SFL

缺口計畫相關資訊

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由 sufang 在 六, 07/05/2014 – 17:12 發表 Pre-published Arecoline COE (Cancer of Excellence) OPMD Potentially malignant disorder 10/05/2014 (SUN) PK大賽 第二期癌症研究缺口補強計畫評選會議議程 開會時間：103年10月5日（星期日）上午10時 開會地點：本部204會議室 壹、主席致詞 貳、報告 時間 報告事項 報告單位及時間 10:05-10:20 一、科技發展組會議說明     二、簡報及委員問與答(報告10分鐘、問與答5分鐘)   10:20-10:35  (一)三陰性乳癌缺口補強研究計畫: 聚焦生物特性，個人化治療及新治療策略 (1100萬) 國立台灣大學醫學院附設醫院   10:35-10:50  (二)以基因體學方法找尋台灣早發性乳癌相關基因及生物標記 國家衛生研究院    10:50-11:05  (三)大腸直腸癌早期篩檢高準確率之生物指標開發 臺北醫學大學    11:05-11:20  (四)合併使用血清生物標計與糞便潛血反應於大腸直腸癌的篩檢效益(280萬) 國立台灣大學醫學院附設醫院        11:20-11:35  (五)大腸直腸癌免疫基因體檢測與人源化腫瘤(PDX)動物模式之開發(600萬) 國家衛生研究院         11:35-11:50  (六)吲哚胺-2,3-雙加氧酶在大腸直腸癌腫瘤進展與臨床預後之分子剖析: […]

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劉柯的4NQO老鼠與40T/N交叉比對部分

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由 sufang 在 六, 06/28/2014 – 15:59 發表 Oral Cancer 4NQO Oral Cancer 說在前頭: 目前我拿的還是Illumina normalized的”group” data. 這和江博前次所提，做過SVA1的M0, M1, M2, M3稍稍不同。等江博轉好他的data給我，我會儘快送入Molas，到時就可reconfirm大家心目中有興趣的基因/pathway在兩組資料中有 沒有差很大。 所以，我再囉唆一次，因為看了下面兩個圖後，我把stage 2的資料先不加入分析，因此僅看 stage 0, stage1, stage 3, stage 4的基因變化趨勢，共篩出543個基因，也就是Pathway Book v1中的”mouse model”部份。 開始敘述分析結果: DDR1在這個可愛的老鼠model中，表現量也是和staging有關: 1171 -> 1256 -> 1730 ->1829 算它1.5x上升，40T/N中是1.61x!  哈哈哈 哈哈哈哈…… ENO1: 1680 -> 2294 -> 2321 -> 3443.2, 平均1.7x。(工商服務: 四月初胰臟組同仁認為ENO1是CSC marker之一 日前po文按我)

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新書發表-Pathway Book v1

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由 sufang 在 三, 06/25/2014 – 10:37 發表 Pre-published 40TN 4NQO DOK Molas Oral Cancer 親愛的大家：我心目中的pathway mapping結果終於做好了! (按我下載Pathway book v1)。這是由三項microarray 分析結果而得到的結果, including (1) 40對T/N病人檢體; (2) (娟與夏的)AC, NNK, NIC-treated DOK cells; (3) 劉柯的 4NQO/AC-mouse. (按我下載 40TN_DOK_4NQO_Combo v1)。   下面開始說故事: 40TN的array結果經由江博的11SVA校正過batch effect後，把重復probe留下hybridization signal p value較低的那一個，因此每個基因只有一筆資料。這時的data稱為unique，n=16938。從unique中再去掉所有p > 0.05的gene，剩下的data稱為unique p < 0.05，n=12420。針對這12420個基因，每個基因都有一個average T/N，是由平均40對檢體T/N而來的，以倍數(fold)表示，大於二倍以上差異的有2508。 (frozen) 江博另外以Cox regression和病人資料作分析，T的部份與 recurrence有關的基因，p < 0.05者共有1947個。(frozen) 江博另外以Cox regression和病人資料作分析，T的部份與 survival有關的基因，p < 0.05者共有1366個。(frozen) 4NQO mouse model，以Illumina

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清大生科院 Biotech Job Fair

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外來文轉發 敬邀參加 5/29/2014 清大生科院 Biotech Job Fair 各位生技產業及教育界先進您好: 清大生命科學院長期培育跨領域的優秀生物科技、生物醫學人才，包括學士、碩士、博士、及博士後研究員。 清大生命科學院生科院職涯發展中心(NTHU College of Science Career Development Center)將於五月二十九日(星期四)下午舉辦『生物科技明日之星校園徵才(2014 NTHU Biotech Job Fair)』，敬邀 貴單位提供半年內預計徵聘人才的企業界職缺資訊。 敬請於四月十四日(星期一)前提供「企業人才需求表」，我們會依據 貴單位的人才需求內容收集本院及本校相關領域人才資訊，並積極媒合雙向互動。 歡迎您於五月二十九日蒞臨本院參觀及指教。 敬祝    順心如意 國立清華大學生命科學院職涯發展中心 黎耀基、張大慈敬邀   本活動聯絡人：楊子儀小姐 E-mail：show@life.nthu.edu.tw 電話：03-5742165

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很玄但是非常重要的文章 CTCF

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由 sufang 在 四, 05/15/2014 – 15:44 發表 EBV and KSHV chromosome conformation capture (3C) cohesion CTCF Topologically associated domain (TAD) Cell. 2014 May 8;157(4):950-63. doi: 10.1016/j.cell.2014.03.025.   Predictive polymer modeling reveals coupled fluctuations in chromosome conformation and transcription. Giorgetti L1, Galupa R1, Nora EP2, Piolot T1, Lam F1, Dekker J3, Tiana G4, Heard E5.Author information

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好康相報

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清華大學生命科學院職涯發展中心(NTHU College of Science Career Development Center)將於五月二十九日(星期四)下午舉辦“生物科技明日之星校園徵才” (2014 NTHU Biotech Job Fair)，目前已有19家廠商提供62項職缺資訊（博士職缺約需14名、碩士職缺約需40名以上及學士職缺約需14名），請點閱〝job fair(公告)〞或活動網址http://2014JobFair.life.nthu.edu.tw，（職缺訊息不定時更新）。 歡迎各位老師轉知活動訊息給實驗室應屆畢業生，敬請於五月二十日(星期二)前提供“履歷表“(點選下載)，E-mail寄給活動聯人–楊子儀小姐收show@life.nthu.edu.tw，我們會依據各位的意向資料提供給廠商進行媒合作業。 國立清華大學生命科學院職涯發展中心 黎耀基、張大慈、焦傳金 敬邀

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DOK_MOLAS analysis related

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由 sufang 在 三, 05/07/2014 – 16:40 發表 Oral Cancer DOK Molas Oral Cancer 提醒: MOLAS入口: 40T/N: 請用「Library comparison」, compare “average” and “N”. 4NQO mouse: 可按「Cludtering」–> view clustering result 玩玩看。 DOK project. login: pwd: 05/07 SFL小notes: ASS1 in NNK and AC treatment 都有下降。 Shiah’s AC vs DOK3: “GO: microtubule binding” ranks the best p-score. 共有17個genes invovled

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2014/03/31 雅雯老師升等演講有感

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由 EVKVLIN 在 二, 05/12/2015 – 10:10 發表  Older Posts   Seminar Identification of metastasis-related genes and microRNA in hepatocellular carcinoma and oral squamous cell carcinoma.        補充一張TCGA 2012 Annual Meeting上HNSCC project leader的slide, 解說HNSCC的tumor staging. Staging of oral cancer: Stage I T1, N0, M0 Stage II T2, N0, M0 Stage III T3, N0, M0 or T1, T2,

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重要文獻集中區_Oral Cancer

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重要文獻集中區_Oral Cancer 由 sufang 在 二, 09/16/2014 – 14:01 發表  Oral Cancer   Knowledgebase   Literatures   Oral Cacner Recent update on 2015/05/12。 Start: 04/09/2014 Timezone: Asia/Taipei 發送此內容 Transfer this content to remote ELN server Bookmark/Search this post with       ‹ HPV and p16 in HNSCCOSCC Cell Line STR information 20150312 更新版 › 增加新的回應   行事曆    

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FPKMs for C8, C9, K2, K6, OC3, OEC-M1 and TW2.6

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先致謝一下: UMich的好朋友們、中研院資訊科學研究所林仲彥老師、蘇聖堯同學。 Molas Portal Site (http://molas.iis.sinica.edu.tw/OralCancer/login.php)。 username: OralCancer  password: sufang 對有興趣的基因請先在NCBI_Gene找到gene symbol, 如DDR1, CBX8, COL4A5 etc. 然後按 “Full text search on annotation table” ，輸入gene symbol. 若成功跳出來該筆資料則直接click該gene symbol. 進去後一直拉到最下面即可看到這個基因在7株細胞中的FPKM值! 下圖是DDR1的搜尋結果。 另外、若使用 “Enrichment analysis”，則可以輸入多個gene symbol，一次可同時找多個基因。下圖是輸入FGFR四個gene symbol，做GO analysis所得結果。 大力感謝中研院林仲彥老師、蘇聖堯同學幫忙建立這個Portal Site! 如果各位想要知道心目中的gene在標題所示的七株細胞中表現量為何，請先在NCBI_Gene找到gene symbol,然後貼篇新文在這個blog裡，我們將儘快為您服務! —————-以昨日Jounral Club之內容而言，毛怪若想知道LKB1在口腔癌細胞中之相對表現量為何？HIF1-alpha以及下游的三個基因呢？ 那第一步就是去NCBI找出這些基因的gene symbol, 然後貼個文說想知道這些基因的FPKM (fragments per kilobase of exon per million fragments mapped)。FPKM是RNA-seq用來表示基因表現量的常用方法之一，我們由衷感謝UMich的朋友幫忙做這七株細胞的RNA-seq, 以及中研院合作夥伴幫忙把這些結果灌成一個portal site.

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