2014

心得彙整暫存區

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2008/09/03 Lab Meeting心得彙整 1.一週三天有固定時間不能做實驗,會不會太沒效率了?來和與星期二下午的大瞇合辦怎麼樣? 就是說當天不在大瞇報的二個人就在小瞇報. 小瞇就排在大瞇前一小時,也就是一點或一點半和SFL討論.這樣一來平均每種meeting(被瞇得昏昏欲睡了吧)就是二個星期報一次. SFL昨天確實有被擊垮的感覺 （還是太久沒好好靜坐了?）2. RAZ 最早是小Kenney和飄魄的Pagano發現的.這個實驗室和英俊的Sergeant有進一步探討 3. Transcriptional activation 與 轉錄因子phosphorylation 正相關之例子搜尋4. 低溫長時或高溫短時對GST-N600/GST-Q658之水溶性影響, KR OGlcNAc 最後一張圖待補5. CKI與老化 (ERKV與PI3Ki/CKI) 6. Failure in 293/green EBV (DNA from ingrid or CGU) 2008/09/16 Lab Meeting 心得彙整 CCL:亞硝胺stock分裝成小包裝,每次拿一瓶aliquot出來用,用完即扔不重複使用. 請再做一次Dox (5 ng/ml) alone,24~72小時的提引(若細胞夠再加入亞硝胺部份(0.05 ug/ml)的實驗組). 預期的EAD expression kinetics 請參照白板上心瑋/小嬿之powerpoint列印檔.謝謝. 2008/12/02 Lab Meeting 心得彙整 Team-work部份結果已出爐, 正商請李老師幫忙分析中。綜合目前western結果,小丸子的二批檢體都有 wash-off現象,小蓮的檢體正以EV、KV downstream protein來確定標示問題。等確立完成後再來萃取RNA。Ingrid的兩批則較沒有wash-off現象,原因不明。另一批要抽RNA的檢體是沒有 dox的control。小結:Team-work–>Perfect!看來我們會得到一張相當不錯的地圖的。很振奮耶,米那桑。 2008/12/16 […]

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LabLog-Ingrid篇

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#1由 ingrid 在 三, 01/14/2015 – 16:52 發表。 RT-qPCR protocol #2由 ingrid 在 一, 01/05/2015 – 16:57 發表。 用GAPDH當internal control #3由 ingrid 在 一, 12/22/2014 – 16:18 發表。 arecoline-oral keratinocytes RT-qPCR相關的結果 送去做RNA-seq的OKB2細胞的RNA，做了3次RT-qPCR，但結果似乎都不如預期，只選擇一次結果放上去。 #4由 sufang 在 六, 01/10/2015 – 20:32 發表。 Nature. 2015 Jan Nature. 2015 Jan 8;517(7533):170-3. doi: 10.1038/nature14029. Glutathione activates virulence gene expression of an intracellular

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LabLog-小夏篇

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#1由 EVKVLIN 在 二, 05/12/2015 – 15:07 發表。 2014/05/20 IFA assay for p-gH2AX(S139) in dox-treated 293TetER AE703 Immunofluorescence assay for p-gH2AX(S139) in dox-treated 293TetER 5/6 Seed 1X10^5/6-well in 22mmx22mm coverslip 5/7 add Dox50ng/ml 5days 5/12 Immunofluorescence assay –> Fix with A. 100% iced MeOH -20degreeC 5min (3片NC,3片Dox) B. 2% paraformaldehyde RT10min (2片NC,2片Dox) ==> to test the fix condition (AE702) 5/15 Fixed

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LabLog-小嬿篇

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由 mmiiee 在 四, 04/03/2014 – 11:43 發表 LIN Lab 2016 LabLog mmiiee 小嬿 LogID Title  Initial  Date AC001 To test EBV DNA polymerase primer by Q-PCR (trial 2) YJC 3/21/10 AC003 Test induction efficiency of TW01-EREVp2089 clones by SB (trial 2) YJC 3/22/10 AC004 To detect EBV Rta level between EREV8 and NA cells

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關於EBV infection

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關於EBV infection的實驗, 以下是我的構想, 歡迎大家提供意見討論! 目前預訂 2014/04/03 recover NP460hTert2014/04/07 seed cells / concentrate virus2014/04/08 infection以上 #1由 ingrid 在 五, 04/11/2014 – 10:22 發表。 部分結果出爐 #2由 ingrid 在 一, 04/28/2014 – 16:39 發表。 Rta蛋白質在EBV感染OKB2後有表現出來喔!! #3由 sufang 在 一, 04/28/2014 – 16:46 發表。 讚! 濁水溪的Zta抗體好嗎? 我們沒有4F10了嗎? 同理，Argene的Rta比濁水溪的Rta好嗎? 張堯老師對我們的homemade Rta抗體真是讚不絕口。 #4由 ingrid 在 一, 05/05/2014 – 14:41 發表。 重新strip後，Zta抗體(4F10)及濁水溪的Rta皆沒有band。 #5由 mmiiee 在 一, 04/28/2014 – 16:41 發表。 AC619_film 附上之前做HEK293

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關於CCND1 promoter

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關於CCND1 promoter由 EVKVLIN 在 二, 04/01/2014 – 14:52 發表 EBV and KSHV CTCF Rta senescence03/25/2014 Dear 嬿如， 昨天張堯老師來電說第一次做出來的DAPA結果竟然與他們預測的不一樣 -> Rta binds to both the wild-type and the RRE mutated probes!所以我與他要了sequence來看看可能的解釋是什麼. (上次K156A的結果，有測CCND1嗎? Rta是直接結合到這個promoter上嗎? thank you)———————03/26/2014Dear Dr. Lin, 上次K156A的結果在CCND1上也不是很明顯(EREV8中wild type : K156A= 0.7: 0.76, 而在ERKV中為0.87: 1.21) (如附件Fig.1) 在CCND1 promoter上的potential RRE, 我是用5′-GNCC(N9)GGNG-3’預測出來的在張堯老師所設計的probe片段中沒有其他位置有GNCC(N8-N10)GGNG或是CC(N9)GG等選擇但是DAPA結果顯示Rta還是bind此段序列, 所以我猜core element的條件可能要更鬆一點我試用另一個序列來預測RRE(如附件Fig. 2)用interval region為8 bp的motif來搜尋probe片段, 則會發現CBS上可能有potential

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Functions of S100 Proteins

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不好意義!! 那麼晚回覆 S100 Proteins 會和那些receptors作用，我查了一些Paper ，不同的 S100 Proteins 確實會和許多receptors作用，進而影響下游的signaling pathway 有空的話可以參考這篇 (他寫的很詳細) Curr Mol Med. Jan 2013; 13(1): 24–57. 謝謝!!

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寄送RNA給高醫黃道揚醫師

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由 ingrid 在 二, 04/01/2014 – 13:03 發表 Cholangiocarcinoma FGFR fusion 高醫 黃道揚 Dear SF, My mailing address is:高雄市三民區自由一路100號5F腎功能室. ———————– SFL1=988 ng/ul C9 RNA 15 ug = 15ul (希望他能訂出FGFR3-TACC3) SFL2=792 ng/ul SW780 RNA 15 ug = 20ul (希望他能訂出FGFR3-BAIAP2L1) SFL3=1100 ng/ul TW2.6 RNA 15 ug = 13ul(希望他訂不出任何FGFR3 fusion) #1由 sufang 在 五, 07/25/2014 – 11:29 發表。 7/24 黃醫師來函 Daw-yang Hwang

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OrCa小組會議_DOK related

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由 sufang 在 四, 03/27/2014 – 00:00 發表 Oral Cancer Arecoline DOK nicotine NNK OrCa小組會議 (03/27/2014) 素芳的筆記本： nicotine: 500 uM NNK: 10 uM arecoline (AC): 50 uM or 100 uM treated for ~ 1 year, looking for carcinoge-tolerant cell clones, eg. NNK4, NNK5, NNK6, NIC4, NIC5, NIC6 doubling time migration assay In vivo tumorigenesis Expression

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