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花開見佛悟無生、不退菩薩為伴侶! 願陳院士早日乘願再來，度盡一切病苦眾生!

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 from groups.google.com/News Dashboard) (treasureCollection) 06/24 22:27 中央社 陳定信病逝享壽76歲 畢生推動肝病防治引領國際 (tinyurl.com/ybnfemhq) 台大醫院副院長吳明賢晚間接受中央社記者採訪時表示，陳定信數十年來關心研究進展，也熱愛教學，儘管早已退休，每天仍到辦公室從事研究工作，且到臨床指導後進。陳定信樹立了醫師科學家的榜樣，帶領許多優秀的後輩為台灣貢獻所長。 研究成果可為臨床治療扎根，吳明賢說，自己印象很深刻，從前擔任住院醫師時曾聽陳定信說過，當醫師看病，一次只能救一個人；但透過好的研究，可以一次幫助很多人。因重視研究的精神，陳定信帶領的研究團隊享譽國際，台灣不管是肝病研究或臨床治療都是世界一流水準。 此外，吳明賢說，陳定信也非常有台灣本土意識，扎根台灣、放眼國際。過去台灣消化系醫學會曾一度因中國因素，差點被國際消化系醫學會除名；當時也是因陳定信的國際名望和台灣在肝病領域的佳績，讓國際不容忽視。 2011/04/13  天下人物特寫 陳定信　先做人，再做醫生 (tinyurl.com/ycbo8sa3) 非常感謝陳醫師當年的鼓勵與照顧! 在肝炎中心短短幾個月，目睹由擔當、遠見、謙遜中所散發出的自信，影響後學的力量是歷久彌新的。 哲人日已遠，典型在夙昔，慟。

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聽完昨天lab meeting後、給奕宏的建議

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 (From google Groups/sflinlab2020) 覺得YH昨天的lab meeting slide整理進步許多，值得嘉許，請繼續保持、再精進~ 雖然還有DAVID/KEGG部分沒有報完，我想請奕宏以NCKU-OrCA-40TN (n=80) 這一組data，替代TCGA HNSC (n=526) 作類似分析，建議步驟如下 請至 ExpLog_2020_04 YHL區，取一個實驗代號，題目為Molecular subtyping of NCKU-OrCA-40TN by DeClust method NCKU-OrCA-40TN expression matrix 及 metadata 請由NHRI_NICR_R2-1211/2019_12_Xena…下載 expression matrix = exprs.0419.18047.txt metadata = clinical_features_20200610.txt 另有一筆R markdown file, 是我讀開這兩個txt檔的筆記供參。 請照昨天的作法，先run DeClut，看看這80個檢體可跑出幾個subtype 跑Estimate，了解每個檢體 stromal, immune, estimated tumor 分數。 跑CIBERSORTx. 這一次用Puram (就是昨天你show的head and neck scRNA-seq) ps 蔡博士講那一篇paper的三份slide雲端連結按我。 下週二因為TY要rehearsal JC paper, 所以再下ㄧ週 (07/07)，由你來報這邊的進度:-)

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睡覺前還是查一下mailbox, 還沒回音 (CAF index MS)… 明天家裡日曆的每日格言是…

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 Jun 23, 2020, 10:01:51 PM 「最困難的時候，就是離成功不遠的時候。」  睡覺去吧!  (31-3)+23=51d 賴亭羽<b002010033@gmail.com> Jun 24, 2020, 2:18:22 PM to sflinlab2020   (31-3)+23=51 d  <- (._.)? SFL<sflin1@gmail.com> Jun 25, 2020, 11:22:01 AM to sflinlab2020 (31-3)+25=53! 您嘛給我醒一醒…推推推… ___________________________________________________________ Jul 10, 2020, 2:23:30 PM Reviewer#2 名字揭曉! 原來是亭羽JC paper 團隊中，2017年J Exp Medicine的第一作者, 謝謝丹尼爾大大… Distinct Populations of Inflammatory Fibroblasts and Myofibroblasts in Pancreatic Cancer (PubMed

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第一份測試po文

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(From google Groups/sflinlab2020) 成功收到第一份 來自 Guest Forum 的測試文。 早上一直找不到「建立群組」按鈕，結果先在 @gmail.domain 建立一個新群組，邀請 @g.ntu加入，就成功了 a reply mail from lab account also works 先到 https://groups.google.com/forum/#!newtopic/sflinlab2020 論壇區發表主題  就可以開始玩… 賴亭羽<b002010033@gmail.com> Jun 23, 2020, 9:17:18 AM to sflinlab2020 玩…網站? 所以要貼主題的意思嗎? SFL<sflin1@gmail.com> Jun 23, 2020, 9:50:31 PM to sflinlab2020 Yes, post whatever you wish to discuss, record, or show-off here.

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The hybrid E/M phenotype of EMT 竟然與 collective migration有關

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Survival Outcomes in Cancer Patients Predicted by a Partial EMT Gene Expression Scoring Metric (PubMed Link)  Jason T George, Mohit Kumar Jolly , Shengnan Xu, Jason A Somarelli, Herbert Levine  Recent experimental and theoretical evidence suggests that cells can be stably halted en route to EMT in a hybrid E/M phenotype. Cells in this phenotype tend

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D614G的最新進展

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被地震嚇醒，然後.. 找到知音了  一整個掃掉被地震嚇醒的擔憂，哈哈哈 原新聞連結如右 tinyurl.com/ya4ydkd3 The D614G mutation in the SARS-CoV-2 spike protein reduces S1 shedding and increases infectivity (bioRxive 06/12)Lizhou Zhang, Cody B Jackson, Huihui Mou, Amrita Ojha, Erumbi S Rangarajan, Tina Izard, Michael Farzan, Hyeryun Choe作者群名字看起來像中國人，其實是USA Scripps Research Institute # (old thought by SFL) 這個點與ACE2結合區離得蠻遠的，看得出來它自成一區，但卻無法猜出分子機轉。另外，D to G 似乎在演化上是理所當然之變… 06/15 原來要這樣講才對… https://youtu.be/Fvd-J1kIOYQ?t=31 # SARS-CoV2 # D614G

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Reviewer 3: It will be nice if you can share the codes… (CAF index MS)

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哎呦我的媽，醜醜的code見得了人嗎? Difference between R MarkDown and R NoteBook NoteBook多一個 .html檔，多麽邪魔 Daniel 太好了! 這一篇有望被接受! 我是安裝Gossamer bioinformatics suite (https://github.com/data61/gossamer)使用裡面的Xenome模組 (https://github.com/data61/gossamer/blob/master/docs/xenome.md) Xenome 我需要給一個workflow的 script file 裡面包含所有指令跟檔案路徑嗎? XenofilteR 應該可以直接給GitHub連結 (https://github.com/PeeperLab/XenofilteR) 對, 可以建立一個github account for this publication. 有兩種方式, 1, 直接fork (像給link, 可以追朔源頭) 別人的project, 2. 另外寫一套流程 python code for pipeline 把別人的程式碼放/包進來, 我之前都是一個個下指令, 沒有寫成腳本script 執行 這是我以前的github account …. :p  https://github.com/danielsu0523 都是直接implement成web application, Epimolas有放在江博士的github上

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Reviewer 3: It will be very useful of you can share your codes…

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哎呦我的媽，醜醜的code見得了人嗎? Difference between R MarkDown and R NoteBook NoteBook多一個 .html檔，多麽邪魔 Daniel 太好了! 這一篇有望被接受! 我是安裝Gossamer bioinformatics suite (https://github.com/data61/gossamer)使用裡面的Xenome模組 (https://github.com/data61/gossamer/blob/master/docs/xenome.md) Xenome 我需要給一個workflow的 script file 裡面包含所有指令跟檔案路徑嗎? XenofilteR 應該可以直接給GitHub連結 (https://github.com/PeeperLab/XenofilteR) 對, 可以建立一個github account for this publication. 有兩種方式, 1, 直接fork (像給link, 可以追朔源頭) 別人的project, 2. 另外寫一套流程 python code for pipeline 把別人的程式碼放/包進來, 我之前都是一個個下指令, 沒有寫成腳本script 執行 這是我以前的github account …. :p  https://github.com/danielsu0523 都是直接implement成web application, Epimolas有放在江博士的github上

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國際會議連結網址

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2022 The 20th International Symposium on Epstein-Barr virus (EBV) and Associated Diseases will be held in Siena, Italy, on July 3rd-6th, 2022. (http://www.congressi.unisi.it/ebvconferencesiena/) 2020 EBV20 (Hokkaido, Japan) (Postponed due to pandemics) 2020 AACR56 virtual meeting  04/27-04/28   06/22-06/24 2020 ASCO20 virtual meeting 05/29-05/31 (Scientific) 08/08-08/10 (Education) 2019 ASCO19 (Chicago, USA)  index page 2019 KSHV22 workshop (New York, USA)

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