下午的大瞇合辦怎麼樣? 就是說當天不在大瞇報的二個人就在小瞇報. 小瞇就排在大瞇前一小時,也就是一點或一點半和SFL討論.這樣一來平均每種meeting(被瞇得昏昏欲睡了吧)就是二個星期報一次. SFL昨天確實有被擊垮的感覺 （還是太久沒好好靜坐了?）2. RAZ 最早是小Kenney和飄魄的Pagano發現的.這個實驗室和英俊的Sergeant有進一步探討 3. Transcriptional activation 與 轉錄因子phosphorylation 正相關之例子搜尋4. 低溫長時或高溫短時對GST-N600/GST-Q658之水溶性影響, KR OGlcNAc 最後一張圖待補5. CKI與老化 (ERKV與PI3Ki/CKI) 6. Failure in 293/green EBV (DNA from ingrid or CGU) 2008/09/16 Lab Meeting 心得彙整 CCL:亞硝胺stock分裝成小包裝,每次拿一瓶aliquot出來用,用完即扔不重複使用. 請再做一次Dox (5 ng/ml) alone,24~72小時的提引(若細胞夠再加入亞硝胺部份(0.05 ug/ml)的實驗組). 預期的EAD expression kinetics 請參照白板上心瑋/小嬿之powerpoint列印檔.謝謝. 2008/12/02 Lab Meeting 心得彙整 Team-work部份結果已出爐, 正商請李老師幫忙分析中。綜合目前western結果,小丸子的二批檢體都有 wash-off現象,小蓮的檢體正以EV、KV downstream protein來確定標示問題。等確立完成後再來萃取RNA。Ingrid的兩批則較沒有wash-off現象,原因不明。另一批要抽RNA的檢體是沒有 dox的control。小結:Team-work–>Perfect!看來我們會得到一張相當不錯的地圖的。很振奮耶,米那桑。 2008/12/16
#1由 ingrid 在 三, 01/14/2015 – 16:52 發表。 RT-qPCR protocol #2由 ingrid 在 一, 01/05/2015 – 16:57 發表。 用GAPDH當internal control #3由 ingrid 在 一, 12/22/2014 – 16:18 發表。 arecoline-oral keratinocytes RT-qPCR相關的結果 送去做RNA-seq的OKB2細胞的RNA，做了3次RT-qPCR，但結果似乎都不如預期，只選擇一次結果放上去。 #4由 sufang 在 六, 01/10/2015 – 20:32 發表。 Nature. 2015 Jan Nature. 2015 Jan 8;517(7533):170-3. doi: 10.1038/nature14029. Glutathione activates virulence gene expression of an intracellular