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Collaborative Projects between KMUH and NICR

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General Fluidigm Access Array + MySeq –YouTube 1: https://www.youtube.com/watch?v=s9HUhuCbbhU –YouTube 2: https://www.youtube.com/watch?v=WXpNjcRwdj8 –AA_Illumina_ug_100-3770 (pdf) –RecoverAll Total Nucleic Acid Isolation Kit for FFPE (pdf)   台大郭頌鑫醫師抽取DNA and RNA from tiny endoscopic biopsy samples使用。 –陳華鍵老師他們新開的公司行動基因,用的是類似方法、只是不同機器(Ion Torrent PGM/Proton) –Archer: Archer™ FusionPlex™ FGFR Panel (USD 495 / 8 rxn) –Life: Ion AmpliSeq™ RNA Fusion Lung Cancer Research Panel –與台大合作部分，詳見HPV and p16 in HNSCC. (按我連結)  –ds-cDNA protocal from Yi-Mi and Dan (03/05/2015). (按我下載) […]

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sgRNA construction

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關於CRISPR sgRNA的設計跟構築 除了委託廠商代工外 現在常用的方法 是利用外切 restriction enzyme去製造linear plasmid 再利用合成stick end 互補股引子的方式去 ligation 常用的restriction enzyme會是類似BbsI這類特別的酵素 因為他們的切點在辨識序列的外側 (5′ or 3′)來行成stick end 所以只要在合成primer的時後先預留正確的extra base 將回溶/reannealing/PNK 處理過的片段作ligation 就能得到sgRNA vector， 要在經定序後確認，即可得到sgRNA。 目前sgRNA的確認只能用定序的，因為塞入的片段太小(23bp)， 加上sgRNA設計的時候沒有在原始被移除的序列中加上vector其他部位已經有的切位 所以需要這部，或是可以在製造linear vector的時後check 不會有 uncut vector存在 addgene提供的 空sgRNA vector 多數是用這個方法(Humanized sgRNA是例外，我被暗算過)empty sgRNAhttp://www.addgene.org/crispr/empty-grna-vectors/ 裡面也有提供類似冷泉港的單一vector。 利用這個方式建構的sgRNA成本會遠低於委託廠商代工 主要花的錢包含vector購買(NT 3000)/ primer 合成 (~50 bp per clone)/ PNK 跟 restriction enzyme  (各約莫三千元左右，可多次使用) 以下在附上我常用的sgRNA設計網站sgRNA

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二期癌症缺口計畫2015

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2015.01.15(W4) 11:00 am­ 口腔癌缺口計畫會議 總計畫中文: 針對台灣口腔癌前病變惡性轉化開發快速診斷與有效化學預防之整合研究 總計畫英文: Rapid diagnosis and effective chemoprevention for malignant transformation of oral potentially malignant disorders in Taiwan      計畫編號: MOHW103-TDU-212-114005 三月中旬舉行第二次meeting, 討論期中報告繳交． #1由 sufang 在 五, 05/29/2015 – 13:22 發表。 100例病人葉酸濃度紀錄 謝謝高醫、謝謝奕淇 2015/05 (n=20) #2由 mmiiee 在 二, 04/14/2015 – 09:09 發表。 口腔癌缺口計劃2015/4/8會議記錄 口腔癌缺口計劃2015/4/8會議記錄 日期: 2015年4月8日 (星期三) 時間: 10:00-12:30 am 地點: 竹南院區 研究大樓2樓 R2-2031會議室 出席人員: (出席人員以螢光筆標示之) 江士昇

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癌症個人化醫療前瞻論壇 @ 台北喜來登 星月廳 (B2F)

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20150111_癌症個人化醫療前瞻論壇 @ 台北喜來登 星月廳 (B2F)由 sufang 在 日, 01/11/2015 – 20:41 發表 Pre-published Meeting Oral Cancer Opening remarks: 賴瓊慧教授 (副研發長) 主持人: 王子豪醫師 (國外廠商contact him about STIP1) 閻紫宸教授: 台灣口腔癌病患新穎癒後生物標誌的發現與臨床意義 –Why OSCC: Taiwan has the oral cancer incidence in men worldwide –Oral cavity cancer: incidence, survival and treatment –廖俊達教授is the head of CGH HNSCC group leader (pastic

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2014-01-20 冷泉港 CRISPR 說明會

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大家好， 謹訂 1/20 下午1：30 在 R1-1041 舉辦 CRISPR 說明會， 由冷泉港的技術專員 陳博士與李小姐 負責解說， 內容包括 CRISPR 原理與應用、冷泉港 CRISPR 產品介紹與操作方式， 還有示範如何設計 guide RNA 如有其他問題或需求，歡迎現場提問， 請大家務必準時到場，謝謝 另外，當日的 Journal Club 順延一次 Nature. 2014 Dec 18;516(7531):423-7. doi: 10.1038/nature13902. Epub 2014 Oct 22. In vivo engineering of oncogenic chromosomal rearrangements with the CRISPR/Cas9 system. Maddalo D1, Manchado E1, Concepcion CP2, Bonetti C1,

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與IBPR開會小記

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由 sufang 在 五, 12/05/2014 – 10:12 發表 Pre-published IBPR Meeting 杏國Syncore (DBPR204, DBPR 104) 健亞Genovat (DBPR108, T2DM) 中天(Microbio)   cKIT, IDO1, IDH1, 大分子   COE of New Drug Discovery Success in clinical trials and regulation approval Drug discovery engine Team of excellent investigators Mentor/coaching/networking Triangular relationship (Target, Drug, Disease) PK/PD correlation Biomarkers Translational model

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Fusion gene detection

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由 sufang 在 六, 11/22/2014 – 09:01 發表 Cholangiocarcinoma cholangiocarcinoma FFPE Gene Fusion Nov 5 2014  Daw-yang Hwang 黃道揚 to LTCHEN, yngmiin  Dear Prof Lin, Dr. Chiang, and SF: I designed primers for ALK, ROS-1 FGFR2, FGFR3, and I can add primers for RET.In my research part (bladder and upper urinary tract cancer), I am collaborating

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