由 sufang 在 日, 08/03/2014 – 09:28 發表 Pre-published Cancer epigenomics Folate MATHFR Methionine Methylation SAM 重要文獻 (Research Notes: Cacner epigenomics (folate)) 1. Kane, M. A. (2005) The role of folates in squamous cell carcinoma of the head and neck. Cancer detection and prevention 29, 46-53. (pdf 4099.) The primary objective of this review is to […]
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由 sufang 在 六, 07/05/2014 – 17:12 發表 Pre-published Arecoline COE (Cancer of Excellence) OPMD Potentially malignant disorder 10/05/2014 (SUN) PK大賽 第二期癌症研究缺口補強計畫評選會議議程 開會時間：103年10月5日（星期日）上午10時 開會地點：本部204會議室 壹、主席致詞 貳、報告 時間 報告事項 報告單位及時間 10:05-10:20 一、科技發展組會議說明 二、簡報及委員問與答(報告10分鐘、問與答5分鐘) 10:20-10:35 (一)三陰性乳癌缺口補強研究計畫: 聚焦生物特性，個人化治療及新治療策略 (1100萬) 國立台灣大學醫學院附設醫院 10:35-10:50 (二)以基因體學方法找尋台灣早發性乳癌相關基因及生物標記 國家衛生研究院 10:50-11:05 (三)大腸直腸癌早期篩檢高準確率之生物指標開發 臺北醫學大學 11:05-11:20 (四)合併使用血清生物標計與糞便潛血反應於大腸直腸癌的篩檢效益(280萬) 國立台灣大學醫學院附設醫院 11:20-11:35 (五)大腸直腸癌免疫基因體檢測與人源化腫瘤(PDX)動物模式之開發(600萬) 國家衛生研究院 11:35-11:50 (六)吲哚胺-2,3-雙加氧酶在大腸直腸癌腫瘤進展與臨床預後之分子剖析:
由 sufang 在 六, 06/28/2014 – 15:59 發表 Oral Cancer 4NQO Oral Cancer 說在前頭: 目前我拿的還是Illumina normalized的”group” data. 這和江博前次所提，做過SVA1的M0, M1, M2, M3稍稍不同。等江博轉好他的data給我，我會儘快送入Molas，到時就可reconfirm大家心目中有興趣的基因/pathway在兩組資料中有 沒有差很大。 所以，我再囉唆一次，因為看了下面兩個圖後，我把stage 2的資料先不加入分析，因此僅看 stage 0, stage1, stage 3, stage 4的基因變化趨勢，共篩出543個基因，也就是Pathway Book v1中的”mouse model”部份。 開始敘述分析結果: DDR1在這個可愛的老鼠model中，表現量也是和staging有關: 1171 -> 1256 -> 1730 ->1829 算它1.5x上升，40T/N中是1.61x! 哈哈哈 哈哈哈哈…… ENO1: 1680 -> 2294 -> 2321 -> 3443.2, 平均1.7x。(工商服務: 四月初胰臟組同仁認為ENO1是CSC marker之一 日前po文按我)
劉柯的4NQO老鼠與40T/N交叉比對部分 Read More »
由 sufang 在 六, 06/28/2014 – 16:03 發表 Oral Cancer DOK NIC nicotine Oral Cancer Nicotine (NIC) – treated DOK: 針對NIC4, NIC5, NIC6 vs DOK1的array data, 配合日前所提, NIC-treated DOK clones 有明顯增加cell proliferation及migration的現象, 可能參與的pathway/genes有: DNA replication: MCM10 (3.37x), RECQL4 (2.32x), GINS2 (2.32x), CDC25A (3.01x), CDC7 (2.227x), NASP (2.19x), DTL (2.38x)。 Cell cycle: E2F2 (2.22x), CDC6 (2.75x), CDC7(2.27x),
由 sufang 在 三, 06/25/2014 – 10:37 發表 Pre-published 40TN 4NQO DOK Molas Oral Cancer 親愛的大家：我心目中的pathway mapping結果終於做好了! (按我下載Pathway book v1)。這是由三項microarray 分析結果而得到的結果, including (1) 40對T/N病人檢體; (2) (娟與夏的)AC, NNK, NIC-treated DOK cells; (3) 劉柯的 4NQO/AC-mouse. (按我下載 40TN_DOK_4NQO_Combo v1)。 下面開始說故事: 40TN的array結果經由江博的11SVA校正過batch effect後，把重復probe留下hybridization signal p value較低的那一個，因此每個基因只有一筆資料。這時的data稱為unique，n=16938。從unique中再去掉所有p > 0.05的gene，剩下的data稱為unique p < 0.05，n=12420。針對這12420個基因，每個基因都有一個average T/N，是由平均40對檢體T/N而來的，以倍數(fold)表示，大於二倍以上差異的有2508。 (frozen) 江博另外以Cox regression和病人資料作分析，T的部份與 recurrence有關的基因，p < 0.05者共有1947個。(frozen) 江博另外以Cox regression和病人資料作分析，T的部份與 survival有關的基因，p < 0.05者共有1366個。(frozen) 4NQO mouse model，以Illumina
新書發表-Pathway Book v1 Read More »
由 sufang 在 三, 05/07/2014 – 16:40 發表 Oral Cancer DOK Molas Oral Cancer 提醒: MOLAS入口: 40T/N: 請用「Library comparison」, compare “average” and “N”. 4NQO mouse: 可按「Cludtering」–> view clustering result 玩玩看。 DOK project. login: pwd: 05/07 SFL小notes: ASS1 in NNK and AC treatment 都有下降。 Shiah’s AC vs DOK3: “GO: microtubule binding” ranks the best p-score. 共有17個genes invovled
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由 sufang 在 四, 03/27/2014 – 00:00 發表 Oral Cancer Arecoline DOK nicotine NNK OrCa小組會議 (03/27/2014) 素芳的筆記本： nicotine: 500 uM NNK: 10 uM arecoline (AC): 50 uM or 100 uM treated for ~ 1 year, looking for carcinoge-tolerant cell clones, eg. NNK4, NNK5, NNK6, NIC4, NIC5, NIC6 doubling time migration assay In vivo tumorigenesis Expression
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由 sufang 在 一, 07/29/2013 – 20:10 發表 Pre-published 40 T/N ECM KEGG Microarray Stiffer: Up in COL, LAM, FN, SPP1 (OPN), TNC, AGRN, IBSP (BSP), LOX, LOXL1, LOXL. ITGA3/A5/A6/B3/B4/B6