33 Lines由 sufang 在 日, 11/07/2010 – 00:00 發表 Pre-published 33 Lines Cell Lines Dan Robinson PAPA PTK profiling RAGE Cell Designation Tissue 1 Tissue 2 Morphology SW-13 Adrenal gland cortex, primary small cell carcinoma Epithelial T24 Bladder transitional cell carcinoma Epithelial SW-1353 Bone chondrosarcoma Fibroblast Saos-2 Bone Osteosarcoma Epithelial […]
1. CTCF是一個疆界蛋白,調控基因體該被轉錄或不該被轉錄的區域。 最近Genome-wide的ChIP-chip或ChIP-sequencing訂出human genome上約有15,000~20,000個CTCF binding sites。2. EBV和KSHV genome也會被CTCF bind,尤其在KSHV的latecny control region及EBV 的Qp都有被報導過。但是,在此次EBV會議中,聽到二組做此實驗的人在討論由Raji cell中所map出來的區域好像頗有差異。所以參考data時要特別注意。3.EBV Rta的recognition site究竟為何?CTCF是個典型Zn finger protein(11個finger), 但是Rta卻不像。
09/29 LabMeeting SFL Read More »
2010/09/20_CDKs和HCMV IE genes表現有關 CDKs和HCMV IE genes表現有關! 這裡. 已放入NTD100 shelf!
推薦一篇值得報告的文章 (CDKs和HCMV IE genes表現有關) Read More »
細胞飄到有coating collagen的地方, 會依次進行adhesion, spreading, migration三件事。其中collagen的主要對應receptor有ITGA2B1及DDR1兩種, 而且collagen-ITGA2B1之結合與collagen-DDR1之結合是互相獨立的事件,並不會互相競爭或抑制。可是、結合後傳到細胞內的傳遞訊息就會有交互作用:ITGA2B1-collagen走的是FAK signaling這個pathway、讓細胞長出filopodia、攤平。而這個pathway的一些訊息傳遞會受到DDR1-collagen的抑制(Vogel, Wang), 接著發現這個抑制會導致細胞攤不平(Yeh)。 經過一番仔細研究後, 2009年Vogel Group提出, 細胞接觸collagen要adhesion的那一刻, 細胞內actin filament會remodelling、myosin會和actin暫時解離開來,這時如有DDR1在,DDR1的C-terminus會和myosin緊密結合,於是細胞骨架的收縮力(contraction)大於伸張力(protrusion),所以spreading變少、migration變強。這篇文章在討論部份把Wang/Tang的發現安插在: DDR1還有一個功能就是透過抑制細胞內Cdc42的活性,使得ITGA2B1-collagen mediated spreading降低。另一方面,2010年Wang/Tang將昨天小夏報的paper進一步修正為DDR1的N-terminus把E-cadherin緊緊地拴在細胞表面上(與collagen和細胞density均無關),所以細胞-細胞間aggregate得很好,但同時DDR1 kinase的活性也被block住,無法傳signal下去。但是這個結合怎樣被去除掉,以及和細胞spreading, migration間的關連作者則未進一步做說明。 另外哈佛大學韓國人Lee Lab則發表了DDR1是p53活化MAPK/AKT pathways的重要媒介(2003),以及DDR1的表現可增加癌細胞的 chemoresistance (2006)。再來就是oncogene addiction理論, 我們要找個藥抑制DDR1 (這個及這個)。
發現幾個好site:1. Invitrogen/ABI.(Click). + NCBI PrimerBlast. (Click)2. OriGene. (Click) 簡單介紹步驟如下:1.在NCBI找出gene symbol (e.g. beta actin AND homo應該查到ACTB).2.到ABI TaqMan gene expression assays 輸入欲查之gene symbol及 limit物種在homo sapiens.3.Assay search的結果會給你數個result.其中“inventoried”是優先考慮的assay.4.在任何一個考慮的assay中以新視窗打開”Alignment Map”, 其中星號部分即是inventoried assay.右上方有NM_xxxyyxxx Refseq號碼,再以新視窗打開它.然後會出現此assay的詳細資料.讀完後記住assay location 位點,並且找到下方NM_xxxyyxxx Refseq號碼,再次以新視窗打開它,以連到NCBI site.5.在NCBI網頁上每一筆NM_xxxyyxxx都可自動做Primer3的引子設計工作(on the right “Pick Primers)6.以assay location位點為中心,左右各減/加100,放入Forward 及 Reverse中.7.輸入其它條件 and get your primers.