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關於EBV infection

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關於EBV infection的實驗, 以下是我的構想, 歡迎大家提供意見討論! 目前預訂 2014/04/03 recover NP460hTert2014/04/07 seed cells / concentrate virus2014/04/08 infection以上 #1由 ingrid 在 五, 04/11/2014 – 10:22 發表。 部分結果出爐 #2由 ingrid 在 一, 04/28/2014 – 16:39 發表。 Rta蛋白質在EBV感染OKB2後有表現出來喔!! #3由 sufang 在 一, 04/28/2014 – 16:46 發表。 讚! 濁水溪的Zta抗體好嗎? 我們沒有4F10了嗎? 同理，Argene的Rta比濁水溪的Rta好嗎? 張堯老師對我們的homemade Rta抗體真是讚不絕口。 #4由 ingrid 在 一, 05/05/2014 – 14:41 發表。 重新strip後，Zta抗體(4F10)及濁水溪的Rta皆沒有band。 #5由 mmiiee 在 一, 04/28/2014 – 16:41 發表。 AC619_film 附上之前做HEK293 […]

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關於CCND1 promoter

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關於CCND1 promoter由 EVKVLIN 在 二, 04/01/2014 – 14:52 發表 EBV and KSHV CTCF Rta senescence03/25/2014 Dear 嬿如， 昨天張堯老師來電說第一次做出來的DAPA結果竟然與他們預測的不一樣 -> Rta binds to both the wild-type and the RRE mutated probes!所以我與他要了sequence來看看可能的解釋是什麼. (上次K156A的結果，有測CCND1嗎? Rta是直接結合到這個promoter上嗎? thank you)———————03/26/2014Dear Dr. Lin, 上次K156A的結果在CCND1上也不是很明顯(EREV8中wild type : K156A= 0.7: 0.76, 而在ERKV中為0.87: 1.21) (如附件Fig.1) 在CCND1 promoter上的potential RRE, 我是用5′-GNCC(N9)GGNG-3’預測出來的在張堯老師所設計的probe片段中沒有其他位置有GNCC(N8-N10)GGNG或是CC(N9)GG等選擇但是DAPA結果顯示Rta還是bind此段序列, 所以我猜core element的條件可能要更鬆一點我試用另一個序列來預測RRE(如附件Fig. 2)用interval region為8 bp的motif來搜尋probe片段, 則會發現CBS上可能有potential

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Functions of S100 Proteins

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不好意義!! 那麼晚回覆 S100 Proteins 會和那些receptors作用，我查了一些Paper ，不同的 S100 Proteins 確實會和許多receptors作用，進而影響下游的signaling pathway 有空的話可以參考這篇 (他寫的很詳細) Curr Mol Med. Jan 2013; 13(1): 24–57. 謝謝!!

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寄送RNA給高醫黃道揚醫師

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由 ingrid 在 二, 04/01/2014 – 13:03 發表 Cholangiocarcinoma FGFR fusion 高醫 黃道揚 Dear SF, My mailing address is:高雄市三民區自由一路100號5F腎功能室. ———————– SFL1=988 ng/ul C9 RNA 15 ug = 15ul (希望他能訂出FGFR3-TACC3) SFL2=792 ng/ul SW780 RNA 15 ug = 20ul (希望他能訂出FGFR3-BAIAP2L1) SFL3=1100 ng/ul TW2.6 RNA 15 ug = 13ul(希望他訂不出任何FGFR3 fusion) #1由 sufang 在 五, 07/25/2014 – 11:29 發表。 7/24 黃醫師來函 Daw-yang Hwang

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OrCa小組會議_DOK related

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由 sufang 在 四, 03/27/2014 – 00:00 發表 Oral Cancer Arecoline DOK nicotine NNK OrCa小組會議 (03/27/2014) 素芳的筆記本： nicotine: 500 uM NNK: 10 uM arecoline (AC): 50 uM or 100 uM treated for ~ 1 year, looking for carcinoge-tolerant cell clones, eg. NNK4, NNK5, NNK6, NIC4, NIC5, NIC6 doubling time migration assay In vivo tumorigenesis Expression

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LabMeeting-小丸

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LabMeeting-小丸由 EVKVLIN 在 二, 03/25/2014 – 00:00 發表 LIN Lab 2016 LabMeeting maruko 小丸2008/09/09 Lab Meeting 心得彙整 Maruko:要不要考慮這個跟這個,還有一個這個. 另外S186A是一個至今仍然未解的有趣mutant. 它可以bind DNA,可以transactivate一些promoter,有被訂出in vivo是被PKC磷酸化,但似乎此位點磷酸化的有無與disrupt latency無關.所以此例子並不適合追太久.. 2008/09/16 Lab Meeting 心得彙整 Maruko: (1) 為確保293TetKR中仍是每個細胞均具有transgene,小丸子成功地以flow demonstrated that, although weak, but Dox treated 293TetKR homogeneously shifted the anti-flag staining (1:50) to the right (not seen in 1:100 staining). 這樣子的結果可以讓我們安心的繼續使用這個細胞株.當初其實很怕是部份細還有KR,部份細胞則沒了,而以immunoblotting 又分不出來,所以小丸子勇猛地做這個實驗(熱烈鼓掌 霹靂啪啦 霹靂啪啦)智者常言:打鐵趁熱,所以讓我們也篩一下ER.能否請小蓮協助/學習小丸子把手中的293TetLuc及TetER也做一次這樣的實驗,我猜KR不幸是最弱的表現者.

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Next generation sequencing in cancer research and clinical application

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http://www.biologicalproceduresonline.com/content/15/1/4 Recent NGS-based studies in cancer Cancer Experiment Design Description ref Colon cancer 72 WES, 68 RNA-seq, 2 WGS Identify multiple gene fusions such as RSPO2 and RSPO3 from RNA-seq that may function in tumorigenesis [15] Breast cancer 65 WGS/WES, 80 RNA-seq 36% of the mutations found in the study were expressed. Identify the abundance

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