AI-PM

Thanks to CPTAC!

I am so inspired by the words: “The launch of this dataset supports the Biden-Harris Administration’s Cancer Moonshot℠ goal of accelerating cancer research by improved sharing of data.” Wen-Wei Liang et al. (wustl.edu) 這一篇,提及 HNSC tumor cell 致癌過程中有一個” immunosuppression switch”,文章中說是STAT5A。第二個重點,proteogenomic analysis把kinase又了連回來,好比FGFR2, EGFR 治療靶點有了更強的依據。第三點,Graphic abstract清楚劃出 hypomethylation 導致 FGFR2 濃度上升; hypermethylation 導致 STAT5A 濃度下降。 08/23 今天讀完總論這一篇:真是妙極、絕極! 原來一直以來使用TCGA檢體還需考慮缺血 […]

Thanks to CPTAC! Read More »

New Resources from NCI CPTAC!

2023/08/14 NCI unveils comprehensive proteogenomic dataset to help cancer researchers unravel molecular mysteries (Link to the news) Cancer Cell+Cell Reports Medicine 1. Proteogenomic data and resources for pan-cancer analysis (08/14 Li et al. byu.edu) 2. Integrative multi-omic cancer profiling reveals DNA methylation patterns associated with therapeutic vulnerability and cell-of-origin (09/11 Liang et al. wustl.edu) 3.

New Resources from NCI CPTAC! Read More »

The nine new frontiers

最近一期 Cancer Discovery ( PMID: 36884310) 列出九大抗癌新興議題,且Call for proposal! Cool. CONCLUSION We believe we have identified nine important and exciting cancer challenges where innovative new approaches are required if we are to make progress. We are inviting experts from a diverse range of disciplines to come together and think differently, and to apply for funding

The nine new frontiers Read More »

臨床腫瘤檢體定序自費項目 (clinical NGS for tumor)

我該捐腫瘤檢體嗎? 我該自掏腰包做次世代定序 (next generation sequencing, NGS)嗎? 身旁越來越多的人問起上述二個問題,因為主治醫師說這樣以後有新藥就可以立刻用上。前者的答案是肯定的,後者在則建議問清楚定序規模及數據分析方式再做決定。捐檢體的用處在於日後新的技術問世後,可結合許多檢體一起做回溯性及後設分析(meta analysis),找出新靶點或是新的預後因子。類似的概念在中央研究院運行的「台灣人體生物資料庫(Taiwan Biobank)」及「台灣精準醫療計畫(TPMI)」可見端倪,以及最近吳政忠政委斡旋成立的「國家級人體生物資料庫整合平台(NBCT)」亦加速國人朝精準癌症醫療的大步邁進。

臨床腫瘤檢體定序自費項目 (clinical NGS for tumor) Read More »

臨床腫瘤檢體定序自費項目 (clinical NGS for tumor)

我該捐腫瘤檢體嗎? 我該自掏腰包做次世代定序 (next generation sequencing, NGS)嗎? 身旁越來越多的人問起上述二個問題,因為主治醫師說這樣以後有新藥就可以立刻用上。前者的答案是肯定的,後者在則建議問清楚定序規模及數據分析方式再做決定。捐檢體的用處在於日後新的技術問世後,可結合許多檢體一起做回溯性及後設分析(meta analysis),找出新靶點或是新的預後因子。類似的概念在中央研究院運行的「台灣人體生物資料庫(Taiwan Biobank)」及「台灣精準醫療計畫(TPMI)」可見端倪,以及最近吳政忠政委斡旋成立的「國家級人體生物資料庫整合平台(NBCT)」亦加速國人朝精準癌症醫療的大步邁進。

臨床腫瘤檢體定序自費項目 (clinical NGS for tumor) Read More »

20221122–2nd-NBCT-annual-meeting

 2022國家級人體生物資料庫整合平台第二屆年會 – 邁向繁榮昌盛的整合平台 (NBCT-towards prosperity and flourishing) 官網 Web Page 日期: 111年11月22日(星期二)上午9點至下午5點地點: 財團法人張榮發基金會國際會議中心11樓1101會議室 (臺北市中正區中山南路11號) 主辦單位:國家級人體生物資料庫整合平台、國家衛生研究院 指導單位:衛生福利部

20221122–2nd-NBCT-annual-meeting Read More »

國衛院人體生物資料庫資訊核心獨立作業區作業規範

提出申請和繳費:聯絡窗口: 037-206166 分機: 33327 提出預約: 需要提前三天預約。聯絡窗口: 037-206166 分機: 33338 開放時間:上班日9:00~17:30 1) 上午作業時間 – 9:00~ 13:00; 2) 下午作業時間 – 13:30~ 17:30; 3) 全日作業時間 – 9:00~ 17:30。 若預約全日,則不得單一取消上半日或下半日,且系統將於17:30 斷線。同一日若上、下午時段分開預約,上午之預約將於13:00 斷線。

國衛院人體生物資料庫資訊核心獨立作業區作業規範 Read More »

癌症精準醫療及生物資料庫整合平台合作示範計畫簡介

衛生福利部、國家衛生研究院、及羅氏大藥廠攜手打造台灣精準醫療生態系 (原始連結) 公告重點擷錄 癌症一直高居國人十大死因首位,而醫學上在癌症治療之進步也與日俱進,尤其臺灣醫療環境優良,又有健保制度,癌症治療品質也持續進步。現在的癌症治療已經邁入精準醫療階段,讓藥品能夠更發揮療效而減少浪費,進入個人化醫療則是許多先進國家在醫療上之終極目標。 本「癌症精準醫療及生物資料庫整合平台合作示範計畫」(以下簡稱示範計畫)是由羅氏大藥廠與國家級人體生物資料庫整合平台(以下簡稱整合平台 = NBCT)合作建立個人化精準醫療模型範本,並建立精準醫療用藥評估機制,因此先針對特定癌別之治療。透過次世代基因定序(NGS)檢測,讓醫師可以根據基因檢測報告資訊與癌症精準醫療臨床小組之建議,進行臨床醫療決策,使病人獲得最合適之治療選擇。  此示範計畫將同時收集這些病患的基因數據及臨床醫療結果資料(真實世界數據real world data),儲存在各收案醫院之人體生物資料庫,再透過整合平台建立的醫療大數據共同資料欄位模式,未來可以由整合平台彙整各醫院之數據,建立可永續發展之國家級基因醫療大數據庫(下稱大數據庫)。 透過整合平台建立此精準醫療大數據庫將有助於強化台灣之醫療品質,提供臨床醫師更多決策依據之參考;未來也能以產業友善之方式申請應用,以加速產業升級。另透過本計畫,未來推動運用真實世界證據作為藥物研發、藥品上市登記及健保給付評估之機制。 醫院參與本計畫之條件 本計畫由國家級人體生物資料庫整合平台負責,串連全台灣北中南12家醫院 :其中臺大醫院 (含臺大癌醫中心分院)、林口長庚醫院、基隆長庚醫院、台北慈濟醫院、台中榮民總醫院、中山醫學大學附設醫院、彰化基督教醫院、義大醫院、打造個人化精準醫療網,並已開始收案執行。 [高雄榮民總醫院,高雄長庚醫院,高雄醫學大學附設醫院、台北醫學大學附設醫院體系也即將開始加入收案行列。] (as of 2022/08/05) 計畫收案標準與人數 癌別 期別 人數+ 非鱗狀非小細胞肺癌(排除EGFR陽性、排除ALK陽性及排除ROS1陽性之病人) IIIB以上 1,000 食道癌 IIIB以上 250 膽囊癌 IIIB以上 225 胃癌 IIIB以上 150 肝外膽管癌 IIIB以上 225 胰臟癌 III以上 150 研究預期效益(對病人的告知) 本研究計畫提供之(FMI)的全方位癌症基因檢測套組(FoundationOne® CDx)】可以檢測324 個和癌症相關的基因變化 (包含基因變異,TMB,CNV),以期能找出可以當作用藥參考的基因突變。此檢測套組已在美國食藥署審查通過,認定其報告內容可以當作醫師診療用藥的參考依據。所以此項基因檢測結果對於您的治療決策將有幫助,可以幫助醫師選擇最適合的治療方式。請了解此項檢測也可能找不到任何可以用藥的突變。此研究所建立之精準醫療大數據庫將提供臨床醫師更多決策依據之參考,有助於強化台灣之醫療品質,所以將來也對於跟您患同樣疾病患者之治療有益處。另透過本計畫建立的醫療大數據,對於未來推動運用真實世界證據作為藥物研發、藥品上市登記及健保給付評估都會有助益。 贈藥 羅氏藥廠,台灣默克集團、台灣中外製藥,台灣禮來亦共同加入示範計畫,將依基因檢測結果,提供他們最適合的癌症標靶用藥給參與此計畫的病患。 透過跨癌別的全方位基因檢測、智慧化分析,讓醫師據以進行精準臨床醫療決策,使病人獲得最合適之治療選擇,再搭配後端精準醫療用藥的合作,對癌症病人有非常大的助益,也是精準醫療的完美呈現。 這兩千例全方位基因檢測的投入,對於全台標靶治療藥物的臨床試驗收案及個人化精準醫療的推展極有助益,是一個讓病人,醫師和藥廠三贏的最佳策略。 目前正持續邀請 其他有相關標靶藥物的國際大藥廠 參與贈藥。 癌症精準醫療臨床小組 (Molecular Tumor Board, MTB)

癌症精準醫療及生物資料庫整合平台合作示範計畫簡介 Read More »

20220805-NBCT-癌症精準醫療及生物資料庫整合平台合作示範計畫簡介

衛生福利部、國家衛生研究院、及羅氏大藥廠攜手打造台灣精準醫療生態系 (原始連結) 公告重點擷錄 癌症一直高居國人十大死因首位,而醫學上在癌症治療之進步也與日俱進,尤其臺灣醫療環境優良,又有健保制度,癌症治療品質也持續進步。現在的癌症治療已經邁入精準醫療階段,讓藥品能夠更發揮療效而減少浪費,進入個人化醫療則是許多先進國家在醫療上之終極目標。 本「癌症精準醫療及生物資料庫整合平台合作示範計畫」(以下簡稱示範計畫)是由羅氏大藥廠與國家級人體生物資料庫整合平台(以下簡稱整合平台 = NBCT)合作建立個人化精準醫療模型範本,並建立精準醫療用藥評估機制,因此先針對特定癌別之治療。透過次世代基因定序(NGS)檢測,讓醫師可以根據基因檢測報告資訊與癌症精準醫療臨床小組之建議,進行臨床醫療決策,使病人獲得最合適之治療選擇。  此示範計畫將同時收集這些病患的基因數據及臨床醫療結果資料(真實世界數據real world data),儲存在各收案醫院之人體生物資料庫,再透過整合平台建立的醫療大數據共同資料欄位模式,未來可以由整合平台彙整各醫院之數據,建立可永續發展之國家級基因醫療大數據庫(下稱大數據庫)。 透過整合平台建立此精準醫療大數據庫將有助於強化台灣之醫療品質,提供臨床醫師更多決策依據之參考;未來也能以產業友善之方式申請應用,以加速產業升級。另透過本計畫,未來推動運用真實世界證據作為藥物研發、藥品上市登記及健保給付評估之機制。 醫院參與本計畫之條件 本計畫由國家級人體生物資料庫整合平台負責,串連全台灣北中南12家醫院 :其中臺大醫院 (含臺大癌醫中心分院)、林口長庚醫院、基隆長庚醫院、台北慈濟醫院、台中榮民總醫院、中山醫學大學附設醫院、彰化基督教醫院、義大醫院、打造個人化精準醫療網,並已開始收案執行。 [高雄榮民總醫院,高雄長庚醫院,高雄醫學大學附設醫院、台北醫學大學附設醫院體系也即將開始加入收案行列。] (as of 2022/08/05) 計畫收案標準與人數 癌別 期別 人數+ 非鱗狀非小細胞肺癌(排除EGFR陽性、排除ALK陽性及排除ROS1陽性之病人) IIIB以上 1,000 食道癌 IIIB以上 250 膽囊癌 IIIB以上 225 胃癌 IIIB以上 150 肝外膽管癌 IIIB以上 225 胰臟癌 III以上 150 研究預期效益(對病人的告知) 本研究計畫提供之(FMI)的全方位癌症基因檢測套組(FoundationOne® CDx)】可以檢測324 個和癌症相關的基因變化 (包含基因變異,TMB,CNV),以期能找出可以當作用藥參考的基因突變。此檢測套組已在美國食藥署審查通過,認定其報告內容可以當作醫師診療用藥的參考依據。所以此項基因檢測結果對於您的治療決策將有幫助,可以幫助醫師選擇最適合的治療方式。請了解此項檢測也可能找不到任何可以用藥的突變。此研究所建立之精準醫療大數據庫將提供臨床醫師更多決策依據之參考,有助於強化台灣之醫療品質,所以將來也對於跟您患同樣疾病患者之治療有益處。另透過本計畫建立的醫療大數據,對於未來推動運用真實世界證據作為藥物研發、藥品上市登記及健保給付評估都會有助益。 贈藥 羅氏藥廠,台灣默克集團、台灣中外製藥,台灣禮來亦共同加入示範計畫,將依基因檢測結果,提供他們最適合的癌症標靶用藥給參與此計畫的病患。 透過跨癌別的全方位基因檢測、智慧化分析,讓醫師據以進行精準臨床醫療決策,使病人獲得最合適之治療選擇,再搭配後端精準醫療用藥的合作,對癌症病人有非常大的助益,也是精準醫療的完美呈現。 這兩千例全方位基因檢測的投入,對於全台標靶治療藥物的臨床試驗收案及個人化精準醫療的推展極有助益,是一個讓病人,醫師和藥廠三贏的最佳策略。 目前正持續邀請 其他有相關標靶藥物的國際大藥廠 參與贈藥。 癌症精準醫療臨床小組 (Molecular Tumor Board, MTB)

20220805-NBCT-癌症精準醫療及生物資料庫整合平台合作示範計畫簡介 Read More »

20220730-NBCT-Workshop

台歐美日跨國打造精準治療網  助攻晚期癌症治療 (原始連結) 癌症已連續40年蟬聯十大死因之首,尤其當癌症進入晚期、發生轉移時,更是棘手難以治療。為提升癌症治療效果,去(110)年起衛生福利部、國家衛生研究院與羅氏大藥廠積極與醫療機構聯手,開辦「癌症精準醫療及生物資料庫整合平台合作示範計畫」,提供六大晚期癌症病友全方位基因檢測,讓病友治療前先檢測,提升治療精準度。國衛院國家級人體生物資料庫整合平台(National Biobank Consortium of Taiwan,NBCT) 於7月30日舉辦「癌症治療新紀元-精準醫療工作坊」,數十個癌症病友團體前往聆聽精準醫療參與方案。 精準醫療示範計畫做初罹癌病友的後盾,晚期癌友的助攻  國衛院梁賡義院長表示,國衛院近年積極與衛福部共同打造「精準醫療生態系」,此精準醫療示範計畫是唯一結合基因檢測及接續治療藥物給晚期初診斷病人的計畫,給予晚期癌友最強助攻。 擔任NBCT中央辦公室主任的國衛院司徒惠康副院長進一步表示,去年與羅氏大藥廠合作開辦的「癌症精準醫療及生物資料庫整合平台合作示範計畫」,將提供六大晚期癌症(非鱗狀非小細胞肺癌、食道癌、膽囊癌、胃癌、肝外膽管癌、胰臟癌)病友全方位癌症基因檢測。參與計畫的病友,除了可獲得由醫師及醫療團隊量身打造的個人化治療計畫,依基因檢測結果精準用藥,還有機會依基因檢測結果,獲得羅氏大藥廠、默克、台灣中外製藥和台灣禮來公司提供之癌症標靶藥物機會。 參與本計畫的醫療院所遍及全台北中南各大癌症治療醫院,包括臺大醫院、臺大醫院癌醫中心分院、林口長庚紀念醫院、基隆長庚紀念醫院、台北慈濟醫院、中山醫學大學附設醫院、彰化基督教醫院、臺中榮民總醫院、義大醫院,目前都已全面啟動收案,計畫資源有限,符合收案條件的病友可盡速至合作醫院了解細節。此外,高雄長庚醫院,高雄榮民總醫院,高雄醫大附設醫院,台北醫大附設醫院,也已加入示範計畫,正在準備中,近期也可能啟動收案。 加入計畫病友已開始用藥 病友團體:別錯過珍貴機會 台中榮民總醫院胸腔內科楊宗穎主任分享道,只要有符合收案條件的病友,都會積極鼓勵病友參加,能減輕病患的經濟負擔,呼籲病患把握此資源。近期更有一名病友經計畫提供之FMI全方位癌症基因檢測,發現一少見的基因突變位點,經過標靶藥物治療,獲得良好的效果,另外有六名病友因此發現有藥物可治療的基因突變,雖然所需的治療藥物有些台灣目前還沒上市,有些健保還沒有給付,但病人因此有機會進入臨床試驗,或之後可以接受計畫內藥品治療,節省了一年上百萬的負擔。癌症希望基金會嚴必文副執行長表示,近年癌症新藥在台灣健保有給付速度緩慢、設立多項條件等狀況,不少癌友必須負擔高額的醫療費用。國衛院的精準治療計畫,提供病友接觸到最新治療及恩慈療法(compassionate use),十分珍貴。 台灣癌症基金會蔡麗娟副執行長則從長遠精準醫療發展角度出發,特別關注真實數據(Real World Data,RWD)收錄。她認為此次計畫特別收錄了RWD,讓參與計畫的病友可以貢獻數據,提供治療藥物的研究與應用,加速精準醫療發展,十分有意義。 看好台灣基盤強健 歐美日醫藥夥伴盼聯盟成全球典範 針對台灣精準醫療發展,羅氏大藥廠總經理Girish Mulye表示,發展精準醫療生態系、加速醫師臨床決策、使病人受益,是羅氏全球市場發展的重要目標。作為示範計畫的發起者之一,十分榮幸能參與台灣精準醫療發展,也期待未來能與衛福部、國衛院有更多的合作,壯大精準醫療聯盟,成為全球典範。今年剛加入示範計劃的台灣禮來總經理勝間英仁則鼓勵更多夥伴加入計畫,共同為癌友找出更理想的治療策略,完備國家級基因資料庫,提升資料庫應用效益,促進台灣生技醫療產業的發展。 默克醫療保健事業體台灣、香港暨澳門總經理余文慧表示,默克作為全球領先的科學與科技公司,持續致力於突破醫學的界限,為病人尋求創新的治療方案。期待透過默克在個人化治療領域的優勢,結合歐美日業界聯盟以及產官學研醫夥伴的共同努力,藉由這項國家型精準醫療計畫平台,能嘉惠更多癌症患者,幫助其戰勝癌症、延長存活,翻轉病人的生命。台灣中外製藥陳榮華董事長表示,精準醫療已是受全球醫學界矚目的趨勢,台灣擁有全球少見完整健保資料庫與高水準醫療技術,發展前景可期,相信在大家的努力下,能茁壯台灣醫療發展,為病友共謀福利。 新聞連結

20220730-NBCT-Workshop Read More »

Scroll to Top