寄送SW780 RNA給長庚及行動基因陳華鍵
由 sufang 在 五, 02/13/2015 – 15:20 發表 Cholangiocarcinoma GeneFusion
From: SuFang Lin [mailto:sflin1@gmail.com] Sent: Friday, January 30, 2015 2:06 PM
To: angel945@cgmh.org.tw
Subject: this is SuFang’s email
To: angel945@cgmh.org.tw
Subject: this is SuFang’s email
Dear Dr. 趙:
This is my email. I will prepare ~510 micrograms RNAs from SW780 cells for
This is my email. I will prepare ~510 micrograms RNAs from SW780 cells for
your control. Please let me know to whom and to where should I sent. Thanks!
Best, SuFang
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Angel Chao Fri, Jan 30, 2015 at 2:49 PM To: SuFang Lin
Cc: 蔡佳龍, knoxtn@cgmh.org.tw
Cc: 蔡佳龍
Dear Prof. Su‐Fang,
Thank you very much indeed for your prompt e‐mail. Dr. Tsai (蔡佳龍博士)will give you the details for RNA transfer to our lab. Thanks again and nice meeting you at this fruitful CGMH‐NHRI meeting.
Regards, Angel
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蔡佳龍 Fri, Jan 30, 2015 at 4:16 PM To: Angel Chao
Cc: SuFang Lin, 王子豪醫師
Cc: SuFang Lin
林老師您好: 非常感謝您願意提供給我們SW780 cell RNA
由於RNA運送須以乾冰低溫運送比較麻煩 不知能否冒昧的跟老師要SW780 cell, 以常溫運送 我們培養後再自行抽取RNA 比較不佔用您的助理太多時間
再次感謝老師的幫忙 敬祝
研安
蔡佳龍敬上 桃園市龜山區復興街五號
林口長庚醫院兒童醫療大樓J棟3樓婦產部實驗室 蔡佳龍
電話:0332812008738或8784
電話:0332812008738或8784
[Quoted text hidden]
SuFang Lin Fri, Jan 30, 2015 at 5:10 PM To: 蔡佳龍
Cc: Angel Chao, 王子豪醫師
Cc: Angel Chao
Dear 佳龍:
因為我們實驗室主要是做頭頸癌, SW780膀胱癌細胞當初是養幾代抽完RNA後就 沒有再maintain, 所以送細胞和送RNA是一樣得用乾冰的. 另外是 SW780我是和人 要來的, 得要再寫信去國外友人處問可不可以分讓,有MTA問題, 反而比較麻煩。
乾冰運送RNA我有經驗、事實上半年前高醫有人跟我要SW780 RNA,目的與你們 一樣,也是當positive control, in which the results looked good. 所以我才有信心 跟趙醫師說沒問題.倒是FGFR3的fusion partner很多、即便同一個partner 斷點 也不同, 因此若欲以RTPCR 方式篩選的話, 這點要小心.
Best,
SuFang
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SuFang
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蔡佳龍
To: SuFang Lin
Cc: Angel Chao, 王子豪醫師
To: SuFang Lin
Cc: Angel Chao
林老師您好: 謝謝的您幫忙與提醒
再麻煩老師了 謝謝您
佳龍敬上
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SuFang Lin Tue, Feb 3, 2015 at 2:48 PM To: 蔡佳龍
Cc: 英潔YCK, 玉蓮YLC
Cc: 英潔YCK
Dear 佳龍,
一切順利的話我們應該明天星期三就可寄出冷凍包裹, 我們會請黑貓宅急便送, 標
一切順利的話我們應該明天星期三就可寄出冷凍包裹, 我們會請黑貓宅急便送, 標
示貨到付款, 寄到 桃園市龜山區復興街五號
林口長庚醫院兒童醫療大樓J棟3樓婦產部實驗室 這樣子OK嗎? 對了,可能還需要填你們實驗室電話. 謝謝!
Best, SuFang
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蔡佳龍 Tue, Feb 3, 2015 at 2:55 PM To: SuFang Lin
Cc: 王子豪醫師, 趙安琪醫師
Cc: 王子豪醫師
林老師您好: 我們實驗室的電話
0332812008784或8738 我的手機0975510816 再次感謝您的幫忙
佳龍敬上
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蔡佳龍
To: SuFang Lin Cc: 王子豪醫師
To: SuFang Lin
Wed, Feb 4, 2015 at 7:27 AM
林老師您好: 我本身是在長庚醫院基因體核心實驗室工作,主要以affymetrix晶片研究基因體
的變化。
目前affymetrix新晶片human transcriptome array (HTA)號稱可以偵測alternative splicing與fusion gene。不知能否跟老師多要些sw780 RNA(10ug)讓我們可以測 試晶片能力,我們也會將晶片資料與老師分享。
再次麻煩老師
目前affymetrix新晶片human transcriptome array (HTA)號稱可以偵測alternative splicing與fusion gene。不知能否跟老師多要些sw780 RNA(10ug)讓我們可以測 試晶片能力,我們也會將晶片資料與老師分享。
再次麻煩老師
謝謝您的幫忙 佳龍敬上
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SuFang Lin Wed, Feb 4, 2015 at 8:45 AM To: 蔡佳龍 , 王子豪醫師
Bcc: 玉蓮YLC
Bcc: 玉蓮YLC
Dear 佳龍,
其它cell line的RNA可以嗎? 昨天我們有多分出一管OSCC cell line TW2.6的RNA (10 ug 多一點點). TW2.6也有fusion gene, 但不是FGFR3, 而是一個receptor protein tyrosine phosphatase.
因為我們習慣讓分裝好的RNA過夜冷凍, 隔天再寄. 所以要給你們的SW780 RNA昨 天已分裝好冰回. Tenug 分一點過去做FGFR3的RTPCR, 剩下的做HTA應該很足 夠喔! How do you think?
SuFang
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王子豪 ReplyTo: 王子豪
Dear Dr. Lin:
Wed, Feb 4, 2015 at 9:20 AM
Thanks for the reply. If you permit, we will analyze the SW780 RNA with HTA microarrays too and report the results to you as soon as we get them.
Best regards, TzuHao
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SuFang Lin Wed, Feb 4, 2015 at 9:36 AM To: 王子豪
Cc: 蔡佳龍
Bcc: 英潔YCK, 玉蓮YLC
Cc: 蔡佳龍
Bcc: 英潔YCK
Dear Dr. Wang,
Are you talking about MTA thing? 據我所知, SW780的 gene fusion至少有兩篇
Are you talking about MTA thing? 據我所知, SW780的 gene fusion至少有兩篇
paper都有發表了, 所以我覺得OK.
上週佳龍問我要cells時,那就會有concern,因為我也是跟友人要來的,要分讓給 你們, 我的習慣是還會請你們跟他簽一次MTA. 想說如果只是做control, 給RNA就 可避掉這些麻煩啊.
Thus, go ahead and use both TW2.6 and SW780 RNA for your HTA analysis. 各 10ug 應該夠吧, 還是你們需要更多, 那我們就要再回溶一次SW780, 延遲到明天 寄 > Which is also fine with us.
Best, SuFang
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柯英潔 Wed, Feb 4, 2015 at 4:35 PM To: “hcchen@actgenomics.com”
Cc: 林素芳, 陳玉蓮
Cc: 林素芳
陳博士您好
今天下午已經將RNA樣本用黑貓冷凍寄送給您 預計明天中午前會收到 請依照以下步驟沉澱RNA使用
每管約為12ug RNA溶於formamide,體積20ul,根據以往經驗沉澱後回收約80% 以上,因此最後會得到約10ug的RNA。
沉澱步驟為
1. add 1/10V 3M sodium acetate
沉澱步驟為
1. add 1/10V 3M sodium acetate
2. add 3V EtOH(Merck), mix well 3. 20°C O/N
4. 14500rpm, 15min
5. 70% EtOH(cold) 100ul wash 6. 14500rpm, 6min
4. 14500rpm, 15min
5. 70% EtOH(cold) 100ul wash 6. 14500rpm, 6min
7. Dry pellet
8. Resuspend in RNasefree H2O 9. Nanodrop
8. Resuspend in RNasefree H2O 9. Nanodrop
如有任何問題再跟我聯繫
謝謝
柯英潔 分機35122 林素芳老師實驗室 癌症研究所 國家衛生研究院
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Hua Chien Chen (陳華鍵)
To: 柯英潔
Cc: 林素芳, 陳玉蓮 , “Bernett Hsu (徐安)”
To: 柯英潔
Cc: 林素芳
Dear 英潔
謝謝你寄來的 RNA 以及後續處理相關資訊,我會請公司同仁依此實驗流程操
謝謝你寄來的 RNA 以及後續處理相關資訊,我會請公司同仁依此實驗流程操
Wed, Feb 4, 2015 at 4:45 PM
作。謝謝!
陳華鍵
[Quoted text hidden]
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柯英潔 Wed, Feb 4, 2015 at 4:48 PM To: “Hua Chien Chen (陳華鍵)”
Cc: 林素芳, 陳玉蓮 , “Bernett Hsu (徐安)”
Cc: 林素芳
陳老師您好
我想再補充二點
1. RNA在formamide中很穩定,如果還沒要往下做,直接丟 80C冰箱冷凍起來。 2. 步驟中,20度沉澱只需要1小時以上即可
1. RNA在formamide中很穩定,如果還沒要往下做,直接丟 80C冰箱冷凍起來。 2. 步驟中,20度沉澱只需要1小時以上即可
柯英潔 分機35122
林素芳老師實驗室
癌症研究所
國家衛生研究院
林素芳老師實驗室
癌症研究所
國家衛生研究院
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Hua Chien Chen (陳華鍵)
To: 柯英潔
Cc: 林素芳, 陳玉蓮 , “Bernett Hsu (徐安)”
To: 柯英潔
Cc: 林素芳
Dear 英潔
寄來的 RNA sample 已收到了 謝謝!
寄來的 RNA sample 已收到了 謝謝!
陳華鍵
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