中文翻為泛素化,是一種後轉譯修飾作用。最近讀了一些文獻,發現它除了和Ub-proteasome有關以外,monoubiquitination和好幾個DNA binding protein的活性也具關聯,簡述如下:(1)UbH2B參與在RNA Pol II的elongation、H3的methylation (這裡有review)。(2)UbPCNA在修補損害過程中扮演重要角色(nas上放了一篇Cell Cycle paper在講這個)。(3)UbFANCD2-也是與DNA repair有關(paper)。(4)Ub-GAL4 (paper)。
Ubiquitination/Ubiquitylation Read More »
最近被告知我們對本土的BOP(breast,oral,pancreatic cancer)有了責任與權力。上二週密集地開了幾次會議後,每人需要在今天交出一~二頁的pancreatic cancer abstract。不為人知的秘密是:星期五和小嬿在整理實驗室N2/-80C cell line list時,赫然發現上次Dan送來的禮物裡有十四株是胰臟癌相關的細胞株,Ingrid在二、三年前幫忙解了其中三株、發現狀況還不錯。雖都是ATCC買來的,我還是要崇拜一下Dan和Yimi的辛勞和慷慨!為了日後方便追這筆資料我把它們列在下面: PanCA1: Capan-1 (liver adenocarcinoma metastasis; epithelial; SFL-80/N2) PanCA2: Capan-2 (adenocarcinoma; polygonal) PanCA3: HPAF-II (adenocarcinoma; epithelial) PanCA4: MIA-PaCa-2 (carcinoma, CSF1++, RAS activated; epithelial) PanCA5: AsPC-2 (待查) PanCA6: HPAC (adenocarcinoma; epithelial) PanCA7: LC3-3 (or LC3-6(RAS activated)?待查) PanCA8: BxPC-3 (adenocarcinoma, RAS normal; epithelial; 劉老師家有) PanCA9: Su86.86 (待查; SFL-80/N2) PanCA10: SW1990(spleen adenocarcinoma
(1)是不是大家可以在報data前先show一張想要放在paper裡的圖,比方說”這是我們預計放在paper裡的圖二,這裡還差一個western,而往下就是我最近針對這個部份所做的努力…” 我知道輪到我們時,常常所剩時間有限,但是多一個這樣的介紹可以幫忙聽眾快速進入你的主題,也比較有靈感幫你出主意,另外也可以加速paper的完成。(註一:和paper沒有立即相關的實驗,則把AB number及exp logbook上的題目寫上去,當做第一張slide。註二: introduction一張就好,不許囉哩巴嗦報流水帳喔!)(2)下週開始,改成Ingrid和小丸子一組/小嬿和小蓮一組輪流報告。這是因為實驗屬性較相似的人放在一起所做的調整。謝謝大家。
這部份實驗是承接293TetER之後的故事,我希望剛開始的一些結果可以當做小嬿的論文。小蓮請先協助,小丸子與Ingrid在忙完KR後也要漸漸加進來,希望能夠把這部份的因果關係釐清清楚。以EREV8而言雖然和293TetER所表現flag-ER的量是相似的,但是因有病毒基因套在裡面,所以估計還不到SA-b-Gal最強的第十天,細胞可能因病毒大量製造的摧殘就掛了。ERKV可能也是如此。所以,我們要弄清楚什麼呢?⓵Dox-treated 293TetER停在G1,那有病毒的細胞呢?⓶Dox-treated 293TetER在serum-free這個stress存在下細胞巨觀並未如對照組產生顯著變化,而且病毒再活化時,在48小時以後細胞明顯變圓。再來,microarray顯示Rta或Rta+EBV或Rta+KSHV均會讓一群控制細胞架構的基因表現異常。另外,小龜的結果又顯示ER一表現可持續活化Erk(一個和cytoskeleton有密切關連的分子),這些線索之間相互間的關係到底是什麼?⓷Dox-treated EREV8和ERKV有走完裂解期嗎?製造出來的病毒有感染力嗎?效價好嗎?(小嬿你真的要準備吃大餐了)⓸另外幾組異常表現的基因如DUB/protease,chromosome binding protein等,如何和老化及病毒再活化連起來呢?⓹細胞老化已知的pathway(growth arrest, activation of mTOR, secretion of mitogenic/antiapoptotic factor, activation of proteosome)可提供病毒什麼好處、讓它引發lytic cycle?
要感謝許多人:彭汪院士的接納,PWW與Ingrid的不棄不離,小蓮與小嬿的信任以及堅持到底的耐力,小丸子的情義相挺沒有接受另一個高就機會(一定要讓你有類似機會時可展翅而飛!),小龜的細心用功與謙遜,以及Mikhail Blagosklonny一系列在Cell Cycle上的好文采!心情有一點激動,母上大人比我還興奮,塞了包下午搶購到的法國松露巧克力,要我明早帶去和大家分享(小龜我會想辦法找人送到實驗室給你的). 嗚嗚嗚好感動啊…(ps.昨天的婚禮也很棒,那一盒素餅已被一個大人和二個小孩(合計76歲)吃掉一半以上了.還一直問我,新娘肯定很漂亮,餅才會這麼好吃… 謝謝and再次恭喜PWW!)
做每一步驟前請先問自己:有放輕鬆嗎?清楚現在在做什麼吧。做完後紙頭、小抄記得收集好放入本院高級的實驗記錄本中。再滿意、微笑地清理現場,然後鎮靜地離開…FOR AB730-first set(三重複|丸英蓮)星期四(11/6):每位主刀者請挑Luc48算一下一格well的細胞數,謝謝。待抽RNA/protein的細胞均勻打散後置入-80冰箱中(每人有20管—微微震撼ORZ)。FOR AB730-second set(二重複|丸英)星期五(11/7):各細胞maintain者種三個含2.5~3M細胞的十公分盤。星期一(11/10):丸英請seed 6孔盤,記得培養在不含藥的tet-free medium中(0.5M/well,Luc那一組0.3M/well)。主要是因為RNeasy只能容許10M/column.星期二(11/11):丸英六孔盤每個well都加dox。小蓮請收取11/7 seed 的十公分盤細胞,要算細胞數。請以6~10M為一管,每種收兩管,均勻打散後置入-80冰箱中。這是我們零點的對照組,未雨稠繆用的啦。星期三(11/12):丸英取一盤6孔盤做wash-off步驟。今天來抽第一批的蛋白質—請小蓮、小嬿主刀,丸英協助(共有30管,二度震撼ORZ)。星期四(11/13):收細胞,五格for RNA,一格for protein(每人有20管,三度震撼ORZ)。 重點整理星期五(11/7):種十公分盤細胞三盤、下午上環安課。星期一(11/10):種六孔盤細胞、下午聽所內演講。星期二(11/11):六孔盤加dox、收零點的對照組、下午大瞇(丸嬿自由發揮、英蓮拍手)。星期三(11/12):六孔盤做wash-off步驟、抽第一批的蛋白質。星期四(11/13):收細胞,5-well for RNA,1-well for protein。Bio-Rad要來demo ChemoDoc儀器。ただいま!若ready請開始跑5~6片小膠:三組Luc/6個sample跑一片來比較。同理,三組ER跑一片,那片若能偵測p27更棒。三組KR跑一片,三組EV跑一片來測EAD,三組KR跑一片來測KbZIP。 個別叮嚀小蓮:(1)發票抬頭是維護費或維修費均可。(2)HONE-1該補的圖包括flag-egfp, flag-er, p21, p27, rH2AX, actin若已okay,放假前請記得上傳至nas,謝謝。(3)對了那一份PI3K LYxxx/Rapa versus ER-senescence實驗的結果,可不可以也掃描上傳一下。應該就是這兩樣問題會問吧,怎麼還沒消息呢?好慢。大家懷念AMO cake嗎?下週回來時會帶一份過來給比較勤奮的人品嚐。
新的實驗(11/7~11/13)和老闆交辦事項(有更新) Read More »
請大家參加11/7(星期五下午一點半到四點半)的通識教育。講義請ingrid準備。另外,我們實驗室日後化安負責人是ingrid(小嬿協助)、生安負責人是小蓮(Maruko協助)。細節部份及要填寫的資料與表格會再和各負責人討論。先謝謝大家,預祝我們早日成為一個安全舒適又不麻煩(找人或被找)的實驗室!————————————————————————————-10/23/2008 SFL wrote:已安全過關,謝謝大家配合演出。改進事項: (餘略)
Sample ID (182240):A(Luc48)B(Luc24off24）Luc小丸子C(ER48) D(ER24off24) ER小蓮 (p11)E(KR48) F(KR24off24) KR小丸子(p4)G(EV48) H(EV24off2) EV小嬿I(KV48) J(KV24off24) KV小蓮 (p8)各細胞maintain者在星期五種三個10公分盤(2.5~3M),隔週週一,每種細胞seed兩個6孔盤(0.5M/well)培養在不含藥的tet-free medium中。週二全部加dox。週三取一盤6孔盤做wash-off步驟。週四收細胞(五格for RNA,一格for protein)。小丸子負責三個重複中的第一組,Ingrid負責三個重複中的第二組,小蓮負責三個重複中的第三組。哪一組細胞送抽RNA做microarray呢?把30個protein sample先抽好做flag,p21,KbZIP, EA-D等測試,看induction及wash-off情形再定。因為要抽RNA,所以所有細胞harvest下來後均勻拍散,全部先放進-80C冰箱待用。5M細胞約可抽出50ug RNA,而我們的需要量是3~5ug左右。——————————————————————————————–2008/10/16 SFL wrote:Purpose: To analyze transcriptome changes modulated by R. (餘略)
這一篇/2001是講以三種不同方法induce EBV lytic replication,發現EBV lytic cycle會protect host cell from apoptosis。這一篇/2003則是講一個Zta的inducible B95-8做lytic replication時,細胞雖停在G0/G1,但卻測得到高量的S-phase cyclins。然後呢,這些S-CDKs和immediate-early gene expression還有相關(2004)。Nitrosamine會增加S期的paper則要請問勝彥或phil。
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