OrCA相關

劉柯的4NQO老鼠與40T/N交叉比對部分

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由 sufang 在 六, 06/28/2014 – 15:59 發表 Oral Cancer 4NQO Oral Cancer 說在前頭: 目前我拿的還是Illumina normalized的”group” data. 這和江博前次所提，做過SVA1的M0, M1, M2, M3稍稍不同。等江博轉好他的data給我，我會儘快送入Molas，到時就可reconfirm大家心目中有興趣的基因/pathway在兩組資料中有 沒有差很大。 所以，我再囉唆一次，因為看了下面兩個圖後，我把stage 2的資料先不加入分析，因此僅看 stage 0, stage1, stage 3, stage 4的基因變化趨勢，共篩出543個基因，也就是Pathway Book v1中的”mouse model”部份。 開始敘述分析結果: DDR1在這個可愛的老鼠model中，表現量也是和staging有關: 1171 -> 1256 -> 1730 ->1829 算它1.5x上升，40T/N中是1.61x!  哈哈哈 哈哈哈哈…… ENO1: 1680 -> 2294 -> 2321 -> 3443.2, 平均1.7x。(工商服務: 四月初胰臟組同仁認為ENO1是CSC marker之一 日前po文按我) […]

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Janelle的部份

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由 sufang 在 六, 06/28/2014 – 16:03 發表 Oral Cancer DOK NIC nicotine Oral Cancer Nicotine (NIC) – treated DOK: 針對NIC4, NIC5, NIC6 vs DOK1的array data, 配合日前所提, NIC-treated DOK clones 有明顯增加cell proliferation及migration的現象, 可能參與的pathway/genes有: DNA replication: MCM10 (3.37x), RECQL4 (2.32x), GINS2 (2.32x), CDC25A (3.01x), CDC7 (2.227x), NASP (2.19x), DTL (2.38x)。 Cell cycle: E2F2 (2.22x), CDC6 (2.75x), CDC7(2.27x),

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新書發表-Pathway Book v1

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由 sufang 在 三, 06/25/2014 – 10:37 發表 Pre-published 40TN 4NQO DOK Molas Oral Cancer 親愛的大家：我心目中的pathway mapping結果終於做好了! (按我下載Pathway book v1)。這是由三項microarray 分析結果而得到的結果, including (1) 40對T/N病人檢體; (2) (娟與夏的)AC, NNK, NIC-treated DOK cells; (3) 劉柯的 4NQO/AC-mouse. (按我下載 40TN_DOK_4NQO_Combo v1)。   下面開始說故事: 40TN的array結果經由江博的11SVA校正過batch effect後，把重復probe留下hybridization signal p value較低的那一個，因此每個基因只有一筆資料。這時的data稱為unique，n=16938。從unique中再去掉所有p > 0.05的gene，剩下的data稱為unique p < 0.05，n=12420。針對這12420個基因，每個基因都有一個average T/N，是由平均40對檢體T/N而來的，以倍數(fold)表示，大於二倍以上差異的有2508。 (frozen) 江博另外以Cox regression和病人資料作分析，T的部份與 recurrence有關的基因，p < 0.05者共有1947個。(frozen) 江博另外以Cox regression和病人資料作分析，T的部份與 survival有關的基因，p < 0.05者共有1366個。(frozen) 4NQO mouse model，以Illumina

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OrCa小組會議_DOK related

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由 sufang 在 四, 03/27/2014 – 00:00 發表 Oral Cancer Arecoline DOK nicotine NNK OrCa小組會議 (03/27/2014) 素芳的筆記本： nicotine: 500 uM NNK: 10 uM arecoline (AC): 50 uM or 100 uM treated for ~ 1 year, looking for carcinoge-tolerant cell clones, eg. NNK4, NNK5, NNK6, NIC4, NIC5, NIC6 doubling time migration assay In vivo tumorigenesis Expression

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Primary and immortal oral keratinocyte cells

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從paper翻到Rheinwald JG 有建立Primary and immoral Oral keratinocyte (OKF)然後逛他的網頁突然發現他們有在販售http://rheinwaldlab.bwh.harvard.edu/cell.htmlcell list如下http://rheinwaldlab.bwh.harvard.edu/Cell%20lines%20in%20Core%20collection.pdf也有配送國外或許這會是另外的OSCC control 來源原始paper&culture conditionhttps://www.dropbox.com/s/9hutmyzp7jk77um/OKF6-paper.pdf

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長庚鄭教授系列文章

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2009-04 Transriptome profiling and network pathway analysis of genes associated with invasive phenotype in oral cancer。2010-兩篇和marker相關 One and Two。2011-02 把OSCC細胞處理areca nut extract–Downregulation of Ches1 and other novel genes in oral cancer cells chronically exposed to areca nut extract。2011-07 Molecular chaperones as a common set of proteins that regulate the invasion phenotype of head and neck

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2/13/2012 OrCA Meeting

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1. 下次開會: 6月2. CA OrCA PIs + 王副院長、莊JL、陳YR、黃HG (RA:雪君)、江主秘。3. BioSignature Program: Leader/Chang Gung 核醫科主任閻紫宸, looking for cause-effect marker. The third meeting will be held on March-8; focus on miRNA/epigenetics/DNAs; funding source, Academia Sinica.4. 王副院長Lab學生報告 (Wei-Chieh Huang)—長庚閻醫師 has 53 OrCA T/N pairs; miR-491-5p is involved in cell migration and invasiveness, targeting GIT1 and RAB1; OC-3 and

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