06/01 Lab Meeting-小嬿

1. 設計12個target gene的CTCF binding site primers. 初步用ERKV及Raji的genomic DNA測試primer, 九組較佳, 三組較弱, 一組沒有p出來. –>後面這四組primer會再做進一步確認condition
2. 利用IP觀察CTCF是否跟Rta有interaction. IP CTCF後有抓到Rta, 但其抓到的量與Dox induction與否沒有關係(偽Rta?). (使用ICON的blocking reagent後, IgG的band有比較乾淨.)
3. 利用Thermo的fraction kit區分TW01TetER-19細胞的cytosol及nuclear protein. PARP1及CTCF乾淨地位於核內; Rta, p53, H3在cytosol有殘留; GAPDH及a-tubulin主要在質; 怪的是PCNA大部分在細胞質.

–>1. 這篇paper指出位於質內的PCNA具有anti-apoptosis的效用(in neutrophil), 或許這是TW01細胞可以serum starvation還如此快樂的原因之一. (而一點點的PCNA在核內就夠DNA replication 用?或大部分細胞在G1 phase, PCNA不用進核工作)
–>2. 試試沛文的fractionation方法
–>3. 試試IP Flag, 看CTCF是否會被抓下來