100例病人葉酸濃度紀錄 謝謝高醫、謝謝奕淇
2015/05 (n=20) |
#2由 mmiiee 在 二, 04/14/2015 – 09:09 發表。
口腔癌缺口計劃2015/4/8會議記錄口腔癌缺口計劃2015/4/8會議記錄
日期: 2015年4月8日 (星期三)
時間: 10:00-12:30 am
地點: 竹南院區 研究大樓2樓 R2-2031會議室
出席人員: (出席人員以螢光筆標示之)
江士昇 助研究員、李岳倫 助研究員、林佩瑩 副管理師、林素芳 副研究員、
夏興國 助研究員、張書銘 副研究員、郭靜娟 副研究員、陳奕淇 計劃助理、
陳雅雯 助研究員、陳嬿如 博士後研究員、張憶壽 研究員、劉柯俊 副研究員、
劉滄梧 副所長 (依姓名筆畫排序)
目前工作事項追蹤報告:
è 總共148萬元
è 尚有中山附醫的檢體處理費用和IRB審查費待報(金額待中山病理部確認)
計劃執行進度
a. 由Dr. 張書銘提供之127例saliva檢體檢測出let-7c-5p為顯著降低之miRNA。另外,由Dr. 楊順發提供之164例saliva檢體已萃取完成,RNA 量足夠,欲取normal/tumor各5例進行RNA-seq,分析後將以OPMD檢體進行PCR確認
b. 欲進行之tissue RNA-seq已準備好實驗流程與試劑(七月底到期),但目前缺乏tissue block與blood檢體
c. 經比對所得之9個potential OPMD-associated genes,正進行cell proliferation assay評估中
a. 正著手進行口腔中微生物偵測(細菌與真菌)
b. 分析病人資料與口腔微生物與形成口腔癌之關聯性
c. 建立cell/mouse model以觀察口腔微生物與其產物(LPS)對於形成OSCC的影響
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#3由 mmiiee 在 二, 04/14/2015 – 09:08 發表。
口腔癌缺口計劃2015/4/1會議記錄口腔癌缺口計劃2015/4/1會議記錄(初稿)
日期: 2015年4月1日 (星期二)
時間: 9:30-11:30 pm
地點: YMCA城中會館201會議室(台北市許昌街19號2樓)
出席人員: (國衛院研究團隊出席人員以螢光筆標示之)
江士昇 助研究員、李岳倫 助研究員、林佩瑩 副管理師、林素芳 副研究員、
夏興國 助研究員、張書銘 副研究員、郭靜娟 副研究員、陳奕淇 計劃助理、
陳雅雯 助研究員、陳嬿如 博士後研究員、張憶壽 研究員、
劉柯俊 副研究員、劉滄梧 副所長 (依姓名筆畫排序)
衛福部:陳惠娟 科長、
成大醫學院:張俊彥 院長、
國衛院:王陸海 所長、陳立宗 所長、李桂玉 主任
高醫:袁行修 主任、汪硯雲 博士後研究員
中山醫:楊順發 教授
台中榮總:陳萬宜 主任、李立慈 醫師
會議內容重點摘要:
a. 104年9月提出”中程癌症研究roadmap(規劃未來四年)”,並且開始徵求105-106年度缺口計劃。
b. 106年6月提出”長程癌症研究roadmap(規劃未來10年)”,並且開始徵求第三期癌症研究計劃
會後討論事項:
1. 新收案檢體納入
2. 中山醫楊教授提及手中有新saliva檢體可提供研究(約80例,待追)
3. 高醫的archived檢體,改成找到5-10例就可以先把list給國衛院方確認,等待30例太久了!
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#4由 mmiiee 在 一, 03/23/2015 – 16:13 發表。
口腔癌缺口計劃 2015/3/11 會議記錄口腔癌缺口計劃 2015/3/11 會議記錄
日期: 2015 年 3 月 11 日 (星期三) 目前工作事項追蹤報告: 期中報告預定內容: 子計劃二: 子計劃三: 子計劃四: 討論事項: 待確認事項: |
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#5由 sufang 在 一, 03/30/2015 – 09:00 發表。
高醫檢體汪 Winnie
Dear 嬿如, 請問
1. 我們想追蹤十年內有/沒有變成cancer的檢體(所以是要找大於十年的嗎?)
2. 若發展成OSCC者, 是否有從發現OPMD逐漸變成OSCC之間的檢體? (可以給我最多片數的上限嗎,譬如說有可能他再變成OSCC之間,切片20次,那也要20次的嗎?或者是說,當中要屬於哪種類的OPMD是你們要的?) (另一個問題是,OPMD有限哪幾種類嗎?) (例如, 第一年發現, 第二年惡化, 第三年惡化, 第四年確診為OSCC, 這類患者是否就會有4組檢體? 若可以的話, 我們希望這4個時期的檢體都有) 3. 所謂白片就是未染HE stain嗎?(是) 我們要的是未染HE stain的片子. 請問您手上的組織蠟塊都會有HE stain的片子可以拿來對照嗎?(年代太久遠的可能會找不到~~) 以上,謝謝 Winnie 敬上
陳嬿如 Mar 12 Reply to 汪 Winnie, 陳雅雯, 陳奕淇, 郭靜娟, 江士昇, 李岳倫, 林佩瑩, me, 劉滄梧, 劉柯俊, 夏興國(S.G. Shiah), 張書銘, 張憶壽
Dear Winnie, 抱歉晚回覆您!
我們的檢體需求為: 追蹤3-6年有無發展成OSCC(不要VCA), 而追蹤期間至少有4個蠟塊檢體 依據histological diagnosis分別為 1. epithelial dysplasia with oral submucous fibrosis 2. epithelial dysplasia with hyperkeratosis or epithelial hyperplasia 3. oral submucous fibrosis 4. verrucous hyperplasia 5. hyperkeratosis or epithelial hyperplasia 這五類檢體, 各類數目大約為多少呢? 以上,
再麻煩您幫我們找找! 謝謝! 敬祝 研究順利
嬿如 敬上
LINE at NICR 安靜版 posted by Liu-Ko
從: 汪 Winnie [winnie30304@hotmail.com]
寄件日期: 2015年3月17日 上午 11:08 至: 陳立宗 副本: 陳玉昆醫師 主旨: 缺口計畫-高醫-檢體 陳所長 您好:
有關缺口計畫 我們會提供國衛院的檢體,我已跟高醫口腔病理科陳玉昆主任確認,就是之前陳嬿如博士提到的: 1.患者發現有OPMD(口腔癌前病變), 追蹤到後來患者沒有繼續發展成OSCC(口腔癌),30例 2.患者發現有OPMD, 追蹤到後來發展成OSCC,30例 (這個部分會盡量挑五例是在追蹤期間有不只一次OPMD檢體) 3.而檢體項目以FFPE蠟塊檢體為主, 6 slides。 OPMD檢體類型為: 1. epithelial dysplasia with oral submucous fibrosis 2. epithelial dysplasia with hyperkeratosis or epithelial hyperplasia 3. oral submucous fibrosis 4. verrucous hyperplasia 5. hyperkeratosis or epithelial hyperplasia 挑蠟塊之前會讓陳嬿如博士知道這些案例的基本條件,例如, 發現OPMD到發展成OSCC的年份, histological diagnosis 另外,有關OPMD組織、血液以及唾液,陳奕淇助理有將收案需用的物品送至高醫,我們會協助收案,但案例數目前無法確定,因為OPMD病患開刀的比例沒有那麼多。
以上
非常謝謝您 祝 研安 高醫 醫研部 口腔癌團隊 博後 汪硯雲敬上 |
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#6由 mmiiee 在 四, 02/05/2015 – 17:22 發表。
口腔癌缺口計劃 2015/2/4 會議紀錄(生物資訊分析)口腔癌缺口計劃 2015/2/4 會議紀錄
日期: 2015 年 2 月 4 日 (星期三) 2. CNV 部分:
40 對病人檢體有 80 個 DNA 結果,每個 DNA 有 23 對染色體,以現有的軟體(2007 年所發表)分析,需以每一對染色體各別進行分析,每次約需 2 小時, 總共需花費 3680 小時(2 x 23 x 80),約為 400 個工作天(以 9 小時計),其工程浩大。應再尋找更新的軟體來進行運算以達較高效率,因此 CNV 的分析先暫 緩。 3. DNA methylation v.s SNP array 已確定與 gene expression 有關的 SNP 可進行 DNA methylation 的比對分析。待前述工作皆結束後再進行。 其他事項: |
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#7由 mmiiee 在 三, 02/04/2015 – 15:52 發表。
(補)2015.1.15會議記錄(兩份)口腔癌缺口計劃 2015/1/15 會議紀錄
日期: 2015 年 1 月 15 日 (星期四) 目前工作事項追蹤報告:
B. 奕淇:
1. IRB 部分: 成大: 12/15 與黃則達醫師開會討論收案流程。IRB 已送審,待審核。 高醫: IRB 審查意見回覆,修正案補上採集黃頭管之血液檢體 奇美: IRB 審查通過。但因問卷未送審及計劃名稱不一致,顏欽堉醫師預計年中送修正案。 國衛院 IRB: 高醫 IRB 可先回國衛院追認。 2. 各醫院收案項目: 奇美醫院待談。成大(僅收住院)及高醫(僅收門診)均可做到: 告知同意、問卷訪談、採集唾液(kit and tube)、採集口腔黏膜(一正)、採集血液(紅/紫/黃頭管)、採集組織(fresh and FFPE, case and control)。 3. 核心實驗室進度: 完成成大與高醫收案 SOP。完成檢體處理 SOP(唾液、口腔黏膜、血液)。
4. 委外送檢-葉酸濃度: 決定由高醫檢驗醫學部測定葉酸濃度,其採集管為5ml 黃頭管,保存在 4oC,若超過 8 小時,須離心後分裝血清至康氏管,保存於-20oC,運送時須冷藏。高醫檢驗醫學部的收費標準為 162 元/支檢體(180 元打九折)。 PI 們計劃目標與目前進度 (依姓名筆畫排序): Dr. 江士昇: 欲收取 60 個 FFPE 蠟塊切片抽取 RNA 並進行 RNA-seq。
Dr. 李岳倫: 欲尋找 chemoprevention agent。
Dr. 林素芳:
1. 欲檢測 OPMD 的 MTHFR SNP。
2. 已建立並可提供 primary oral keratinocyte (HOK) platform。
Dr. 郭靜娟: 欲尋找 chemoprevention agents,實驗分析平台已建立完善。
Dr. 夏興國:
1. 欲尋找 OPMD saliva 的 miRNA marker。
2. 欲尋找 chemoprevention agent。
Dr. 陳雅雯:
1. 欲尋找 saliva 中的 OPMD miRNA marker。 需要 200 個 OPMD 和 100 個 control 來定量 16 個特定 miRNA。(缺檢體) 2. 將進行 OPMD tissue 的 RNA-seq。 需要 archived tissue block,規格 5 mm x 5 mm x 10 um x 2 片。(缺檢體) 3. 將尋找血清中的 protein marker 針對 40 對口腔癌病人的基因(1,000 個)與 serum protein database 比對,尋找可能被釋放在血液中的 diagnosis marker。 4. 比對長庚發表於 PLoS ONE 的 paper 中提到被 deregulated genes 和癌研所OSCC array 結果,得到 121 個具有潛力的目標基因,narrow down 至 9 個,已著手進行 in vitro 實驗。
Dr. 劉柯俊: 欲進行 microbiota 的 NGS,預期可找到 2 個蛀牙菌和 2 個牙周病菌,並與 Dr. 羅秀容合作分析 Candida 部分。
其他事項:
1. 由於 archived 檢體缺乏,Dr. 劉滄梧可幫忙尋找其他可以收 archived 檢體的單位。 2. 奇美醫院收案與 IRB 問題將請 Dr. 劉柯俊幫忙協調。 3. 嬿如幫忙文件整理。 ————————————————————————————————————————————————
口腔癌缺口計劃 2015/1/15 會議紀錄-與交大/中山醫
日期: 2015 年 1 月 15 日 (星期四) 會議討論內容: ———————————————-
缺口計劃2015/1/15會議記錄-YJC
衛福部第二期癌症研究缺口補強計畫: 針對台灣口腔癌前病變惡性轉化開發快速診斷與有效化學預防之整合研究
Rapid diagnosis and effective chemoprevention for malignant transformation of oral potentially malignant disorders in Taiwan
計劃編號:MOHW103-TDU-212-114005
2015/01/15 會議記錄
高醫(僅收住院):袁行修 醫師 (臨床醫學研究部博士後研究員, 汪硯雲 07-3121101#2753, winniewang0618@gmail.com)
成大(僅收門診):黃則達 醫師 (黃則達醫師缺口計畫助理, 黃雯宇 06-2353535#5899, jp6m3ya@gmail.com)
奇美醫院(待談):顏欽堉 醫師 (顏欽堉醫師缺口計劃助理, 陳泰琦 06-2812811#52669, yuctchi@yahoo.com.tw)
可提供的實驗材料:
Saliva:
For 子計劃1: miRNA extraction (200POMD, 100 control-for 16 signature miRNA) For 子計劃3: cytokine, inflammatory factor Blood: 紅頭管-serum: For子計劃1-protein markers 紫頭管-plasma: For 子計劃1-protein markers -buffy coat: For 子計劃4-SNP of MTHFR 黃頭管- For子計劃4: folate (須4度, 檢驗皆在高醫, 收費:180×0.9=162元 x 200 samples=32400元)
Mucosa: FFPE- For 子計劃1- for RNA-seq (sample: 5 mm x5 mm x10 um x 2 pieces) 交大:黃憲達 副院長
中山:放射腫瘤科 曾顯群 主任
醫學研究部 楊順發 教授
可提供的實驗材料: (需和曾醫師confirm)
Plasma (可能有1-2 ml庫存可以提供)
FFPE (數目確定中) Dr. 陳雅雯: 已知進展為cancer的OPMD檢體和已知未發展成cancer的OPMD檢體, 或者隨時間發展日趨嚴重的OPMD檢體亦可 > 3/1-3/15再次開會討論進度, 4月中繳交期中報告, 8-9月可能需要研展之成果報告, 12月期末報告 > 目前進度:
Dr. Johnson: Ilumina可做60 samples RNA-seq (>10ng/sample). 試抽RNA of FFPE sample(by QIAGEN kit(which one?), 此kit可抽RNA也可抽DNA), 5 mm x 5 mm x 10 um 最少可得2 ug RNA. The protocol is ready and waiting for the samples.
Dr. 夏: (1)The protocol of miRNA extraction from saliva samples is well-established. Trizol LS is used, and bdi-miR-159-5p is served as an internal control for miRNA extraction. About 100-300 ng/ul x 20 ul RNA are extracted from 400 ul saliva. 100 saliva samples (from Dr. Jeffery) were tested, extracted RNA were subjected to 16 signature miRNAs expression analysis. The results indicated that these miRNA have trend between OSCC and normal patients, however, the p-value was not significant (let-7c-5p is a potential miRNA). (2)chemical for chemoprevention: EGCG, 4H3M, 6-MBOA, PEITC. AC/NNK/Alcohol treatment(short-term) increased the protein levels of DNMT1/3A/3B, which may down-regulate ALDH1A2 through increasing DNA methylation of the promoter region (5-aza results). chemical treatment devreased the protein level of DNMT1/3A/3B in a dose-dependent manner(not PEITC), however, there were no effect on the cell proliferation.
Dr. 郭: finding the blocking agent or kinase inhibitor for OPMD to OSCC-> Nrf2 and AURKA
Dr. 素芳: SNP of MTHFR, 缺檢體(buffy-coat) (可再找3個SNP). 提供HOK platform.
Dr. 劉柯& Dr. 張書銘: 20 pairs of NGS-microbiota, waiting for the samples
Dr. Alan: Lon protease inhibitor
Dr. 雅雯:
Dr. 劉滄梧: 會再尋找可收集archived檢體的單位(彰基? 台北/台東馬偕?)
奕淇: IRB進度報告, 提供”收案與檢體處理標準作業流程”
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#8由 mmiiee 在 日, 01/25/2015 – 16:32 發表。
口腔癌缺口計劃會議通知-2015.01.26(W1) 3:00 pm-5:00 pm各位老師好!
提醒您口腔癌缺口計劃將於下週一(1/26)開會囉!
會議中將針對40對病人array results的分析方向進行討論
日期: 2015. 01. 26 (星期一)
時間: 3:00 pm- 5:00 pm
地點: 竹南院區 研究大樓1樓 R1-1041 會議室
另外, 若對於之前所轉寄的”收案與檢體處理標準作業流程”
敬祝 研安
嬿如 敬上
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會議紀錄:
口腔癌缺口計劃 2015/1/26 會議紀錄
日期: 2015 年 1 月 26 日 (星期一) 目前工作事項追蹤報告: B. Dr. 江士昇:
C. 奕淇提供的 slide 報告:
1. IRB: (仍請奕淇幫忙追蹤) 成大: 2014/12/18 送審,2015/1/26 和成大 IRB 確認過,這週(1/25-1/30)會拿到審查委員意見回覆表。 高醫: 2014/11/28 送審,2015/1/15 審查意見回覆與送修正案,截至 1/26,已有兩位審查委員同意。 奇美: 2015/1/21 送審 IRB 新案(用核心計劃名稱並附上問卷),入 2/10 會期, 待審中。 2. 收案 SOP: 成大、高醫的 SOP 完成,經 PI 們確認無誤。 3. 檢體處理 SOP: 成大、高醫的 SOP 完成,經 PI 們確認無誤。 4. 1/28 將召集成大及奇美收案助理訓練問卷訪談及討論奇美收案流程。 D. 嬿如報告
1. Archived samples: (仍請嬿如幫忙追蹤)
高醫: FFPE,約有 100 例,仍待 Winnie 整理 中山醫: FFPE、plasma,數目待調查 2. 由於檢體收集及 archived samples 整理工作繁忙,高醫提出人力或經費補助的需求。(仍請嬿如幫忙追蹤)
討論事項:
1. 40 對病人的 array results 分別有 gene expression, miRNA expression, DNA methylation 以及 CNV,擬請嬿如進行跨 data set 的分析,並請 PI 們表決分析的先後順序。
待確認事項:
1. 奇美醫院所送審之 IRB 是否有包含 archived samples? 新收案的檢體收集部分,泰琦可以幫忙做到哪些? 黃頭管是否可以一起收集?
2. 欲建立 FFPE RNA extraction 的 SOP。(將請教 Dr. 江士昇)
3. 欲建立 saliva RNA extraction 的 SOP。(將請教 Dr. 夏興國) 4. 請相關實驗 PI 提供檢體處理 SOP。 5. Archived 檢體短缺,欲請劉滄梧醫師幫忙確認是否有其他醫院可以加入。 6. 中山醫若提供 archived FFPE 蠟塊,可能需要病理科醫師協助確認細胞病變程度及範圍,擬請沈瑩瑩醫師及黃秀芬醫師幫忙。(將請 Dr. 陳雅雯幫忙聯繫)
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#9由 mmiiee 在 二, 01/20/2015 – 09:31 發表。
柒_人力配置暨104年業務耗材費
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#10由 sufang 在 五, 02/13/2015 – 15:14 發表。
二期計畫各機構Focus的癌症研究類別 |