(From google Groups/sflinlab2020)
覺得YH昨天的lab meeting slide整理進步許多，值得嘉許，請繼續保持、再精進~
雖然還有DAVID/KEGG部分沒有報完，我想請奕宏以NCKU-OrCA-40TN (n=80) 這一組data，替代TCGA HNSC (n=526) 作類似分析，建議步驟如下
- 請至 ExpLog_2020_04 YHL區，取一個實驗代號，題目為Molecular subtyping of NCKU-OrCA-40TN by DeClust method
- NCKU-OrCA-40TN expression matrix 及 metadata 請由NHRI_NICR_R2-1211/2019_12_Xena…下載
- expression matrix = exprs.0419.18047.txt
- metadata = clinical_features_20200610.txt
- 另有一筆R markdown file, 是我讀開這兩個txt檔的筆記供參。
- 請照昨天的作法，先run DeClut，看看這80個檢體可跑出幾個subtype
- 跑Estimate，了解每個檢體 stromal, immune, estimated tumor 分數。
- 跑CIBERSORTx. 這一次用Puram (就是昨天你show的head and neck scRNA-seq)
- ps 蔡博士講那一篇paper的三份slide雲端連結按我。
下週二因為TY要rehearsal JC paper, 所以再下ㄧ週 (07/07)，由你來報這邊的進度:-)