由 sufang 在 日, 08/03/2014 – 16:29 發表 Pre-published EBV Nasopharyngeal Carcinoma NPC 重要文獻: 1. Cheung, A. K., H. L. Lung, J. M. Ko, Y. Cheng, E. J. Stanbridge, E. R. Zabarovsky, J. M. Nicholls, D. Chua, S. W. Tsao, X. Y. Guan, and M. L. Lung. (2009) Chromosome 14 transfer and functional studies identify […]
Nasopharyngeal Carcinoma Read More »
由 sufang 在 二, 07/29/2014 – 23:14 發表 Pre-published Field Effect NOTCH Oral Cancer 重要文獻: Leemans CR, Braakhuis BJ, Brakenhoff RH (2011) The molecular biology of head and neck cancer. Nat Rev Cancer 11: 9-22. (pdf 2833) Hu B, Castillo E, Harewood L, Ostano P, Reymond A, et al. (2012) Multifocal Epithelial Tumors and Field
FGFR2 Gene Fusion文獻快速入門: 1 Wu, Y. M., F. Su, S. Kalyana-Sundaram, N. Khazanov, B. Ateeq, X. Cao, R. J. Lonigro, P. Vats, R. Wang, S. F. Lin, A. J. Cheng, L. P. Kunju, J. Siddiqui, S. A. Tomlins, P. Wyngaard, S. Sadis, S. Roychowdhury, M. H. Hussain, F. Y. Feng, M. M. Zalupski, M. Talpaz,
重要文獻列表_Cholangiocarcinoma Read More »
由 sufang 在 五, 07/25/2014 – 10:50 發表 Pre-published CCA TLCN申請書 檢體 Letter_of_Intent_FGFR fusion (to be FTPd) Biosamples_Request_Form_gene fusion (to be FTPd) 相關書信 a recent published genomic changes in IHCC 12 messagesLTCHEN Sun, Mar 23, 2014 at 9:55 AM To: hung1228 , “Kelvin Tsai K.” , Chien-Feng Li , Su-Fang Lin , 姜乃榕 , Chiun
NHRI TLCN CCA 檢體申請書 Read More »
由 natsumi 在 四, 07/17/2014 – 17:30 發表 EBV and KSHV Methylation 最近聽Dr. Lin講Methylation的故事，我想到之前曾經做過的一個小實驗，分享之。 AB851 #1由 ingrid 在 五, 07/18/2014 – 12:20 發表。 ER沒有被acetylated-lysine Ab認到 #2由 ingrid 在 五, 07/18/2014 – 15:30 發表。 其他Data #3由 sufang 在 五, 07/18/2014 – 14:48 發表。 是KR! 記錯了，所以ER什麼都沒有! 可能只有phosphorylation. -而且只有 Ser/Thr-phosphorylation. #4由 sufang 在 五, 07/18/2014 – 09:10 發表。
5年前的一個小實驗 (EBV and KSHV Methylation) Read More »
由 sufang 在 六, 07/05/2014 – 17:12 發表 Pre-published Arecoline COE (Cancer of Excellence) OPMD Potentially malignant disorder 10/05/2014 (SUN) PK大賽 第二期癌症研究缺口補強計畫評選會議議程 開會時間：103年10月5日（星期日）上午10時 開會地點：本部204會議室 壹、主席致詞 貳、報告 時間 報告事項 報告單位及時間 10:05-10:20 一、科技發展組會議說明 二、簡報及委員問與答(報告10分鐘、問與答5分鐘) 10:20-10:35 (一)三陰性乳癌缺口補強研究計畫: 聚焦生物特性，個人化治療及新治療策略 (1100萬) 國立台灣大學醫學院附設醫院 10:35-10:50 (二)以基因體學方法找尋台灣早發性乳癌相關基因及生物標記 國家衛生研究院 10:50-11:05 (三)大腸直腸癌早期篩檢高準確率之生物指標開發 臺北醫學大學 11:05-11:20 (四)合併使用血清生物標計與糞便潛血反應於大腸直腸癌的篩檢效益(280萬) 國立台灣大學醫學院附設醫院 11:20-11:35 (五)大腸直腸癌免疫基因體檢測與人源化腫瘤(PDX)動物模式之開發(600萬) 國家衛生研究院 11:35-11:50 (六)吲哚胺-2,3-雙加氧酶在大腸直腸癌腫瘤進展與臨床預後之分子剖析:
由 sufang 在 六, 06/28/2014 – 15:59 發表 Oral Cancer 4NQO Oral Cancer 說在前頭: 目前我拿的還是Illumina normalized的”group” data. 這和江博前次所提，做過SVA1的M0, M1, M2, M3稍稍不同。等江博轉好他的data給我，我會儘快送入Molas，到時就可reconfirm大家心目中有興趣的基因/pathway在兩組資料中有 沒有差很大。 所以，我再囉唆一次，因為看了下面兩個圖後，我把stage 2的資料先不加入分析，因此僅看 stage 0, stage1, stage 3, stage 4的基因變化趨勢，共篩出543個基因，也就是Pathway Book v1中的”mouse model”部份。 開始敘述分析結果: DDR1在這個可愛的老鼠model中，表現量也是和staging有關: 1171 -> 1256 -> 1730 ->1829 算它1.5x上升，40T/N中是1.61x! 哈哈哈 哈哈哈哈…… ENO1: 1680 -> 2294 -> 2321 -> 3443.2, 平均1.7x。(工商服務: 四月初胰臟組同仁認為ENO1是CSC marker之一 日前po文按我)
劉柯的4NQO老鼠與40T/N交叉比對部分 Read More »
由 sufang 在 三, 06/25/2014 – 10:37 發表 Pre-published 40TN 4NQO DOK Molas Oral Cancer 親愛的大家：我心目中的pathway mapping結果終於做好了! (按我下載Pathway book v1)。這是由三項microarray 分析結果而得到的結果, including (1) 40對T/N病人檢體; (2) (娟與夏的)AC, NNK, NIC-treated DOK cells; (3) 劉柯的 4NQO/AC-mouse. (按我下載 40TN_DOK_4NQO_Combo v1)。 下面開始說故事: 40TN的array結果經由江博的11SVA校正過batch effect後，把重復probe留下hybridization signal p value較低的那一個，因此每個基因只有一筆資料。這時的data稱為unique，n=16938。從unique中再去掉所有p > 0.05的gene，剩下的data稱為unique p < 0.05，n=12420。針對這12420個基因，每個基因都有一個average T/N，是由平均40對檢體T/N而來的，以倍數(fold)表示，大於二倍以上差異的有2508。 (frozen) 江博另外以Cox regression和病人資料作分析，T的部份與 recurrence有關的基因，p < 0.05者共有1947個。(frozen) 江博另外以Cox regression和病人資料作分析，T的部份與 survival有關的基因，p < 0.05者共有1366個。(frozen) 4NQO mouse model，以Illumina
新書發表-Pathway Book v1 Read More »
外來文轉發 敬邀參加 5/29/2014 清大生科院 Biotech Job Fair 各位生技產業及教育界先進您好: 清大生命科學院長期培育跨領域的優秀生物科技、生物醫學人才，包括學士、碩士、博士、及博士後研究員。 清大生命科學院生科院職涯發展中心(NTHU College of Science Career Development Center)將於五月二十九日(星期四)下午舉辦『生物科技明日之星校園徵才(2014 NTHU Biotech Job Fair)』，敬邀 貴單位提供半年內預計徵聘人才的企業界職缺資訊。 敬請於四月十四日(星期一)前提供「企業人才需求表」，我們會依據 貴單位的人才需求內容收集本院及本校相關領域人才資訊，並積極媒合雙向互動。 歡迎您於五月二十九日蒞臨本院參觀及指教。 敬祝 順心如意 國立清華大學生命科學院職涯發展中心 黎耀基、張大慈敬邀 本活動聯絡人：楊子儀小姐 E-mail：show@life.nthu.edu.tw 電話：03-5742165
清大生科院 Biotech Job Fair Read More »
由 sufang 在 四, 05/15/2014 – 15:44 發表 EBV and KSHV chromosome conformation capture (3C) cohesion CTCF Topologically associated domain (TAD) Cell. 2014 May 8;157(4):950-63. doi: 10.1016/j.cell.2014.03.025. Predictive polymer modeling reveals coupled fluctuations in chromosome conformation and transcription. Giorgetti L1, Galupa R1, Nora EP2, Piolot T1, Lam F1, Dekker J3, Tiana G4, Heard E5.Author information