SFL

Sp1 and Rta paper is here and here.

細胞飄到有coating collagen的地方, 會依次進行adhesion, spreading, migration三件事。其中collagen的主要對應receptor有ITGA2B1及DDR1兩種, 而且collagen-ITGA2B1之結合與collagen-DDR1之結合是互相獨立的事件,並不會互相競爭或抑制。可是、結合後傳到細胞內的傳遞訊息就會有交互作用:ITGA2B1-collagen走的是FAK signaling這個pathway、讓細胞長出filopodia、攤平。而這個pathway的一些訊息傳遞會受到DDR1-collagen的抑制(Vogel, Wang), 接著發現這個抑制會導致細胞攤不平(Yeh)。 經過一番仔細研究後, 2009年Vogel Group提出, 細胞接觸collagen要adhesion的那一刻, 細胞內actin filament會remodelling、myosin會和actin暫時解離開來,這時如有DDR1在,DDR1的C-terminus會和myosin緊密結合,於是細胞骨架的收縮力(contraction)大於伸張力(protrusion),所以spreading變少、migration變強。這篇文章在討論部份把Wang/Tang的發現安插在: DDR1還有一個功能就是透過抑制細胞內Cdc42的活性,使得ITGA2B1-collagen mediated spreading降低。另一方面,2010年Wang/Tang將昨天小夏報的paper進一步修正為DDR1的N-terminus把E-cadherin緊緊地拴在細胞表面上(與collagen和細胞density均無關),所以細胞-細胞間aggregate得很好,但同時DDR1 kinase的活性也被block住,無法傳signal下去。但是這個結合怎樣被去除掉,以及和細胞spreading, migration間的關連作者則未進一步做說明。 另外哈佛大學韓國人Lee Lab則發表了DDR1是p53活化MAPK/AKT pathways的重要媒介(2003),以及DDR1的表現可增加癌細胞的 chemoresistance (2006)。再來就是oncogene addiction理論, 我們要找個藥抑制DDR1 (這個及這個)。

發現幾個好site:1. Invitrogen/ABI.(Click). + NCBI PrimerBlast. (Click)2. OriGene. (Click) 簡單介紹步驟如下:1.在NCBI找出gene symbol (e.g. beta actin AND homo應該查到ACTB).2.到ABI TaqMan gene expression assays 輸入欲查之gene symbol及 limit物種在homo sapiens.3.Assay search的結果會給你數個result.其中“inventoried”是優先考慮的assay.4.在任何一個考慮的assay中以新視窗打開”Alignment Map”, 其中星號部分即是inventoried assay.右上方有NM_xxxyyxxx Refseq號碼,再以新視窗打開它.然後會出現此assay的詳細資料.讀完後記住assay location 位點,並且找到下方NM_xxxyyxxx Refseq號碼,再次以新視窗打開它,以連到NCBI site.5.在NCBI網頁上每一筆NM_xxxyyxxx都可自動做Primer3的引子設計工作(on the right “Pick Primers)6.以assay location位點為中心,左右各減/加100,放入Forward 及 Reverse中.7.輸入其它條件 and get your primers.

哇, Prof Blagosklonny MV 大作(Their Thought第一篇)登上PNAS! (可惜,還沒有pdf)

100元專區貨源(n=14)已傳上nas.有興趣者請前往瞧瞧.Thanks.

告別牛年,意味者也告別了KSHV。不過愛KV者也別太感傷,這是暫時的。 精確點說,本人只是想把KR部份做個結束,有些東西拖越久就越難收尾,現在應是把phosphorylation及O-GlcNAcylation兩篇推出去的最佳時機,咱們要把握機會。這裡要特別感謝中研院Khoo lab的鼎力相助、Ingrid及Maruko君的鍥而不舍,俗語說“戲棚子下站久了就是你的”,我想我們會成功的。 實驗室這幾年來建立的EV/KV lytic replication system在小嬿鴨子划水的努力下,第一份manuscript也出爐了,請台大幾位老師幫忙看一下,大抵反應還不差。我的構想是這篇文章著重在兩個細胞株的分析。最難但也最重要的部份就是:細胞都爛成這樣子了,到底有多少病毒產出?這部份set-up之後往下我們就會有一個概念→何謂permissive lytic replication。其實文獻上很難找得到像我們現在手上有這麼高比例, 這麼爛的誘導系統。真是破碎得好極了,我喜歡。 小夏一年來幫忙大家做許多“臨門一腳”的工作,這也要好好提出來感恩一下。大家在傳球上籃時如果個個都想當那最後一個投籃者,那麼這個隊伍的分數一定不高。希望大家能享受團隊合作、一起得分的感覺,也希望這個精神能在我們實驗室裡永遠流傳下去。不過,三月間的poster要好好做,趁這個機會理出ER和老化/G1滯留可以做的方向. i.e. 你該對ER大喊一聲: oh, baby, I am back! 現在來談談tiger year的展望。這年裡我們將以EBV為主(70%)口腔癌為輔(30%),先講較具新鮮感的OSCC (oral squamous cancer cell)。目前我們有五株本土OSCC細胞株, cDNAs皆已置備好。我們往下需要profile (by using Q-RT-PCR) 這些細胞株中PTK的表現情形。另外,由Ingrid及小夏製備好的一些蛋白質則想用來偵測各個細胞表現integrin及differentiation狀況。最後就是B藥對這些細胞株毒殺程度及其機制。在EBV方面則可分【夢幻型計畫】及【穩紮穩打型計畫】兩類。前者包括NP460-EREVp2089的建立; Rta在EBV感染primary epithelial cell後6~48小時內表現情形、對細胞有無明顯effect (如誘導老化); Rta遙控viral genome再活化之直接機制等等。後者則包括 TW01-EREVp2089, HONE1-EREVp2089, HeLa-EZEVp2089之建立; microarray結果中cell growth arrest與cytoskeleton reorganization兩大pathway結果之驗證;以及再分析幾種細胞中的transcriptomes表現情形等等。 Tiger年裡會有一個讓大家賺外快的【一百元專區】→凡是為大家報一篇該區中的paper,立即可得新台幣一百元。目前【一百元專區】的貨源就是在本Blog右上角那些不時更新的好文 (啥米,你到現在才注意到…昏)。若都不符合您的胃口,日後我會在nas上另開一個folder,把2010前一些值得大家討論的paper放進去。或者,可email給我你懷有極大熱情的paper,我會以最寬鬆的審核制度讓你放入該區。要讓寫作技巧進步、國際會議上和你的偶像可以交談的祕訣之一就是不斷地讀paper。學習人家怎麼賣他的想法、怎樣organize他的結果。福虎年裡就讓我們初生之犢不畏虎,大家好好加油!財源廣進! 最後, as usual, 財務方面、實驗室整潔、各項運作要特別謝謝大家一年來的幫忙。各位的分憂解勞讓我覺得當老闆還真是幸福啊！祈願Tiger Year大家身體健康、智慧增長、安和豐富、阿彌陀佛 ！(最後四字=無量光、無量壽之吉祥意)

我們家還有人在用IE嗎(包括BERTHOLD ORIONL那一台)?是不是考慮一下更換瀏覽器. 這裡. 不過話說回來IE又是院內網佔的最愛…真是搞不懂啊…