TCGA data download
上次回去尾牙
Dr. Lin 提到TCGA的DATA DOWNLOAD
目前找到的地方是這裡
https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/dataAccessMatrix.htm
我有試著下載 HNSC的miRNAseq的data跟clinical data
看data matrix
其中miRseq的data 應該是已經處理過的 給的數值是count 跟 frequency
但是會有不同read frame的問題
我想 gene expression 應該也會有類似問題
目前還是不知道怎麼處理
跟NGS資料分析 一點都不熟阿! XDDDDD
沒有!!
目前這邊也只靠cancer browser
查詢跟看相關性
是的，光是data processing就要費很大力氣，所以我才好奇蕭老師那邊他們有在用嗎？怎樣處理?
據我得到的消息是它有兩個tier: Open Access data tier及Controlled Access data tier。後面這個要經過一些申請步驟才能得到下面三種data:(1) Individual germline variant data (2) Exon Array files (3)
Primary sequence data (.bam files)