有一個好理由說明不要用它來做trafsfection mixer:this machine serves up-down “micro” mixing. Yet, after well-vortex, it suggests you to do a centrifugation step, to bring down everything back to the bottom. Without this step, some HD/DNA mix may adhere on the wall of microplate.所以,辛苦一點,在eppendorff內做調配DNA/HD的動作吧!謹勉之。
有空要多留言喔,告訴我們你很威風(或是相反)。分發時抽到能幫助你成長的籤。吃到不好吃的食物就立刻回想起在這裡的種種negative controls。志玲姐姐改走勞軍路線、胃疼不藥而癒、前途光明燦爛!
RNA Polymerase II Pausing 的延伸閱讀歷史背景介紹(before 2005):1986年Lis實驗室首先發現以chromatin immunoprecipitation (ChIP)偵測RNA Pol II在果蠅Hsp70 promoter(hsp70)的結合位點時,發現雖然還未被heat induction,但hsp70上卻已有Pol II binding.他們進一步以KMnO4 footprinting和nucear-run等解析度較高的技術算出,在未被heat shock的hsp70上 面Pol II結合位點集中在transcription start site下游20~50 nt附近(+20~50).這種RNA Pol II停在+1下游40 nt左右,而且不再往前polymerization的狀態稱為promoter-proximal pausing.因為hsp70被heat shock後transcript的合成的上昇速率高達100~1000倍之多,因此當初認為這應該僅僅是少數的特例之一.在mammalian cell中較為熟知的類似例子有三,分別是c-myc (1992), c-fos(2006), 和junB(2006). Pausing 的另一種含義是elongation受阻,在in vitro實 驗中發現,若加入positive transcription elongation factor b (P-TEFb)那pausing的現象可被大幅解除.P-TEFb是由cyclinT1和CDK9組成.其中CDK9扮演的角色就是 phosphorylate停滯在promoter-proximal pausing上的三種成份:(1)Pol II CTD上的Ser5 (不知道是不是52個repeat上的S5都會被modify) (2)negative elongation factor-DSIF(磷酸化後的DSIF反而變成positive ELF,會與Pol II緊密結合在一起,直到做完transcription後,一起跳海) (3)另一個negative ELF complex叫NELF(由A,B,C/D,E四個subunit組成,磷酸化後的NELF會掉下來,是一個正港的negative elongation factor!) 病毒界有兩個蛋白質是透過與CDK9結合/增加Pol
深思熟慮的Pol II (10/13 更新) Read More »
2006/10 Molecular and cytogenetic changes involved in the immortalization of nasopharyngeal epithelial cells by telomerase (the link to NCBI) 2008/10/10 這一篇.所以送EBV進入NP460h-hTERT不就等同於把EBV關禁閉? Dr.George Miller有篇在J.Virol.Methods(2006)的文章,看起來像是一位MD/PhD的學生做的。他以兩位IM病人血清(富含各種anti-EBV抗體)去分離經NaB處理過的P3HR1(HH514)細胞。分什麼呢?分那些在走lytic cycle和不被NaB活化的HH514。分下來後的細胞再送回去petri-dish養。結果發現走lytic cycle的細胞無一存活、而沒有induce的細胞可以再被養回來,而且induction rate隨著時間增加而增加。很有意思的一篇文章。George大學是學歷史的,非常會寫文章,邏輯性很強而且要言不贅,讀他的paper總覺得能做science真好。 2010/02 MTA_Signed_LinSF_NP460hTERT 2010/08 Epstein-Barr virus infection in immortalized nasopharyngeal epithelial cells: regulation of infection and phenotypic characterization (the link to NCBI) 2012/06 AC944 Primary infection of akata-EBV in NP460hTert
Primary infection of EBV in keratinocytes – the history Read More »
2008/10/10_hTERT抑制EBV複製及For Phil文章一篇由 sufang 在 五, 10/10/2008 – 16:40 發表 Older Posts EBV NP460hTERT 2008/10/10_hTERT抑制EBV複製及For Phil文章一篇 由 sufang 在 五, 10/10/2008 – 16:40 發表 Older Posts EBV NP460hTERT 這一篇.所以送EBV進入NP460h-hTERT不就等同於把EBV關禁閉? Dr.George Miller有篇在J.Virol.Methods(2006) 的文章,看起來像是一位MD/PhD的學生做的。他以兩位IM病人血清(富含各種anti-EBV抗體)去分離經NaB處理過的P3HR1(HH514) 細胞。分什麼呢?分那些在走lytic cycle和不被NaB活化的HH514。分下來後的細胞再送回去petri-dish養。結果發現走lytic cycle的細胞無一存活、而沒有induce的細胞可以再被養回來,而且induction rate隨著時間增加而增加。很有意思的一篇文章。George大學是學歷史的,非常會寫文章,邏輯性很強而且要言不贅,讀他的paper總覺得能做 science真好。
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那麼,祈願美國經濟不可崩盤,歐盟諸公繼續挺台灣入衛,台灣八點檔連續劇恢復一個鐘頭,青菜水果價格恢復…（喂喂喂,大家多多開文啊,這裡是”Our Thoughts”~寫了不愛還可以自己消掉啊.也許大家都忙著做實驗吧,看來當老闆還是不錯的)下週二Lab meeting時,小嬿要報告RNA Pol II pausing的paper(rehearsal).現在請各位捫心自問:R/Z這些傢伙是怎樣幫忙RNA Pol II做病毒基因轉錄的?
拍拍手,我們歡迎你,旻潔!(確定不用藝名嗎?)(又,依據老鼠會原則可否請把Sheng-Yen的email給Reactivation(sflin3@gmail.com)我等他過一陣子較不忙時再邀他加入作者群). Many thanks, and again, welcome!
On Sep-16-2008 AM 10:00, SFL wrote:Dear All, 陳老師在上週三院務會議後,熱切地吩咐我要把Rta造成MN增加的現象(楚穎論文)再加幾個圖(仿常申之paper)希望Int. J. Cancer這一篇被接受後,能夠把Rta對GI的contribution由我們Taiwan人自己發表(餘略)—————————————————————————–三個成見(二不一會):1. Rta’s function in the cytoplasm is NOT considered here.2. Rta-mediated MN formation in cells during EBV lytic replication may NOT contribute to NPC tumorigenesis, because cells may die before MN are formed.3. Rta does lead to MN and rH2AX formations in EBV-ve cells. Rta, AKT/ERK