Pdf of Cell Cycle Paper
在Nas上,請自行下載。標明”LOW”那一份是resolution較低,雖然我不太確定哪裡不一樣。紙本已幫每位作者都印好一份,下午會收到。
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SFL
實驗室工作分配(初稿)
小丸子:OrionL、PCR儀器前公用區域、細胞間、咨詢。Ingrid:管帳、庫存採買、CO2/LqN2、化安、團購、同事間感情維繫。小蓮:生安、lightbox前公用區域、協助管帳及庫存採買。小嬿:藥品間、protein bench、new idea引進、發問。以上分配是可以喬的,若覺得太多或沒有分配到你的天生強項,請務必留言告知。買東西方面還是跟往常一樣,多問、多想。購買時的登錄、貨到達時的簽收、datasheet歸檔等好習慣,大家要繼續保持。 新年度開始,建議大家訂閱Nature中文繁體版。每週四讓它帶給你最酷的新知!方式：啟用你希望寄達的email帳戶,開啟一份新mail,收件人處貼上下列住址,naturehcontents-on@mail-list.com餘皆空白,然後按send就成了。若看了不愛,只要找到mail最下方unsuscribe的連結,也是寄出一份空白信就okay了,神不知鬼不覺地…另外歡迎大家詢問MyNCBI, RSS如何訂閱及使用等小撇步。工欲善其事必先利其器,我們千萬不要輸在起跑點… 最後是下星期三(1/14)吃大餐前一、二個小時,我們得撂起袖子,好好地把灰塵請走(書桌上的、櫃子上的、儀器上的、bench上的)。另外去年買了一罐碧麗珠放在paper cutter旁,也請多加利用。多勞動一下晚上的飯菜必定更加香甜〜 ps各區域負責人有任何”規矩”希望大家遵守的,請隨時提出來,謝謝。
Bye~2008!
話說老灰阿SFL是不太過新曆年的，因為農民曆(各廟宇均免費提供，這裡也有)好日子壞日子推算之精準,是令我著迷、捨陽就陰的最大原因。於是我的題目應是Bye~little mouse! Little mouse年我們實驗室有了學生，有了post-doc，終於稱得上是轉大人成功。在基因層面上，我非常感激Jackie，JYChen， JYChang，及KW的支持。在外型表現上,我要謝謝小嬿及小丸子的加入，還有各個邀我當他們論文committee的老師與學生。這樣一來再加上原有的英蓮二傑，所以在這一年年底我們成功地把第一份論文推上Pubmed！這裡還要請大家原諒我的任性，如果Cell Cycle到6月份新的JCR出來點數還是只有3~4,我還是會繼續挺它的-直到它的簡捷、是非分明、少政治味、勇於挑戰主流思想的氣質消失為止…（咦，跳tone了請接→）所以本實驗室中的學生要畢業、博士後要找工作、老闆要幫忙學生和博士後並且維持實驗室的正常運作不會被令歇業、而助理來協助老闆達成目標。每個人各司其職、卻又彼此之間環環相扣→按吶講、你講好不好啦。 Little mouse年我們發現Rta會造成細胞老化，而且也促成病毒reactivation。從microarray data我希望能找到、描繪出這兩項過程有無關聯。Chance是很大的，因為許多促成老化的生化過程，「感覺起來」和病毒活化所需的過程非常相似，所以放在你們桌子上的計劃書就是寫這部分實驗到目前為止的進度與想法。另外，雖然over-express KR細胞沒有太多變化，但是在little mouse年我們也確定KR的糖化與磷酸化對它的活性有影響。因為糖化與磷酸化對其它細胞轉錄因子活性的調節，都被報告得好像很重要，所以，多讀類似文章、深入各種機制、學說，是把它們推銷出去的最好辦法。這也是我們新年的第一、二要務。 財務方面、實驗室整潔、各項運作則要謝謝大家一年來的幫忙(尤其是Ingrid)。各位的分憂解勞讓我覺得當老闆還真是幸福啊！不過為了達到一流實驗室的目的，我們來年還是有進步的空間，這方面會另外闢文討論 。最後是祈禱bull year大家身體健康、智慧增長、有好玩的事情發生！
暑期生推甄情形
真是恭喜她們!—————————————————————老師妳好: 我是淑華，告訴你三件好消息，我們三個都考上了研究所，感謝你先前為我們所寫的推薦信，我們考上的學校分別為－－彥君是中央大學的生物資訊與系統生物研究所，佳足是屏東科技大學的動物疫苗科技研究所，我是逢甲大學的生醫資訊暨生醫工程碩士班，那段暑假時光，感謝妳的教導和照顧，謝謝老師。(12/24/2008) —————————————————————-10/23/2003 SFL wrote:暑假來的三位暑期生報考研究所情形:陳彥君(中正資訊工程,中原生物醫學工程,中央系統生物與生物資訊,元智生物與醫學資訊)、吳淑華(中興資訊科學與工程,東海資訊工程與科學,逢甲生物資訊暨生醫工程)、陳佳足(長庚資訊工程,屏東科動物疫苗科技研究所),報給各位學長姐知道一下!他們是認真的耶,我們怎可懈怠! 補充:亞洲大學 楊宗泰老師曾在本院資訊組任職過
什麼是元旦連假?
誰能告知一下今年元旦假期怎麼放?我想挑一天實驗室大掃除/望年會/分享/進度報告…然而我桌面上待寫的有年終報告/新年度計畫/國科會計畫/癌研所考評報告… 到底什麼是元旦連假?怎麼放?如果我們把和美||元老師家的聯合望年會改成一月份好嗎?院內的是1/14星期三,而除夕是1/25星期日。還有,妙極了,第一次看到CO2間紅燈會亮!是349的功勞嗎?謝謝Ingrid(下次能在網誌上公佈一下更好)。 在sflin3 blogspot上貼文與灌水,是你我的責任與樂趣—放手寫吧、大聲說吧。
Microplate Vortex
有一個好理由說明不要用它來做trafsfection mixer:this machine serves up-down “micro” mixing. Yet, after well-vortex, it suggests you to do a centrifugation step, to bring down everything back to the bottom. Without this step, some HD/DNA mix may adhere on the wall of microplate.所以,辛苦一點,在eppendorff內做調配DNA/HD的動作吧!謹勉之。
祝福逸人當官順利
有空要多留言喔,告訴我們你很威風(或是相反)。分發時抽到能幫助你成長的籤。吃到不好吃的食物就立刻回想起在這裡的種種negative controls。志玲姐姐改走勞軍路線、胃疼不藥而癒、前途光明燦爛!
深思熟慮的Pol II (10/13 更新)
RNA Polymerase II Pausing 的延伸閱讀歷史背景介紹(before 2005):1986年Lis實驗室首先發現以chromatin immunoprecipitation (ChIP)偵測RNA Pol II在果蠅Hsp70 promoter(hsp70)的結合位點時,發現雖然還未被heat induction,但hsp70上卻已有Pol II binding.他們進一步以KMnO4 footprinting和nucear-run等解析度較高的技術算出,在未被heat shock的hsp70上 面Pol II結合位點集中在transcription start site下游20~50 nt附近(+20~50).這種RNA Pol II停在+1下游40 nt左右,而且不再往前polymerization的狀態稱為promoter-proximal pausing.因為hsp70被heat shock後transcript的合成的上昇速率高達100~1000倍之多,因此當初認為這應該僅僅是少數的特例之一.在mammalian cell中較為熟知的類似例子有三,分別是c-myc (1992), c-fos(2006), 和junB(2006). Pausing 的另一種含義是elongation受阻,在in vitro實 驗中發現,若加入positive transcription elongation factor b (P-TEFb)那pausing的現象可被大幅解除.P-TEFb是由cyclinT1和CDK9組成.其中CDK9扮演的角色就是 phosphorylate停滯在promoter-proximal pausing上的三種成份:(1)Pol II CTD上的Ser5 (不知道是不是52個repeat上的S5都會被modify) (2)negative elongation factor-DSIF(磷酸化後的DSIF反而變成positive ELF,會與Pol II緊密結合在一起,直到做完transcription後,一起跳海) (3)另一個negative ELF complex叫NELF(由A,B,C/D,E四個subunit組成,磷酸化後的NELF會掉下來,是一個正港的negative elongation factor!) 病毒界有兩個蛋白質是透過與CDK9結合/增加Pol
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