新書發表-Pathway Book v1

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由 sufang 在 三, 06/25/2014 – 10:37 發表 Pre-published 40TN 4NQO DOK Molas Oral Cancer

親愛的大家：我心目中的pathway mapping結果終於做好了! (按我下載Pathway book v1)。這是由三項microarray 分析結果而得到的結果, including (1) 40對T/N病人檢體; (2) (娟與夏的)AC, NNK, NIC-treated DOK cells; (3) 劉柯的 4NQO/AC-mouse. (按我下載 40TN_DOK_4NQO_Combo v1)。
 
下面開始說故事:
  1. 40TN的array結果經由江博的11SVA校正過batch effect後，把重復probe留下hybridization signal p value較低的那一個，因此每個基因只有一筆資料。這時的data稱為unique，n=16938。從unique中再去掉所有p > 0.05的gene，剩下的data稱為unique p < 0.05，n=12420。針對這12420個基因，每個基因都有一個average T/N，是由平均40對檢體T/N而來的，以倍數(fold)表示，大於二倍以上差異的有2508。 (frozen)
  2. 江博另外以Cox regression和病人資料作分析，T的部份與 recurrence有關的基因，p < 0.05者共有1947個。(frozen)
  3. 江博另外以Cox regression和病人資料作分析，T的部份與 survival有關的基因，p < 0.05者共有1366個。(frozen)
  4. 4NQO mouse model，以Illumina 給的normalized data，去掉hybridization p > 0.05，得到13449個unique基因。之後，比較 stage 0 vs stage (1, 3) vs stage 4，得到543個表現有差異的基因。(frozen)
  5. 靜娟、夏博的AC/NNK/NIC-treated DOK實驗詳情請見日前po文，這裡產生五個表，分別是：
    • AC/DOK2: differentially expressed gene number=2498 (frozen)
    • AC50 short/DOK3: 大於二倍以上差異的基因數目有1424 (frozen)
    • NNKs/DOK1: differentially expressed gene number=1013 (frozen)
    • NNK short/DOK3: 大於二倍以上差異的基因數目有1101 (frozen)
    • NIC/DOK1: differentially expressed gene number=1081 (frozen)
    • ps. 整個DOK project是基於18057個unique基因做分析。
  6. 上述大於二倍或是differentially expressed gene是由Molas中library comparison或cluster的功能分析而得，Molas相關資訊請見日前po文。
  7. 上述九個”frozen”資料在Molas上做pathway mapping.有四種mapping方式: (1) KEGG (2) GOBP (3)GOMF (4)GOCC. 後面三種是由GO (GeneOntology)細分出來的，GOBP是Biological Process，GOMF是Molecuar Function，GOCC是Cellular Component。Mapping出來都會有個p值，值越小越有意義。9×4=36，所以我的新書就是這36份分析結果。請各位夥伴們參考使用。怎麼用? Download->印出(這裡建議每頁印兩張slide，雙面影印)->browse and think and take notes and find interesting pathways to study!!
  8. 40TN_DOK_4NQO_Combo v1怎麼用? 這個是給大家 raw data。 有時聽到ㄧ個gene就可以進去看看在這三個platform裡面，表現趨勢為何? 像Notch1在40對裡頭T/N是0.93倍；在AC/DOK2是0.42倍；在ACshort/DOK3是0.84；在NNK/DOK1是0.73倍；在NNKshort/DOK3是0.85倍；在NIC/DOK1是0.66倍；在4NQO老鼠是0.86倍。
  9. 所謂v1就是應該會有更新版，包括現在只能PNT出來用眼睛看的，不能在pdf中search 是下次版本該加強的部分。另外，我很擔心有excel spreadsheet操弄時產生的錯誤，因此也麻煩大家幫忙挑錯!
  10. 最後，如果覺得不過癮的話，完整版的Molas結果請循下方連結下載，一共有3份excel檔，36張spreadsheet 。
    • 40TN_12 sheets v1
    • 4NQO_mouse_4 sheets v1
    • DOK Project_20 sheet v1
講完了，故事。
不搭嘎的話題: 請同時想想HOK/stromal cell/immune cell要怎樣切近來做!!

#1由 ywc 在 三, 06/25/2014 – 17:13 發表。
After searching the KEGG/GO

After searching the KEGG/GO information from Su-Fang, I am suggesting that the pathways listed below might be interesting in our studies.
A. ECM-related pathways
•ECM-receptor interaction
•Cell adhesion molecular
•Focal adhesion/Cell adhesion
•Laminin 5
B. Drug metabolism-related pathways
•Drug metabolism-cytochrome p450
•Metabolism of xenobiotics
•Chemical Carcinogenesis
 
LOH in OPL (oral premalignant lesion) screening (pmid:22911111)

3p14.2:
4q26, 4q31.1:
8p21.3, 8p23.3:
9p21: CDKN2A
11q13.3, 11q22.3:
13q12.3-13, 13q14.3:
17p11.2, 17p13.1: TP53
 
Wishing list:
  • 9q34.3: NOTCH1
  • 4q23: ADH1B


#2由 sufang 在 三, 06/25/2014 – 16:02 發表。
Su-Fang的讀後感想
我們Lab應該會致力於下面幾個pathways:
  1. Proetein digestion and absorption: 包括COL4系列的membrane ECM堆積與LOXs enzymes的上升
  2. Focal adhesion：尤其和receptor tyrosine kinase DDR1相關之處
  3. ECM-receptor interaction：尤其和receptor tyrosine kinase DDR1相關之處
  4. Cell adhesion molecules：尤其和receptor tyrosine kinase DDR1相關之處
  5. PI3K-Akt signaling pathway：尤其和receptor tyrosine kinase DDR1相關之處
    • 上述2,3,4, 5是因為想和宛樺正在投稿的DDR1 (overexpressed in both 40TN (1.61 fold) and 4NQO mouse (1.49 fold))連上關係。DDR1並不在T.recurrence或T.survival list中，但是卻和pathological staging有相關。我們懷疑透過collagen的堆積，DDR1慢慢增加， collective cell migration能力逐漸上升，同時突破越來越硬的ECM。(很傳神噢?我們一定把它證明出來!!)
  6. TGF-b signaling pathway: 促進collagen堆積
  7. Notch pathway：down-regulation 或 truncated mutation造成keratinocyte分化不對勁(只有daughter cell, 沒有mother cell 參考 Journal Club Post )。另外也與field cancerization/effect有密切關聯。
  8. TP63/Trp63 signaling pathway: 與keratinocyte分化有關
  9. Tryptone metabolism/CXCL1, 2, 3, IL6: 這是想知道40T/N中IDO1是怎麼上去的 (3.39倍)?
    • IL6 autocrine (洪副)
    • COX2 in MCF7 -> release PEG2 ->bind to EP receptor on fibroblast->induces IDO1->Kynurenine (洪副)
    • CXCL1 (GROa), CXCL2 (GROb), CXCL3 (GROgamma) (素菁)
    • activated stromal cells, mesencymal stem cells (Betty and 素菁)
       
 
HOK部份
  1. Repeat DOK部份實驗，並加入synergistic treatment，做短時間處理 例如3~5天。
    • NNK, NIC, 4NQO是否擇一而行?
  2. 考慮加入stromal cell (immortalized fibroblasts或MSC cells)
    • Transwell (1 micoM)
    • cell-cell contact (co-culture的意思，其中一個細胞可以label with 螢光染劑polyhydroxyalkanoates (PHA))
  3. AC/NNK-treated stromal cells
  4. RNA-seq看expression (FPKM值)                       
 
LOH in OPL (oral premalignant lesion) screening (pmid:22911111)
3p14.2:
4q26, 4q31.1:
8p21.3, 8p23.3:
9p21: CDKN2A, (NOTCH1/9q34.3, 殘念)
11q13.3, 11q22.3:
13q12.3-13, 13q14.3:
17p11.2, 17p13.1: TP53
6/26/2014

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