由 EVKVLIN 在 四, 04/10/2014 – 13:29 發表 Pre-published BrCa Gene Fusion NGS patient history #1由 sufang 在 二, 04/15/2014 – 11:15 發表。 最終版 新加入三例NGS data後、聖堯重新計算FPKM (normalization), 所得結果再灌入Molas中。 http://molas.iis.sinica.edu.tw/ntuh_brca/ (account: ntuh_brca, password word does not change)
Patient history of 19 NTU Breast Cancer Read More »
林佩瑩 Apr 8 (1 day ago) to Shine-Gwo, 張憶壽, Shih, 李家惠, 林素芳, 李岳倫, 陳雅雯, 劉滄梧, 洪文俊, 張書銘, 劉柯俊, 張光裕, 陳立宗 Dear all, 所長提供之” MicroRNA expression profiling in laryngeal carcinoma” 轉知本所口腔癌研究團隊 PI 存參 MICRO ribonucleic acid expression profiling and bioinformatic target gene analyses in laryngeal carcinoma 敬祝 研安! 佩瑩 從: LTCHEN [k153chen@gmail.com]寄件日期: 2014年4月8日 上午 06:16至:
所長來函 FW: MicroRNA expression profiling in laryngeal carcinoma Read More »
LTCHEN Apr 7 (2 days ago) Reply to Kelvin, hung1228, 施能耀 Shih), 劉柯俊 Liu), 顏伶汝, 林素芳, PonDear ALL:We need such close collaboration for the exchange of idea, resource and material in order to speed up data and paper/patent generations! Thanks!LT ChenPS: SF, Have your FGFR2 mRNA ready? 在 2014/4/7 下午10:22 時， Kelvin K. Tsai
所長來函: Increased ENO1 positive cells in pancreatic cancer CSCs Read More »
LabMeeting-小夏由 EVKVLIN 在 一, 04/07/2014 – 10:30 發表 LIN Lab 2016 LabMeeting natsumi 小夏 2008/09/16 Lab Meeting 心得彙整小蓮:sip21/sip27 其實都蠻成功的.請再repeat一次這組實驗(去掉gapdh後共六個sample,seeding sample時細胞數目要算對,記住搖勻(前後左右,而非順/逆轉, wagada?)si轉染部份照舊,五個要加Dox,Dox加後6~9天內做綠染) Pusa bless you. 2008/09/23 Lab Meeting 心得彙整小蓮:微調ERKV/rapa調件,重複HONE1/ER transient transfection (除了western外, wst-1會重做嗎?),還有,我們算講完了嗎? 2008/10/14 Lab Meeting 心得彙整 小蓮: Rapamycin對ERKV似乎有正向作用,黃老師建議思考mTOR可能是宿主細胞反制病毒活化的機制之一, 現在block住它,virus活化得較高興.這是很有意思的論點,要記住. siRNA繼續調條件中,HONE1補作ER實驗似乎okay. Slide做得很好(可是最後一張圖下方忘了加lane number,加上去就可與左邊說明相乎應). Good. 2008/10/21 Lab Meeting 心得彙整 小蓮:HONE-1 transient transfection的rH2AX及actin待補齊,也期待paper被review得順利☺。 mTOR pathway對ERKV reactivation似乎是抑制作用而非加成。建議再跑一、二片新膠確定p70S6K有被抑制、KR/p21/p27/ER有沒有出來(用NTU的抗 體,因為1ng/ml的Dox24h可提引出的Rta可能不多。原來那片blot,請留給下週BioRad新機demo時用flag染,配套他們的超強 ECL試劑和儀器,看做得出來嗎)。 si-p21/p27部份保持這一次INTERFERin三天,然後dox三天的步驟(L2K同樣條件下似乎toxicity較強一些)。另一盤 duplicate留做老化綠染用(Good)。Hoeffer
2008/09/03 Lab Meeting心得彙整 1.一週三天有固定時間不能做實驗,會不會太沒效率了?來和與星期二下午的大瞇合辦怎麼樣? 就是說當天不在大瞇報的二個人就在小瞇報. 小瞇就排在大瞇前一小時,也就是一點或一點半和SFL討論.這樣一來平均每種meeting(被瞇得昏昏欲睡了吧)就是二個星期報一次. SFL昨天確實有被擊垮的感覺 （還是太久沒好好靜坐了?）2. RAZ 最早是小Kenney和飄魄的Pagano發現的.這個實驗室和英俊的Sergeant有進一步探討 3. Transcriptional activation 與 轉錄因子phosphorylation 正相關之例子搜尋4. 低溫長時或高溫短時對GST-N600/GST-Q658之水溶性影響, KR OGlcNAc 最後一張圖待補5. CKI與老化 (ERKV與PI3Ki/CKI) 6. Failure in 293/green EBV (DNA from ingrid or CGU) 2008/09/16 Lab Meeting 心得彙整 CCL:亞硝胺stock分裝成小包裝,每次拿一瓶aliquot出來用,用完即扔不重複使用. 請再做一次Dox (5 ng/ml) alone,24~72小時的提引(若細胞夠再加入亞硝胺部份(0.05 ug/ml)的實驗組). 預期的EAD expression kinetics 請參照白板上心瑋/小嬿之powerpoint列印檔.謝謝. 2008/12/02 Lab Meeting 心得彙整 Team-work部份結果已出爐, 正商請李老師幫忙分析中。綜合目前western結果,小丸子的二批檢體都有 wash-off現象,小蓮的檢體正以EV、KV downstream protein來確定標示問題。等確立完成後再來萃取RNA。Ingrid的兩批則較沒有wash-off現象,原因不明。另一批要抽RNA的檢體是沒有 dox的control。小結:Team-work–>Perfect!看來我們會得到一張相當不錯的地圖的。很振奮耶,米那桑。 2008/12/16
#1由 ingrid 在 三, 01/14/2015 – 16:52 發表。 RT-qPCR protocol #2由 ingrid 在 一, 01/05/2015 – 16:57 發表。 用GAPDH當internal control #3由 ingrid 在 一, 12/22/2014 – 16:18 發表。 arecoline-oral keratinocytes RT-qPCR相關的結果 送去做RNA-seq的OKB2細胞的RNA，做了3次RT-qPCR，但結果似乎都不如預期，只選擇一次結果放上去。 #4由 sufang 在 六, 01/10/2015 – 20:32 發表。 Nature. 2015 Jan Nature. 2015 Jan 8;517(7533):170-3. doi: 10.1038/nature14029. Glutathione activates virulence gene expression of an intracellular
#1由 EVKVLIN 在 二, 05/12/2015 – 15:07 發表。 2014/05/20 IFA assay for p-gH2AX(S139) in dox-treated 293TetER AE703 Immunofluorescence assay for p-gH2AX(S139) in dox-treated 293TetER 5/6 Seed 1X10^5/6-well in 22mmx22mm coverslip 5/7 add Dox50ng/ml 5days 5/12 Immunofluorescence assay –> Fix with A. 100% iced MeOH -20degreeC 5min (3片NC,3片Dox) B. 2% paraformaldehyde RT10min (2片NC,2片Dox) ==> to test the fix condition (AE702) 5/15 Fixed
由 mmiiee 在 四, 04/03/2014 – 11:43 發表 LIN Lab 2016 LabLog mmiiee 小嬿 LogID Title Initial Date AC001 To test EBV DNA polymerase primer by Q-PCR (trial 2) YJC 3/21/10 AC003 Test induction efficiency of TW01-EREVp2089 clones by SB (trial 2) YJC 3/22/10 AC004 To detect EBV Rta level between EREV8 and NA cells
關於EBV infection的實驗, 以下是我的構想, 歡迎大家提供意見討論! 目前預訂 2014/04/03 recover NP460hTert2014/04/07 seed cells / concentrate virus2014/04/08 infection以上 #1由 ingrid 在 五, 04/11/2014 – 10:22 發表。 部分結果出爐 #2由 ingrid 在 一, 04/28/2014 – 16:39 發表。 Rta蛋白質在EBV感染OKB2後有表現出來喔!! #3由 sufang 在 一, 04/28/2014 – 16:46 發表。 讚! 濁水溪的Zta抗體好嗎? 我們沒有4F10了嗎? 同理，Argene的Rta比濁水溪的Rta好嗎? 張堯老師對我們的homemade Rta抗體真是讚不絕口。 #4由 ingrid 在 一, 05/05/2014 – 14:41 發表。 重新strip後，Zta抗體(4F10)及濁水溪的Rta皆沒有band。 #5由 mmiiee 在 一, 04/28/2014 – 16:41 發表。 AC619_film 附上之前做HEK293
關於CCND1 promoter由 EVKVLIN 在 二, 04/01/2014 – 14:52 發表 EBV and KSHV CTCF Rta senescence03/25/2014 Dear 嬿如， 昨天張堯老師來電說第一次做出來的DAPA結果竟然與他們預測的不一樣 -> Rta binds to both the wild-type and the RRE mutated probes!所以我與他要了sequence來看看可能的解釋是什麼. (上次K156A的結果，有測CCND1嗎? Rta是直接結合到這個promoter上嗎? thank you)———————03/26/2014Dear Dr. Lin, 上次K156A的結果在CCND1上也不是很明顯(EREV8中wild type : K156A= 0.7: 0.76, 而在ERKV中為0.87: 1.21) (如附件Fig.1) 在CCND1 promoter上的potential RRE, 我是用5′-GNCC(N9)GGNG-3’預測出來的在張堯老師所設計的probe片段中沒有其他位置有GNCC(N8-N10)GGNG或是CC(N9)GG等選擇但是DAPA結果顯示Rta還是bind此段序列, 所以我猜core element的條件可能要更鬆一點我試用另一個序列來預測RRE(如附件Fig. 2)用interval region為8 bp的motif來搜尋probe片段, 則會發現CBS上可能有potential