二期癌症缺口計畫2015

2015.01.15(W4) 11:00 am­ 口腔癌缺口計畫會議
總計畫中文: 針對台灣口腔癌前病變惡性轉化開發快速診斷與有效化學預防之整合研究
總計畫英文: Rapid diagnosis and effective chemoprevention for malignant transformation of oral potentially malignant disorders in Taiwan  
  
計畫編號: MOHW103-TDU-212-114005
三月中旬舉行第二次meeting, 討論期中報告繳交.
#1由 sufang 在 五, 05/29/2015 – 13:22 發表。

100例病人葉酸濃度紀錄 謝謝高醫、謝謝奕淇

2015/05 (n=20)

#2由 mmiiee 在 二, 04/14/2015 – 09:09 發表。

口腔癌缺口計劃2015/4/8會議記錄

口腔癌缺口計劃2015/4/8會議記錄
日期: 2015年4月8日 (星期三)
時間: 10:00-12:30 am
地點: 竹南院區 研究大樓2樓 R2-2031會議室
出席人員: (出席人員以螢光筆標示之)
江士昇 助研究員李岳倫 助研究員林佩瑩 副管理師林素芳 副研究員
夏興國 助研究員張書銘 副研究員、郭靜娟 副研究員、陳奕淇 計劃助理
陳雅雯 助研究員陳嬿如 博士後研究員、張憶壽 研究員、劉柯俊 副研究員
劉滄梧 副所長 (依姓名筆畫排序)
目前工作事項追蹤報告:
  1. 請於4/10(五)前繳交期中報告。預計五月下旬有計劃審查會。
  2. 經費:目前規畫可動用經費的2/3(約150萬元)
  1. 收案耗材相關所需費用(250例檢體)約58萬元
  2. 支付高醫人事耗材費用20萬元
  3. RNA-seq of tissue samples所需費用約45萬元
  4. small RNA seq of saliva samples實驗所需費用約為25萬元
è 總共148萬元
è 尚有中山附醫的檢體處理費用和IRB審查費待報(金額待中山病理部確認)
  1. IRB審核相關:
  1. 高醫、奇美、成大醫院的IRB皆已通過
  2. NHRI的IRB缺少成大醫院、奇美醫院醫師的IRB時數和參與計劃人員之保密切結書,待收集完成後可再次送審
  3. 中山附醫的IRB準備文件中
  1. 新收案檢體:
  1. 總共收案4例,其中2例為OPMD,2例為OSCC,皆來自奇美醫院,檢體類型齊全
  2. 為增加檢體收集量,患者有意願參與計劃即可收案,無採血亦可
  3. Swab檢體收集改為:OPMD患者,奇美醫院2正1病,成大2正2病,高醫1正1病。control個案,成大/高醫皆為2正。其中病灶swab可先採10例給Dr. 測試RNA萃取是否適合後續實驗
  1. Archived檢體
  1. 高醫找尋檢體中(FFPE)
  2. 成大、奇美仍待詢(FFPE)
  3. 中山附醫回覆有18例FFPE檢體,其中包含持續追蹤的檢體,預計於4/13前準備好
計劃執行進度
  1. 子計劃一:
a.  由Dr. 張書銘提供之127例saliva檢體檢測出let-7c-5p為顯著降低之miRNA。另外,由Dr. 楊順發提供之164例saliva檢體已萃取完成,RNA 量足夠,欲取normal/tumor各5例進行RNA-seq,分析後將以OPMD檢體進行PCR確認
b.  欲進行之tissue RNA-seq已準備好實驗流程與試劑(七月底到期),但目前缺乏tissue block與blood檢體
c.  經比對所得之9個potential OPMD-associated genes,正進行cell proliferation assay評估中
  1. 子計劃三:
a.  正著手進行口腔中微生物偵測(細菌與真菌)
b.  分析病人資料與口腔微生物與形成口腔癌之關聯性
c.  建立cell/mouse model以觀察口腔微生物與其產物(LPS)對於形成OSCC的影響
  1. 子計劃四:
  1. 葉酸缺乏者(<4 li="" ml="" ng="" snp="">
  2. GDF10相關研究已發paper (PMID: 25728212)。
  3. 找尋LON protease的抑制劑中
#3由 mmiiee 在 二, 04/14/2015 – 09:08 發表。

口腔癌缺口計劃2015/4/1會議記錄

口腔癌缺口計劃2015/4/1會議記錄(初稿)
日期: 2015年4月1日 (星期二)
時間: 9:30-11:30 pm
地點: YMCA城中會館201會議室(台北市許昌街19號2樓)
出席人員: (國衛院研究團隊出席人員以螢光筆標示之)
    江士昇 助研究員、李岳倫 助研究員、林佩瑩 副管理師、林素芳 副研究員、
    夏興國 助研究員張書銘 副研究員、郭靜娟 副研究員、陳奕淇 計劃助理、
    陳雅雯 助研究員陳嬿如 博士後研究員張憶壽 研究員
    劉柯俊 副研究員劉滄梧 副所長 (依姓名筆畫排序)
    衛福部:陳惠娟 科長、
    成大醫學院:張俊彥 院長、
    國衛院:王陸海 所長、陳立宗 所長、李桂玉 主任
    高醫:袁行修 主任、汪硯雲 博士後研究員
    中山醫:楊順發 教授
    台中榮總:陳萬宜 主任、李立慈 醫師
   
會議內容重點摘要:
  1. Roadmap規劃重要作業時程:
a.  104年9月提出”中程癌症研究roadmap(規劃未來四年)”,並且開始徵求105-106年度缺口計劃。
b.  106年6月提出”長程癌症研究roadmap(規劃未來10年)”,並且開始徵求第三期癌症研究計劃
  1. 二期癌症計劃仍偏重於基礎與臨床研究,未來將著重於”預防”與”公衛”層面。因此計劃與報告之撰寫需多注意於早期篩檢與預防的應用、強化T4社區衛教推廣,將研究成果包裝成guideline,如何實踐,能夠造成何種health impact
  2. 李桂玉主任提供”檢體資訊分享平台”(cancer-research.nhri.org.tw),預計六月底前完成,目的在於收集各家醫院的檢體資訊,目前以口腔癌、乳癌、大腸癌為主
  3. 缺口計劃將於5/1繳交期中報告,12/5繳交期末報告(書面+會審)。要求”整合性報告。
會後討論事項
1.  新收案檢體納入
  1. 只要有意願參與研究者,檢體不全亦收(少血液檢體亦可)
  2. 之前就是OPMD患者,接受過治療後仍就診者也可納入新收案,但需於患者資訊中加以註記
2.  中山醫楊教授提及手中有新saliva檢體可提供研究(約80例,待追)
3.  高醫的archived檢體,改成找到5-10例就可以先把list給國衛院方確認,等待30例太久了!
#4由 mmiiee 在 一, 03/23/2015 – 16:13 發表。

口腔癌缺口計劃 2015/3/11 會議記錄

口腔癌缺口計劃 2015/3/11 會議記錄

日期: 2015 年 3 月 11 日  (星期三)
時間: 2:00-4:30 pm
地點:  竹南院區  研究大樓一樓  R1-1041 會議室
出席人員: (出席人員以螢光筆標示之)
        江士昇  助研究員李岳倫  助研究員林佩瑩  副管理師
        林素芳  副研究員夏興國  助研究員、張書銘  副研究員、
        郭靜娟  副研究員、陳奕淇  計劃助理、陳雅雯  助研究員
        陳嬿如  博士後研究員、張憶壽  研究員、劉柯俊  副研究員
        劉滄梧  副所長  (依姓名筆畫排序)

目前工作事項追蹤報告:
A.  佩瑩: 
1)  已有期中報告格式(已於 3/12 轉寄格式給大家),5/1 繳交期中報告,期中報告內容需達到計劃書中所預期之進度及最小需求(請參考計劃書中進度
甘梯圖)。
2)  期中報告審查標準:  預定完成工作項目及執行情形、期中初步成果、研究中遭遇困難、經費使用情況
3)  口腔癌相關的 paper 請多利用此計劃的代號(MOHW103-TDU-212-114005)
4)  預計九月會公告徵求第二期癌症研究缺口計劃,  補助期程為兩年(共 6000萬預算),  徵求議題仍在規劃中
–> Dr.  劉柯補充說明:
1)  子計劃三與 Dr.羅秀容合作之 yeast 研究部分將增加漱口水培養 yeast 項目,目前已與奇美醫院 Dr.顏及其助理泰琦談定。將請奕淇協助於高醫及成大
增加漱口水收案項目,並確認是否能提供漱口水(PBS),而收取流程與目前 Dr.羅收取方式相同
2)  除漱口水外,yeast 研究增加 FFPE slide staining 部分,因此請泰琦尋找奇美醫院現存適合之 FFPE 蠟塊檢體。RNA extraction 部分可能可以搭上此波
順風車。
B.  奕淇: 
1)  IRB 部分:  高醫(2/13)、奇美(2/16)已通過 IRB,新收案進行中。成大 IRB 於2/24 再次送件,目前仍待審。
2)  新收案進度:  奇美醫院收集 3 例 OPMD,檢體種類齊全,除 2 例 fresh tissue已寄至竹南院區,1 例 fresh tissue 保存於台南院區液態氮桶,其餘檢體已
由奕淇和鈺婷進行前處理完畢。
3)  3/16 高醫收案助理報到,一半時間幫忙缺口計劃收案(一半人事費由缺口計劃支付)。
4)  奇美醫院目前以住院案例為主。
C.  嬿如: 
1)  Archived 檢體:
成大:等待 IRB 通過。
高醫:Winnie 等待 NHRI 回覆欲收集檢體之條件。
奇美:於 3/5 回覆無適合檢體可給。(之後可望再詢問泰琦)
中山醫:曾顯群醫師回覆 3/20 前會給確切檢體數量,楊順發教授於 2/25已寄 saliva 檢體共 154 例(precancer/normal/cancer),並且回覆無適合條件
之 blood DNA 檢體。
–>Dr.  郭:請確認跟中山醫索取檢體所需要的 IRB。(嬿如待辦)
2)  新收案檢體:
Fresh tissue:奇美醫院 2 例 fresh tissue 已抵達竹南院區,轉交由 Dr.江保存。
其他檢體:未跟奕淇取,待 PI 們提出取貨通知。
–>Dr.  劉柯:請確定醫院留存病理切片部分與給 NHRI 的 tissue 是否為同一塊? (奕淇 3/12 回覆:醫院切下 OPMD tissue 時分一半給 NHRI,是為同一
塊)
–>Dr.  江:請 PI 們討論 fresh tissue 最終目的(RNA/DNA/miRNA/or others?),待目的確定,且病理報告為 OPMD 無誤,即可進行萃取,萃取後再保存
較無汙染其他細胞的問題。(待 PI 們回覆最終目的) 
3)  檢體目前存放處:
台南院區將先暫放於 Dr.劉柯的-80 度冰箱
竹南院區將先暫放於 Dr.郭的液態氮桶
–>請 Dr.江幫忙詢問是否有更佳的臨床檢體管理/保存方法。
–>若日後檢體數量眾多無法暫借現有保存地,可請求所長經費支援。
4)  STR information of cell lines(2015/3/12 更新版資訊):
以下所列為需多加注意之細胞株:
a.  HSC-3:於 Dr.  郭靜娟’s lab 的新 HSC-3 為真,請非此來源者把舊的細胞扔了吧!(p.s Dr.  李岳倫於 2014 年 7 月及 9 月分別定的 STR 結果同
新 HSC-3,推測亦為可用細胞株)
b.  KB:於 Dr.  郭靜娟’s lab 定 STR 結果為 HeLa 細胞, ATCC/JCRB 資料庫也證明 KB 為 HeLa.  請勿使用此細胞株!
c.  SCC-15:Dr.  李岳倫’s lab  於 2014 年 9 月及 10 月分別定的 STR 結果皆與 SAS 細胞株相符(90.9% match),使用此細胞株請小心!
d.  Tu-183:於 Dr.  江士昇’s lab 於 2014 年 12 月所定 STR 結果未比對到現今資料庫中任何細胞株,推測可能為可用細胞株。但 Dr.  江提供資訊:
expression pattern 與預期不同,大家使用此細胞株請小心!
5)  Microarray results:原始資料仍有問題,待芳榆解決中。Dr.  江將提供 40對病人檢體的 array results 分析結果之最新版本,包括 gene expression、
DNA methylation、miRNA pattern 和 CNV 的初步分析結果。
–>Dr.  江補充說明:Dr.蕭可提供蠟塊檢體以做 bisulfite sequencing 等相關實驗,請有檢體需求者將您的需求量告知 Dr.江。
6)  4/20 需繳交期中報告初稿給學發處,因此請計劃參與者於 4/10(五)繳交期中報告給嬿如。

期中報告預定內容:
子計劃一:
Dr.  陳雅雯:以 shRNA 方式降低 9 個目標基因的表現量,觀察是否影響細胞的生長情形。
Dr.  夏興國:從 Dr.張書銘提供之 30N/90T 的 saliva 檢體中篩出 1 個非常具有意義的 miRNA,亦經 Dr.張 confirmed 無誤。而從中山醫提供的 saliva 檢體正在進行miRNA 的萃取。
Dr.  江士昇:利用 FFPE 檢體萃取 RNA 並以之進行 RNA-seq 實驗的流程經初步測試後確定可行。等待未來所收取的檢體。

子計劃二:
待聯絡中山醫負責人。

子計劃三:
Dr.  劉柯俊:新收案 saliva 檢體預計做 RT-PCR。Yeast 部分先從 FFPE slide 進行染色開始,之後將利用 fresh saliva 偵測。

子計劃四:
Dr.  林素芳:檢體收集中。統計 NCBI 1,000 個基因體中 MTHFR 的 SNP 表現率(C677T及 A1298C)。觀察檳榔萃取物 arecoline 對於人類口腔角質細胞基因表現量的影響。

討論事項:
1.  需回覆 Winnie 的 FFPE 檢體條件:追蹤 3-6 年有無發展成 OSCC(不要 VCA)的OPMD 患者,於追蹤期間至少有 4 個蠟塊檢體。欲調查依據 histological
diagnosis 分類下,epithelial dysplasia with oral submucous fibrosis、epithelial dysplasia with hyperkeratosis or epithelial hyperplasia、oral submucous fibrosis、verrucous hyperplasia、hyperkeratosis or epithelial hyperplasia 各類檢體數目。
2.  欲分析 expression array/miRNA pattern 的 FFPE 檢體,將採取對照 HE stainning的 slide 以刮掉 normal part,只留 OPMD part。

待確認事項:
1.  索取中山醫 archived 檢體所需之 IRB(請嬿如追蹤)
2.  Fresh tissue 的最終目的,須請 PI 們回報個人的檢體需求(種類及量),請回覆給嬿如以方便彙整。
3.  需要 Dr.  蕭所提供之 FFPE 檢體做 bisulfite sequencing 等相關實驗者,請將檢體需求回報給 Dr.  江。
4.  請 Dr.  江幫忙詢問臨床檢體的儲存是否有更佳的地點或方法。

#5由 sufang 在 一, 03/30/2015 – 09:00 發表。

高醫檢體

汪 Winnie  於 2015年2月27日 上午10:26 寫道:
Dear 嬿如, 
請問
1. 我們想追蹤十年內有/沒有變成cancer的檢體(所以是要找大於十年的嗎?)
2. 若發展成OSCC者, 是否有從發現OPMD逐漸變成OSCC之間的檢體?  (可以給我最多片數的上限嗎,譬如說有可能他再變成OSCC之間,切片20次,那也要20次的嗎?或者是說,當中要屬於哪種類的OPMD是你們要的?) (另一個問題是,OPMD有限哪幾種類嗎?)
(例如, 第一年發現, 第二年惡化, 第三年惡化, 第四年確診為OSCC, 這類患者是否就會有4組檢體? 若可以的話, 我們希望這4個時期的檢體都有)
3. 所謂白片就是未染HE stain嗎?(是) 我們要的是未染HE stain的片子. 請問您手上的組織蠟塊都會有HE stain的片子可以拿來對照嗎?(年代太久遠的可能會找不到~~)
以上,謝謝   Winnie 敬上

陳嬿如 Mar 12 Reply to 汪 Winnie, 陳雅雯, 陳奕淇, 郭靜娟, 江士昇, 李岳倫, 林佩瑩, me, 劉滄梧, 劉柯俊, 夏興國(S.G. Shiah), 張書銘, 張憶壽
Dear Winnie, 
抱歉晚回覆您!
我們的檢體需求為: 追蹤3-6年有無發展成OSCC(不要VCA), 而追蹤期間至少有4個蠟塊檢體
依據histological diagnosis分別為
1. epithelial dysplasia with oral submucous fibrosis
2. epithelial dysplasia with hyperkeratosis or epithelial hyperplasia
3. oral submucous fibrosis
4. verrucous hyperplasia
5. hyperkeratosis or epithelial hyperplasia
這五類檢體, 各類數目大約為多少呢?
以上,
再麻煩您幫我們找找! 謝謝!
敬祝 研究順利
    嬿如 敬上

LINE at NICR 安靜版 posted by Liu-Ko
從: 汪 Winnie [winnie30304@hotmail.com]
寄件日期: 2015年3月17日 上午 11:08
至: 陳立宗
副本: 陳玉昆醫師
主旨: 缺口計畫-高醫-檢體

陳所長 您好:
有關缺口計畫
我們會提供國衛院的檢體,我已跟高醫口腔病理科陳玉昆主任確認,就是之前陳嬿如博士提到的:
1.患者發現有OPMD(口腔癌前病變), 追蹤到後來患者沒有繼續發展成OSCC(口腔癌),30例
2.患者發現有OPMD, 追蹤到後來發展成OSCC,30例 (這個部分會盡量挑五例是在追蹤期間有不只一次OPMD檢體)
3.而檢體項目以FFPE蠟塊檢體為主, 6 slides。
OPMD檢體類型為:
1. epithelial dysplasia with oral submucous fibrosis
2. epithelial dysplasia with hyperkeratosis or epithelial hyperplasia
3. oral submucous fibrosis
4. verrucous hyperplasia
5. hyperkeratosis or epithelial hyperplasia
挑蠟塊之前會讓陳嬿如博士知道這些案例的基本條件,例如, 發現OPMD到發展成OSCC的年份, histological diagnosis
另外,有關OPMD組織、血液以及唾液,陳奕淇助理有將收案需用的物品送至高醫,我們會協助收案,但案例數目前無法確定,因為OPMD病患開刀的比例沒有那麼多。
以上
非常謝謝您

研安
高醫 醫研部 口腔癌團隊 博後 汪硯雲敬上
#6由 mmiiee 在 四, 02/05/2015 – 17:22 發表。

口腔癌缺口計劃 2015/2/4 會議紀錄(生物資訊分析)

口腔癌缺口計劃 2015/2/4 會議紀錄

日期: 2015 年 2 月 4 日  (星期三)
時間: 10:00-10:45 am
地點:  竹南院區  行政大樓 2 樓  A2201 會議室
出席人員:
        石佳隴  博士後研究員(分機 36128)、江士昇  助研究員、
        陳嬿如  博士後研究員(分機 35122)、張憶壽  研究員、
        蔡芳榆  研究助理(分機 36157) (以姓名筆劃排序)
   
會議內容: 
口腔癌 40 對病人檢體已進行了數項 array 分析,包括 gene expression、DNA methylation、miRNA、SNP array (以 buffy coat DNA 做為 normal control;除了genotype 之外,也可用來看 CNV)。欲將 array 結果進行跨 data set 的分析,討論內容如下:
1. Gene expression v.s DNA methylation:
  a. DNA methylation array 約有 27,578 個 probe,經過前處理(preprocessing)刪掉 quality 不好的 probe 後,剩下 21,814 個 probe,其位於 gene promoter上的 CpG site,每一個 gene 可能有 1-3 個 probe。
  b. 擬請佳隴根據 DNA methylation 的 probe 比對 gene expression 的關聯性。若每一 gene 有兩個以上的 methylation probe,須個別分析。分析結果將請芳榆和 Dr.  張憶壽進行確認,找出 candidate list 之後再交由嬿如接手進行summary,若數量眾多,考慮再進行 pathway analysis(利用軟體GSEA或MGSA)決定優先進行 summary 的 gene。 (2015/04/13定版_Johnson)

2. CNV 部分:
40 對病人檢體有 80 個 DNA 結果,每個 DNA 有 23 對染色體,以現有的軟體(2007 年所發表)分析,需以每一對染色體各別進行分析,每次約需 2 小時,
總共需花費 3680 小時(2 x 23 x 80),約為 400 個工作天(以 9 小時計),其工程浩大。應再尋找更新的軟體來進行運算以達較高效率,因此 CNV 的分析先暫
緩。
3. DNA methylation v.s SNP array
已確定與 gene expression 有關的 SNP 可進行 DNA methylation 的比對分析。待前述工作皆結束後再進行。

其他事項:
1. 生物資訊分析工作目前未收取費用,未來可能採取分析收費制。
2. 為使生物資訊分析工作所獲得成果皆有發表 paper 的機會,欲請 PI 們訂定欲進行之研究目標,並且定期回報研究進度,著手進行 paper 的撰寫,以追蹤
生物資訊分析結果之貢獻。 

#7由 mmiiee 在 三, 02/04/2015 – 15:52 發表。

(補)2015.1.15會議記錄(兩份)

口腔癌缺口計劃 2015/1/15 會議紀錄

日期: 2015 年 1 月 15 日  (星期四)
時間: 11:00 am-2:00 pm
地點:  竹南院區  研究大樓 3 樓  R2-3041 會議室
主席:  劉滄梧  副所長
出席人員: (出席人員以螢光筆標示之)
        江士昇  助研究員李岳倫  助研究員林佩瑩  副管理師
        林素芳  副研究員夏興國  助研究員張書銘  副研究員
        郭靜娟  副研究員陳奕淇  計劃助理陳雅雯  助研究員
        陳嬿如  博士後研究員、張憶壽  研究員、劉柯俊  副研究員
        劉滄梧  副所長  (依姓氏筆畫排序)

目前工作事項追蹤報告:
A.  佩瑩:
1.  計劃名稱:  衛福部第二期癌症研究缺口補強計畫: 針對台灣口腔癌前病變惡性轉化開發快速診斷與有效化學預防之整合研究 (Rapid diagnosis
and effective chemoprevention for malignant transformation of oral potentially malignant disorders in Taiwan)
2.  計劃編號: MOHW103-TDU-212-114005,請大家多多使用此計劃編號。
3.  預計 5/1 繳交期中報告,所內繳交時間為 4 月中。6-7 月的口頭報告審查會議還未確定,8-9 月可能會有研展計劃的成果報告,12/5 要繳交期末
報告。3 月中旬舉行第二次會議,討論期中報告繳交(須符合計劃書中 minimal requirement)。
4.  185 萬耗材費如何運用? 

  • Dr. 劉滄梧指示等期中報告繳出之後再做分配。 
B.  奕淇:
1. IRB 部分:
成大: 12/15 與黃則達醫師開會討論收案流程。IRB 已送審,待審核。
高醫: IRB 審查意見回覆,修正案補上採集黃頭管之血液檢體
奇美: IRB 審查通過。但因問卷未送審及計劃名稱不一致,顏欽堉醫師預計年中送修正案。
國衛院 IRB: 高醫 IRB 可先回國衛院追認。
2. 各醫院收案項目: 奇美醫院待談。成大(僅收住院)及高醫(僅收門診)均可做到: 告知同意、問卷訪談、採集唾液(kit and tube)、採集口腔黏膜(一正)、採集血液(紅/紫/黃頭管)、採集組織(fresh and FFPE, case and control)。
3. 核心實驗室進度:  完成成大與高醫收案 SOP。完成檢體處理 SOP(唾液、口腔黏膜、血液)。
4. 委外送檢-葉酸濃度: 決定由高醫檢驗醫學部測定葉酸濃度,其採集管為5ml 黃頭管,保存在 4oC,若超過 8 小時,須離心後分裝血清至康氏管,保存於-20oC,運送時須冷藏。高醫檢驗醫學部的收費標準為 162 元/支檢體(180 元打九折)。

PI 們計劃目標與目前進度  (依姓名筆畫排序):

Dr.  江士昇:  欲收取 60 個 FFPE 蠟塊切片抽取 RNA 並進行 RNA-seq。 

  • 已建立從 FFPE 檢體中萃取 RNA 的實驗流程(QIAGEN kit,亦可萃取 DNA)。
  • RNA-seq 所需經費為 15,000 元/sample,已於 103 年控一半帳(45 萬元),將於 104 年支付另外的 45 萬元。(缺檢體) 
Dr.  李岳倫:  欲尋找 chemoprevention agent。 
  • 目前針對 Lon protease 尋找抑制劑,其中 Obtusilactone A 和(-)-sesamin 具有潛力。 
  • 另一目標為 Cdc7 kinase。 
Dr.  林素芳:
1.  欲檢測 OPMD 的 MTHFR SNP。 
  • Dr. 張書銘實驗室已建立好偵測 SNP 的實驗流程,每組 kit 可檢測 500個檢體。 
  • 除了已寫在計劃書中的 MTHFR C677T、A1298C 之外,還可以再做另外 5 種 SNPs。 
2.  已建立並可提供 primary oral keratinocyte (HOK) platform。

Dr.  郭靜娟:  欲尋找 chemoprevention agents,實驗分析平台已建立完善。 

  • blocking agent:  針對 Nrf2 尋找 activator。 
  • kinase inhibitor:  針對 AURKA 尋找 inhibitor。 
Dr.  夏興國:
1.  欲尋找 OPMD saliva 的 miRNA marker。 
  • 已建立從唾液中萃取 miRNA 的實驗流程,並從 Dr. 張書銘實驗室取得 100 例 OSCC 檢體,針對 15 個特定 miRNA 進行偵測,目前結果有趨勢,但 p 值不足。(缺檢體) 
2.  欲尋找 chemoprevention agent。 
  • 目前已測試 EGCG、4H3M、6-MBOA 和 PEITC。  
Dr.  陳雅雯:
1.  欲尋找 saliva 中的 OPMD miRNA marker。
  需要 200 個 OPMD 和 100 個 control 來定量 16 個特定 miRNA。(缺檢體)
2.  將進行 OPMD tissue 的 RNA-seq。
  需要 archived tissue block,規格 5 mm x 5 mm x 10 um x 2 片。(缺檢體)
3.  將尋找血清中的 protein marker
  針對 40 對口腔癌病人的基因(1,000 個)與 serum protein database 比對,尋找可能被釋放在血液中的 diagnosis marker。
4.  比對長庚發表於 PLoS ONE 的 paper 中提到被 deregulated genes 和癌研所OSCC array 結果,得到 121 個具有潛力的目標基因,narrow down 至 9 個,已著手進行 in vitro 實驗。 
Dr.  劉柯俊: 欲進行 microbiota 的 NGS,預期可找到 2 個蛀牙菌和 2 個牙周病菌,並與 Dr.  羅秀容合作分析 Candida 部分。 
  • 期中: 應可得 30 例 bacteria/Candida 的分佈,30 例 saliva/serum 中的cytokine/致癌物代謝物分析,並進行 cell model 看微生物衍生物是否為carcinogen。 
  • 期末: 應可得 100 例檢體。並進行老鼠實驗,藉由 mice swab 分析細菌及Candida 的分佈是否與 human 的 overlap。   
其他事項: 
1.  由於 archived 檢體缺乏,Dr. 劉滄梧可幫忙尋找其他可以收 archived 檢體的單位。
2.  奇美醫院收案與 IRB 問題將請 Dr. 劉柯俊幫忙協調。
3.  嬿如幫忙文件整理。 
————————————————————————————————————————————————
口腔癌缺口計劃 2015/1/15 會議紀錄-與交大/中山醫

日期: 2015 年 1 月 15 日  (星期四)
時間: 3:00 pm-4:00 pm
地點:  竹南院區  研究大樓 1 樓  R2-1041 會議室
主席:  劉柯俊  副研究員
出席人員:
        交大:  黃憲達  副院長  (與一名博士後研究員和一名博士班研究生)
        中山醫:  放射腫瘤科  曾顯群  主任
              醫學研究部  楊順發  教授      
        國衛院
        江士昇  助研究員、李岳倫  助研究員、林佩瑩  副管理師
        林素芳  副研究員、夏興國  助研究員、張書銘  副研究員
        郭靜娟  副研究員陳奕淇  計劃助理陳雅雯  助研究員
        陳嬿如  博士後研究員、張憶壽  研究員、劉柯俊  副研究員
        劉滄梧  副所長  (依姓名筆畫排序)

會議討論內容:
1.  缺口計劃子計劃二,目前不需要成大/高醫/奇美方面的檢體幫忙。
2.  中山醫可提供檢體部分: (數目皆待病理科確認)
 a.  Plasma 檢體,若有 1-2 ml 庫存者可提供給國衛院使用。
 b.  FFPE 蠟塊。
3.  Dr. 楊順發剛買了 DOK 細胞(六萬多/株),若有需求,可跟 Dr. 拿。 

———————————————-
缺口計劃2015/1/15會議記錄-YJC
衛福部第二期癌症研究缺口補強計畫: 針對台灣口腔癌前病變惡性轉化開發快速診斷與有效化學預防之整合研究
Rapid diagnosis and effective chemoprevention for malignant transformation of oral potentially malignant disorders in Taiwan
計劃編號:MOHW103-TDU-212-114005
2015/01/15 會議記錄
高醫(僅收住院):袁行修 醫師 (臨床醫學研究部博士後研究員, 汪硯雲 07-3121101#2753, winniewang0618@gmail.com)
成大(僅收門診):黃則達 醫師 (黃則達醫師缺口計畫助理, 黃雯宇 06-2353535#5899,  jp6m3ya@gmail.com)
奇美醫院(待談):顏欽堉 醫師 (顏欽堉醫師缺口計劃助理, 陳泰琦 06-2812811#52669, yuctchi@yahoo.com.tw)
可提供的實驗材料:
Saliva:
For 子計劃1: miRNA extraction (200POMD, 100 control-for 16 signature miRNA)
For 子計劃3: cytokine, inflammatory factor
Blood:
紅頭管-serum: For子計劃1-protein markers
紫頭管-plasma: For 子計劃1-protein markers
  -buffy coat: For 子計劃4-SNP of MTHFR
黃頭管- For子計劃4: folate (須4度, 檢驗皆在高醫, 收費:180×0.9=162元 x 200 samples=32400元)
Mucosa:
FFPE- For 子計劃1- for RNA-seq (sample: 5 mm x5 mm x10 um x 2 pieces)
交大:黃憲達 副院長
中山:放射腫瘤科 曾顯群 主任
醫學研究部 楊順發 教授
可提供的實驗材料: (需和曾醫師confirm)
Plasma (可能有1-2 ml庫存可以提供)
FFPE (數目確定中)
Dr. 陳雅雯: 已知進展為cancer的OPMD檢體和已知未發展成cancer的OPMD檢體, 或者隨時間發展日趨嚴重的OPMD檢體亦可
> 3/1-3/15再次開會討論進度, 4月中繳交期中報告, 8-9月可能需要研展之成果報告, 12月期末報告
> 目前進度:
Dr. Johnson: Ilumina可做60 samples RNA-seq (>10ng/sample). 試抽RNA of FFPE sample(by QIAGEN kit(which one?), 此kit可抽RNA也可抽DNA), 5 mm x 5 mm x 10 um 最少可得2 ug RNA. The protocol is ready and waiting for the samples.
Dr. 夏: (1)The protocol of miRNA extraction from saliva samples is well-established. Trizol LS is used, and bdi-miR-159-5p is served as an internal control for miRNA extraction. About 100-300 ng/ul x 20 ul RNA are extracted from 400 ul saliva. 100 saliva samples (from Dr. Jeffery) were tested, extracted RNA were subjected to 16 signature miRNAs expression analysis. The results indicated that these miRNA have trend between OSCC and normal patients, however, the p-value was not significant (let-7c-5p is a potential miRNA). (2)chemical for chemoprevention: EGCG, 4H3M, 6-MBOA, PEITC. AC/NNK/Alcohol treatment(short-term) increased the protein levels of DNMT1/3A/3B, which may down-regulate ALDH1A2 through increasing DNA methylation of the promoter region (5-aza results). chemical treatment devreased the protein level of DNMT1/3A/3B in a dose-dependent manner(not PEITC), however, there were no effect on the cell proliferation.
Dr. 郭: finding the blocking agent or kinase inhibitor for OPMD to OSCC-> Nrf2 and AURKA
Dr. 素芳: SNP of MTHFR, 缺檢體(buffy-coat) (可再找3個SNP). 提供HOK platform.
Dr. 劉柯& Dr. 張書銘: 20 pairs of NGS-microbiota, waiting for the samples
Dr. Alan: Lon protease inhibitor 
Dr. 雅雯: 
Dr. 劉滄梧: 會再尋找可收集archived檢體的單位(彰基? 台北/台東馬偕?)
奕淇: IRB進度報告, 提供”收案與檢體處理標準作業流程”
#8由 mmiiee 在 日, 01/25/2015 – 16:32 發表。

口腔癌缺口計劃會議通知-2015.01.26(W1) 3:00 pm-5:00 pm

各位老師好! 
提醒您口腔癌缺口計劃將於下週一(1/26)開會囉!
會議中將針對40對病人array results的分析方向進行討論
日期: 2015. 01. 26 (星期一)
時間: 3:00 pm- 5:00 pm
地點: 竹南院區 研究大樓1樓 R1-1041 會議室
另外, 若對於之前所轉寄的”收案與檢體處理標準作業流程”有需要修改的部分請於星期一(1/26)下午5點前回覆給我. 謝謝大家!  
敬祝 研安 
嬿如 敬上
———————————
會議紀錄:
口腔癌缺口計劃 2015/1/26 會議紀錄

日期: 2015 年 1 月 26 日  (星期一)
時間: 3:00-5:00 pm
地點:  竹南院區  研究大樓 1 樓  R1-1041 會議室
出席人員: (出席人員以螢光筆標示之)
        江士昇  助研究員李岳倫  助研究員
        林佩瑩  副管理師、林素芳  副研究員
        夏興國  助研究員、張書銘  副研究員、
        郭靜娟  副研究員、陳奕淇  計劃助理、
        陳雅雯  助研究員陳嬿如  博士後研究員
        張憶壽  研究員、劉柯俊  副研究員
        劉滄梧  副所長  (依姓氏筆畫排序)

目前工作事項追蹤報告:
A.  Dr.  劉柯俊:
奇美醫院的 IRB 已用計劃名稱並附上問卷重送,檢體收集流程將依照國衛院所提供的 SOP。(仍請奕淇幫忙追蹤)

B.  Dr.  江士昇:
40 對口腔癌病人檢體處理是由 frozen tissue 進行連續切片,取一半片子染 HE stain,確認 tumor region 大於 70%。在未染 HE stain 的片子上,對照前或後一片的 HE stain 以刮掉 normal part,收取 tumor part 進行 RNA extraction。 

  • Dr.  陳雅雯建議可以切五片染一片,以節省珍貴的 tissue。 
C.  奕淇提供的 slide 報告:
1.  IRB: (仍請奕淇幫忙追蹤)
成大: 2014/12/18 送審,2015/1/26 和成大 IRB 確認過,這週(1/25-1/30)會拿到審查委員意見回覆表。
高醫: 2014/11/28 送審,2015/1/15 審查意見回覆與送修正案,截至 1/26,已有兩位審查委員同意。
奇美: 2015/1/21 送審 IRB 新案(用核心計劃名稱並附上問卷),入 2/10 會期, 待審中。
2.  收案 SOP:  成大、高醫的 SOP 完成,經 PI 們確認無誤。
3.  檢體處理 SOP:  成大、高醫的 SOP 完成,經 PI 們確認無誤。
4.  1/28 將召集成大及奇美收案助理訓練問卷訪談及討論奇美收案流程。
D. 嬿如報告
1. Archived samples: (仍請嬿如幫忙追蹤)
高醫: FFPE,約有 100 例,仍待 Winnie 整理
中山醫: FFPE、plasma,數目待調查
2.  由於檢體收集及 archived samples 整理工作繁忙,高醫提出人力或經費補助的需求。(仍請嬿如幫忙追蹤) 
  • Dr.  劉柯俊提請核心撥 20 萬耗材費給高醫。 
  • 佩瑩回覆:  待報告計劃總主持人劉滄梧醫師,若獲得同意,則請高醫提供發票由癌研所核銷(因高醫未在計劃書撥款 list 中) 
討論事項:
1.  40 對病人的 array results 分別有 gene expression, miRNA expression, DNA methylation 以及 CNV,擬請嬿如進行跨 data set 的分析,並請 PI 們表決分析的先後順序。 
  • PI 們的首選: gene expression v.s. DNA methylation。將請嬿如向 Dr. 張憶壽、Dr. 江士昇芳榆學習分析方法。 
  • 將追蹤 CNV 的分析進度。 
待確認事項:
1.  奇美醫院所送審之 IRB 是否有包含 archived samples?  新收案的檢體收集部分,泰琦可以幫忙做到哪些? 黃頭管是否可以一起收集? 
  • 1/27 奕淇回覆: 奇美醫院送審 IRB 包含 archived samples 和紅/紫頭採血管(未包含黃頭管),將依據 IRB 審查進度評估是否送修正案補上黃頭管。新收案的採血將由奇美醫院的護士幫忙抽,但需另外給付勞務費,待 1/28 討論後確認。 
2.  欲建立 FFPE RNA extraction 的 SOP。(將請教 Dr. 江士昇)
3.  欲建立 saliva RNA extraction 的 SOP。(將請教 Dr. 夏興國)
4.  請相關實驗 PI 提供檢體處理 SOP。
5.  Archived 檢體短缺,欲請劉滄梧醫師幫忙確認是否有其他醫院可以加入。
6.  中山醫若提供 archived FFPE 蠟塊,可能需要病理科醫師協助確認細胞病變程度及範圍,擬請沈瑩瑩醫師及黃秀芬醫師幫忙。(將請 Dr. 陳雅雯幫忙聯繫) 
  • 1/27 Dr. 陳雅雯回覆: 醫師已同意協助。 
#9由 mmiiee 在 二, 01/20/2015 – 09:31 發表。

柒_人力配置暨104年業務耗材費





總計畫 總主持人 國衛院 劉滄梧 副所長 計畫統合、分工並督導計畫執行
協同主持人 成功大學 張俊彥 院長 協助總計畫主持人;並協調各合作醫院之分工事宜
協同主持人 劉柯俊 副研究員 協助總計畫主持人;並協調各合作醫院之分工事宜
子計畫一 (600,000) 主持人 張憶壽 研究員 規劃與督導本子計畫之運作
協同主持人 江士昇 助研究員 協助統計分析
協同主持人 夏興國 助研究員 miRNA 分析
協同主持人 陳雅雯 助研究員 miRNA 生物標記實驗
協同主持人 成大 蕭振仁教授 臨床收案協助
協同主持人 劉柯俊 副研究員 動物模式平台
子計畫二 (800,000) 主持人 中山附醫 黃建寧 總院長 督導計畫進行
主持人 交大生物科技學院 鐘育志院長 督導資料分析
協同主持人 交大生物科技所 黃憲達教授 督導資料分析
協同主持人 中山附醫 楊順發主任 臨床收案協助
協同主持人 中山放射腫瘤科 曾顯群 醫師 臨床收案協助
協同主持人 中山口腔顎面外科 彭芷瑜醫師 臨床收案協助
協同主持人 中山耳鼻喉科 莊俊義醫師 臨床收案協助
研究助理 待聘或已聘 協助收案及計畫執行
子計畫三 (300,000) 主持人 奇美 顏欽堉主任 規劃與督導本子計畫之運作
協同主持人 張書銘 副究員 細菌相關實驗
協同主持人 中山附射腫瘤科 曾顯群 醫師 臨床收案協助
協同主持人 羅秀容 研究員 真菌相關實驗
協同主持人 劉柯俊 副研究員 動物實驗
研究助理 陳奕淇 (study coordinator) 協助收案及計畫執行
子計畫四 (350,000) 主持人 張俊彥 院長 規劃與督導本“化學預防策略”子計畫之運作
協同主持人 中山附醫 楊順發主任 協助規劃與督導本“化學預防策略”子計畫之運作
協同主持人 李岳倫 助研究員 Lon逆境蛋白天然成分抑制劑之開發與臨床運用
協同主持人 林素芳 副研究員 OPMD病人葉酸缺乏情形調查及MTHFR SNP鑑定
協同主持人 夏興國 助研究員 逆轉維生素A酸代謝酵素基因轉動子高度甲基化天然成分之篩選與開發
協同主持人 郭靜娟 副研究員 新穎Nrf2活化劑、蛋白激酶藥物之開發與臨床運用
研究助理 已聘 駐成大收案 協助收案及計畫執行
支援/資源核心 (785,156) 主持人 劉滄梧 副所長 統籌各項支援
協同主持人 中國醫大 葛應欽 副校長 實驗資料分析
協同主持人 高醫大 陳中和主任 臨床收案協助
協同主持人 成大 黃則達 醫師 臨床收案協助
博士後研究員 陳嬿如博士 協助相關實驗之進行; 數據整合與分析; 研究報告撰寫
研究助理 已聘 駐奇美收案 協助收案及計畫執行

#10由 sufang 在 五, 02/13/2015 – 15:14 發表。

二期計畫各機構Focus的癌症研究類別

Leave a Comment

Scroll to Top