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2/29 Lab Meeting-ingrid

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製備以下表現質體以供濁水溪公司代製兔子多株抗體(1) pGEXHis_cZ :已送出代製抗體。(2) pGEXHis_ER_Q320stop and pGEXHis_ER_L550stop(3) pGEXHis_KR_E600stop and pGEXHis_KR_Q658stop(4) pGEXHis_BALF3(1)的代製抗體已收集，經由細胞lysate測試，證實可以辨認EBV Zta，但akata strain的Zta 的mobility(略低)與細菌表現的不同，接下來要釐清抗體是否有純化，且可否應用於IFA或IP。 (也要釐清是否會辨認B95.8 strain的Zta)(2)(3)(4)在BL21、DH5α及Rosetta-gami2中，經過調整表達條件，目標蛋白質皆不明顯增多。

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Summary for the discussion

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Studying plans: 1. How is DDR1 regulated by miRNA?    — We will discuss the detail. 2. How many signaling pathways are involved in oral tumorigenesis?    How many signaling pathways are involved in oral premalignant lesions?    — There are 12 important signaling pathways invovled in tumorigenesis. 3. Is EGCG working on 12 signaling pathways?    Is

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0215Lab meeting-蔡小丸

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1. 完成三組tissue microarray的DDR1, collagen type 1及collagen type 4的染色, 初步計分結果, 似乎DDR1的大量表達與collagen type1的大量表達較為相關,而DDR1大量表達也與疾病的grade較相關2. 比較OSCC cells DDR1 tyrosine phosphorylation的情形, 結果為DOK, C9, OC-3, OEC-M1, TW2.6>HSC-3, SCC-15, T47D>HEK293, 發現DDR1 tyrosine phosphorylation的程度與gilvec對於這些細胞的抑制能力,沒有很好的相關性, 然而發現在OEC-M1, TW2.6, HSC-3, SCC-15這幾組IP DDR1 sample中, 發現約略80-85kDa的DDR1-associated protein有強烈的tyrosine phosphorylation, 但此蛋白為何未知3.此外 DDR1的活性反映出的下游為何未知 (但排除非p-MAPK及p-AKT)4.利用Q-PCR分析一系列oral cells的DDR1 isoforms的表達, 結果發現大多細胞只表達1a及1b這兩種isoforms, 而mRNA表達量也與蛋白表達量具相關性

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2/13/2012 OrCA Meeting

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1. 下次開會: 6月2. CA OrCA PIs + 王副院長、莊JL、陳YR、黃HG (RA:雪君)、江主秘。3. BioSignature Program: Leader/Chang Gung 核醫科主任閻紫宸, looking for cause-effect marker. The third meeting will be held on March-8; focus on miRNA/epigenetics/DNAs; funding source, Academia Sinica.4. 王副院長Lab學生報告 (Wei-Chieh Huang)—長庚閻醫師 has 53 OrCA T/N pairs; miR-491-5p is involved in cell migration and invasiveness, targeting GIT1 and RAB1; OC-3 and

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2012/2/1 Lab Meeting- 小夏

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1. 計數TW05TetLuc/ER dox treat 1, 2, 3, 5, 6, 8天的細胞數。2. 以467確認Rta expression pattern 在TW01TetER及TW05TetER不同。 Rta expression level by WB: #19 ≧#16＞TW05TetER。 將再確認p21, c-Myc, p53……的表現。3. 準備HEK293, DOK, HSC3, SCC15, OECM1的genomic DNA來確認DDR1的mutation位點。4.準備HEK293, DOK, HSC3, SCC15, OECM1的cDNA來確認DDR1的isoform。

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01/11 Lab Meeting-小嬿

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進度報告 1. 為避免viral genome的干擾, 將系統換回TW01TetLuc及TW01TetER_16. 比較Dox處理6, 24, 48小時, CTCF binding在H19 ICR及c-Myc P2 promoter位置的量. Q-PCR結果顯示在兩個細胞中24小時CTCF結合在H19 ICR量比6小時多,並且在48小時下降; 在P2 promoter的位置, Luc細胞在三個時間點的結合量相近, ER細胞在24小時結合量上升, 48小時下降. 但, 兩組CTCF結合位置在Luc組細胞都比ER組來得多 –>加做Ctrl-6hr觀察Luc/ER兩組細胞的background差異 2. 整理過去paper報導CTCF在EBV/KSHV genome上的binding sites(CBS) –> EBV genome上約有20個位點, KSHV約有10個位點, 兩者的胃點有些有相似 –> 先focus在LCR, K-RTA/BZLF1 promoter, 及OriLyt等位置, 準備設計primers

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1/5 Lab Meeting-ingrid

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製備以下表現質體以供濁水溪公司代製兔子多株抗體 (全部已clone成功)(1) pGEXHis_cZ :已送出代製抗體。(2) pGEXHis_ER_Q320stop and pGEXHis_ER_L550stop(3) pGEXHis_KR_E600stop and pGEXHis_KR_Q658stop(4) pGEXHis_BALF3(2)(3)(4)除pGEXHis_ER_L550stop尚未表現，其餘在BL21表達蛋白質皆不明顯增多，且皆比預測值大約6-8kDa。目前採取的策略如下(1) 使用未開封的LB/BHI或跟其他實驗室要一點LB來做control(2) 表現蛋白質時，Amp濃度提高至200ug/ml，IPTG濃度降至0.1或0.5mM，加IPTG前應養約3-5小時直到OD600=0.6，同時使用DH5α作表現。(3) 做BL21及DH5α的competent cell林同學的論文中提及她用的ER1-320中(Dr. Miller提供，疑是B95-8 strain)很多Arg皆已被突變掉，包括Arg83、86、88、89及90，在我們MABA strain，這些位置皆是Arg。另外根據PWW的紀錄，二者的核酸序列有10個不同處，但只有2個amino acid不同。

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2011121 Lab meeting-蔡小丸

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日前投稿至Frontiers in Virology的manuscript的初次結果為minor revised報告三個reviewers的建議, 重點摘要如下:1. 針對NLS提問, 希望我們討論為何與過去發現不同 (no.1 reviewer)2. 希望能加做分析KSHV viral particle的產生情形 (n0.1-3 reviewers)3. 希望我們討論CDK9磷酸化KR的其他可能位點, 還有是否有其他CDKs結合 (n0.1-3)4. 覺得luciferase assay差異不明顯 (n0.1, 2)5. 關於KR吸引CDK9後影響Poll2下游的轉錄機制的可能假說, 覺得證據非常不足 (no.2)6. 提到KR會被IgG所直接binding (no.2)7. 要我們再詳加解釋S634A/S636A與KR 10kDa的差距是否來自於磷酸化改變 (no.2)

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