Lab Meeting

TOP-OCC and TOP-OCD

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2014/11/12 OPMD IRB: 基因檢測是以單核苷酸多態性（single nucleotide polymorphism, SNP）為主，特別是會影響酵素功能的功能性（functional）SNP與在亞洲人當中比較重要的SNP。SNP的檢測將採用Taqman allele discrimination的方式1。 首先，把DNA的濃度標準化為15ng/µL。然後，在96孔盤裡分別加入84位不同研究對象的DNA與試劑的混合液（2µL=30ng DNA in a 25µL reaction）、8個陽性對照及4個陰性對照，預計共需要24個96孔盤來完成所有研究對象（N=2000）每一個SNP的檢測。接著，把96孔盤放置在Applied Biosystem 7500 real time PCR（Foster City, CA）進行資料的讀取。每一個SNP的檢測將會經過幾個步驟的品質管制：a.    以對照組的檢測資料來評估Hardy-Weinberg disequilibrium，p值<0.01的SNP將被排除。b.    Allele 的頻率將與the International Hapmap Project（www.hapmap.org)2 的中國人的基因資料來做比較。c.    偵測頻率（call rate）< 95%的SNP將被排除。d.    10%的DNA樣本將被重覆檢測來評估檢測的準確度。 1.    de Kok JB, Wiegerinck ET, Giesendorf BA, Swinkels DW. Rapid genotyping of single nucleotide polymorphisms using […]

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LabLog-奕宏篇

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#1由 sufang 在 一, 08/03/2015 – 15:34 發表。 請修改一下AE443題目, 謝謝 Prepare 90 pairs(T/N) DNA and 48 pairs(T/N) RNA samples  應改成  Aliquot TLCN samples (90 T/N DNA and 48 T RNA) to KMUH 刪除   編輯   回應 #2由 EVKVLIN 在 二, 05/12/2015 – 09:19 發表。 2014/10/6 Ideogram results Ideograms ppt file can be downloaded from here. 刪除   編輯

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心得彙整暫存區

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2008/09/03 Lab Meeting心得彙整 1.一週三天有固定時間不能做實驗,會不會太沒效率了?來和與星期二下午的大瞇合辦怎麼樣? 就是說當天不在大瞇報的二個人就在小瞇報. 小瞇就排在大瞇前一小時,也就是一點或一點半和SFL討論.這樣一來平均每種meeting(被瞇得昏昏欲睡了吧)就是二個星期報一次. SFL昨天確實有被擊垮的感覺 （還是太久沒好好靜坐了?）2. RAZ 最早是小Kenney和飄魄的Pagano發現的.這個實驗室和英俊的Sergeant有進一步探討 3. Transcriptional activation 與 轉錄因子phosphorylation 正相關之例子搜尋4. 低溫長時或高溫短時對GST-N600/GST-Q658之水溶性影響, KR OGlcNAc 最後一張圖待補5. CKI與老化 (ERKV與PI3Ki/CKI) 6. Failure in 293/green EBV (DNA from ingrid or CGU) 2008/09/16 Lab Meeting 心得彙整 CCL:亞硝胺stock分裝成小包裝,每次拿一瓶aliquot出來用,用完即扔不重複使用. 請再做一次Dox (5 ng/ml) alone,24~72小時的提引(若細胞夠再加入亞硝胺部份(0.05 ug/ml)的實驗組). 預期的EAD expression kinetics 請參照白板上心瑋/小嬿之powerpoint列印檔.謝謝. 2008/12/02 Lab Meeting 心得彙整 Team-work部份結果已出爐, 正商請李老師幫忙分析中。綜合目前western結果,小丸子的二批檢體都有 wash-off現象,小蓮的檢體正以EV、KV downstream protein來確定標示問題。等確立完成後再來萃取RNA。Ingrid的兩批則較沒有wash-off現象,原因不明。另一批要抽RNA的檢體是沒有 dox的control。小結:Team-work–>Perfect!看來我們會得到一張相當不錯的地圖的。很振奮耶,米那桑。 2008/12/16

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LabLog-Ingrid篇

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#1由 ingrid 在 三, 01/14/2015 – 16:52 發表。 RT-qPCR protocol #2由 ingrid 在 一, 01/05/2015 – 16:57 發表。 用GAPDH當internal control #3由 ingrid 在 一, 12/22/2014 – 16:18 發表。 arecoline-oral keratinocytes RT-qPCR相關的結果 送去做RNA-seq的OKB2細胞的RNA，做了3次RT-qPCR，但結果似乎都不如預期，只選擇一次結果放上去。 #4由 sufang 在 六, 01/10/2015 – 20:32 發表。 Nature. 2015 Jan Nature. 2015 Jan 8;517(7533):170-3. doi: 10.1038/nature14029. Glutathione activates virulence gene expression of an intracellular

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Biomax tissue microarray informations

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Dear老闆: 這是tissue microarray的網址 http://www.biomax.us/tissue-arrays/Head_and_Neck/ 我挑了一下 (case多及有附normal control的) Bladder: BL2081 (203 cases) US. 455 BL802 (80 cases) US. 255 (兩片有60個cases重複) 建議買BL2081 Head and neck, oral cavity: Old: OR2081 (98 cases) US.455 (仍有trial等級 US.150) BC34011 (24 cases) US.140, HN811 (27 cases) US.215 New: HN483 (48 cases) US.165  (與OR2081有1個cases重複) HN803a (80 cases) US.255  (與OR2081有4個cases重複) 建議OR2081 trial等級+ HN803a 給你參考              

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20140115 Lab meeting-小丸子

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1. 整理與Harvard Skin Disease Research Center Dr.Rheinwald購買之細胞株培養方法 2. 試著釐清Src與DDR1的活性之關聯性: 過去研究指出(1)Src innibitor會抑制collagen I induced DDR1的活性(2)Src會與p-DDR1有交互作用 我的結果指出(1)imatinib處理會抑制Src的活性 (2)比較不同株細胞Src的活性與DDR1的活性似乎有相關 (3)加入Src innibitor會影響OEC-M1中DDR1與Src的交互作用(此現象在TW2.6不明顯) (4)加入Src innibitor 對於OSCC細胞生長的抑制影響不是很明顯(1uM濃度, 48小時) 3. 整理過去發現Collagens處理後DDR1,ITG..等mRNA level增加的例子, 結論為大多條件均在serum free下進行, 因此會嘗試改變為這樣條件去觀察在keratinocytes中處理Collagens對DDR1及ITGs mRNA level的影響 4. QPCR的CT值差異約要載1.5-2以上 以終產物跑agarose gel 才看的出來差異

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2013/12/11 Lab Meeting- 小夏

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A. IP結果1. AE316: 1) KR跟DNMT3b有很強的interaction; 2) ER/gZ跟三個DNMT都有interaction。 2. AE326: KR跟DNMT3b有interaction, ER沒有; ER與KR和DNMT3a都有interaction (雖然ER大於KR, 但KR本身的量也較少, 若補回來可能差不多)。 3. IP將Focus在DNMT3a與Flag-Luc, ER, KR間的Interaction情形。 B. To screen IFNG induced-IDO1 expression 1. 各個OSCC細胞間的IDO1表現應好好的跑在一起公平比較，在AE324中無法下定論。 2. AE324: IFNG can induce IDO1 expression in OSCC cells. 3. AE342: 參考Dr.洪明秀實驗室Wenchy的實驗方法，觀察OSCC在IFNG處理之下的細胞狀況(e.g., Cell rounding, Cell arrest, Cellular senescence, Cell death).

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