清華大學生命科學院職涯發展中心(NTHU College of Science Career Development Center)將於五月二十九日(星期四)下午舉辦“生物科技明日之星校園徵才” (2014 NTHU Biotech Job Fair)，目前已有19家廠商提供62項職缺資訊（博士職缺約需14名、碩士職缺約需40名以上及學士職缺約需14名），請點閱〝job fair(公告)〞或活動網址http://2014JobFair.life.nthu.edu.tw，（職缺訊息不定時更新）。 歡迎各位老師轉知活動訊息給實驗室應屆畢業生，敬請於五月二十日(星期二)前提供“履歷表“(點選下載)，E-mail寄給活動聯人–楊子儀小姐收show@life.nthu.edu.tw，我們會依據各位的意向資料提供給廠商進行媒合作業。 國立清華大學生命科學院職涯發展中心 黎耀基、張大慈、焦傳金 敬邀
由 sufang 在 三, 05/07/2014 – 16:40 發表 Oral Cancer DOK Molas Oral Cancer 提醒: MOLAS入口: 40T/N: 請用「Library comparison」, compare “average” and “N”. 4NQO mouse: 可按「Cludtering」–> view clustering result 玩玩看。 DOK project. login: pwd: 05/07 SFL小notes: ASS1 in NNK and AC treatment 都有下降。 Shiah’s AC vs DOK3: “GO: microtubule binding” ranks the best p-score. 共有17個genes invovled
DOK_MOLAS analysis related Read More »
由 EVKVLIN 在 二, 05/12/2015 – 10:10 發表 Older Posts Seminar Identification of metastasis-related genes and microRNA in hepatocellular carcinoma and oral squamous cell carcinoma. 補充一張TCGA 2012 Annual Meeting上HNSCC project leader的slide, 解說HNSCC的tumor staging. Staging of oral cancer: Stage I T1, N0, M0 Stage II T2, N0, M0 Stage III T3, N0, M0 or T1, T2,
2014/03/31 雅雯老師升等演講有感 Read More »
重要文獻集中區_Oral Cancer 由 sufang 在 二, 09/16/2014 – 14:01 發表 Oral Cancer Knowledgebase Literatures Oral Cacner Recent update on 2015/05/12。 Start: 04/09/2014 Timezone: Asia/Taipei 發送此內容 Transfer this content to remote ELN server Bookmark/Search this post with ‹ HPV and p16 in HNSCCOSCC Cell Line STR information 20150312 更新版 › 增加新的回應 行事曆
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先致謝一下: UMich的好朋友們、中研院資訊科學研究所林仲彥老師、蘇聖堯同學。 Molas Portal Site (http://molas.iis.sinica.edu.tw/OralCancer/login.php)。 username: OralCancer password: sufang 對有興趣的基因請先在NCBI_Gene找到gene symbol, 如DDR1, CBX8, COL4A5 etc. 然後按 “Full text search on annotation table” ，輸入gene symbol. 若成功跳出來該筆資料則直接click該gene symbol. 進去後一直拉到最下面即可看到這個基因在7株細胞中的FPKM值! 下圖是DDR1的搜尋結果。 另外、若使用 “Enrichment analysis”，則可以輸入多個gene symbol，一次可同時找多個基因。下圖是輸入FGFR四個gene symbol，做GO analysis所得結果。 大力感謝中研院林仲彥老師、蘇聖堯同學幫忙建立這個Portal Site! 如果各位想要知道心目中的gene在標題所示的七株細胞中表現量為何，請先在NCBI_Gene找到gene symbol,然後貼篇新文在這個blog裡，我們將儘快為您服務! —————-以昨日Jounral Club之內容而言，毛怪若想知道LKB1在口腔癌細胞中之相對表現量為何？HIF1-alpha以及下游的三個基因呢？ 那第一步就是去NCBI找出這些基因的gene symbol, 然後貼個文說想知道這些基因的FPKM (fragments per kilobase of exon per million fragments mapped)。FPKM是RNA-seq用來表示基因表現量的常用方法之一，我們由衷感謝UMich的朋友幫忙做這七株細胞的RNA-seq, 以及中研院合作夥伴幫忙把這些結果灌成一個portal site.
FPKMs for C8, C9, K2, K6, OC3, OEC-M1 and TW2.6 Read More »
由 sufang 在 二, 04/15/2014 – 11:10 發表 Pre-published CHASE SUN para-toluenesulfonamide PTS（对-甲苯磺酰胺注射液） 吳宜莊 林懋元 紅日藥業 美商PTS國際公司 鍾南山 Dear all, 口腔癌合作討畫討論會議訊息，提供本所竹南口腔癌研究團隊卓參時間：4/16(三)上午11時地點：研究大樓 R2-1042與會人員：林懋元先生、吳宜莊博士、Dr.王陸海、Dr.洪文俊、Dr.劉柯俊、Dr.莊志立、Dr.陳雅雯、Dr.李家惠林懋元先生、吳宜莊博士現在任職於生技公司(林懋元先生現為該公司負責人)他們二位會進行公司簡報, 我們則出席聽取簡報即可再視狀況看是否有合作的可能及機會 會議敬備有餐盒，若有老師茹素，敬請提前告知，謝謝。 佩瑩 ________________________________________從: 洪文俊寄件日期: 2014年4月15日 上午 09:01至: 林佩瑩; 陳立宗; 劉柯俊副本: 郭靜娟; 蔣秀月主旨: RE: 4/16(三)口腔癌合作討畫討論會議 Dear All,The message sent by Pon is correct. But his name is NanShan Zhong. Please see attached website
所長來函 RE: 4/16(三)口腔癌合作討畫討論會議 Read More »
由 EVKVLIN 在 四, 04/10/2014 – 13:29 發表 Pre-published BrCa Gene Fusion NGS patient history #1由 sufang 在 二, 04/15/2014 – 11:15 發表。 最終版 新加入三例NGS data後、聖堯重新計算FPKM (normalization), 所得結果再灌入Molas中。 http://molas.iis.sinica.edu.tw/ntuh_brca/ (account: ntuh_brca, password word does not change)
Patient history of 19 NTU Breast Cancer Read More »
會議中、最讓大家驚喜的是下面這個: 編制內助理滿三年可以在職進修工讀學位!! 按我連結 intranet.
學程指導教師說明座談會 (04/09, Wed) Read More »
LabMeeting-小夏由 EVKVLIN 在 一, 04/07/2014 – 10:30 發表 LIN Lab 2016 LabMeeting natsumi 小夏 2008/09/16 Lab Meeting 心得彙整小蓮:sip21/sip27 其實都蠻成功的.請再repeat一次這組實驗(去掉gapdh後共六個sample,seeding sample時細胞數目要算對,記住搖勻(前後左右,而非順/逆轉, wagada?)si轉染部份照舊,五個要加Dox,Dox加後6~9天內做綠染) Pusa bless you. 2008/09/23 Lab Meeting 心得彙整小蓮:微調ERKV/rapa調件,重複HONE1/ER transient transfection (除了western外, wst-1會重做嗎?),還有,我們算講完了嗎? 2008/10/14 Lab Meeting 心得彙整 小蓮: Rapamycin對ERKV似乎有正向作用,黃老師建議思考mTOR可能是宿主細胞反制病毒活化的機制之一, 現在block住它,virus活化得較高興.這是很有意思的論點,要記住. siRNA繼續調條件中,HONE1補作ER實驗似乎okay. Slide做得很好(可是最後一張圖下方忘了加lane number,加上去就可與左邊說明相乎應). Good. 2008/10/21 Lab Meeting 心得彙整 小蓮:HONE-1 transient transfection的rH2AX及actin待補齊,也期待paper被review得順利☺。 mTOR pathway對ERKV reactivation似乎是抑制作用而非加成。建議再跑一、二片新膠確定p70S6K有被抑制、KR/p21/p27/ER有沒有出來(用NTU的抗 體,因為1ng/ml的Dox24h可提引出的Rta可能不多。原來那片blot,請留給下週BioRad新機demo時用flag染,配套他們的超強 ECL試劑和儀器,看做得出來嗎)。 si-p21/p27部份保持這一次INTERFERin三天,然後dox三天的步驟(L2K同樣條件下似乎toxicity較強一些)。另一盤 duplicate留做老化綠染用(Good)。Hoeffer