0919 Lab Meeting-YJC

Progress Report

1. 欲觀察CTCF是否在EBV/KSHV的潛伏期中扮演repressor的角色:
a) 利用shRNA-lentivirus infection方式knockdown CTCF expression五天之後, 發現病毒RNA/protein表現量上升, 存在於細胞中及release到上清液的的病毒DNA copies也變多.
 –> shCTCF clone B情況較特殊, 將mix其他三個clone的病毒液再觀察一次結果
 –> viral transcripts/protein可多看BMRF1, K-bZIP
b) 將CTCF表現質體送入細胞中表現3天, 發現病毒RNA/protein表現量沒有變化, 存在於細胞中及release到上清液的病毒DNA copies變化也不大
 –> 調整細胞濃度做DNA transfection再觀察一次

2. 利用ChIP方式觀察EBV Rta表現是否影響CTCF結合於病毒基因體的能力. 初步結果可觀察到Dox-48hr細胞中, CTCF binding量比non-induction少; 而Rta除了binding在已知的RRE之外, 在目前所偵測的DNA片段上也都有Rta的訊號.
 –> EREV8的ChIP訊號都比ERKV弱, 需要多加確認
 –> ChIP所得DNA量太少, 將做些調整以提高所得DNA濃度