由 natsumi 在 四, 10/09/2014 – 16:14 發表 Cholangiocarcinoma FGFR3 IHC #1由 natsumi 在 四, 10/09/2014 – 16:30 發表。PROTOCOL Immunohistochemistry Staining (for paraffin-embedded sections) 1. Deparaffinize ¯ immerse slide in xylene for 7 min ´ 3 times (reused ~5 times). ¯ immerse slide in 100% ethanol for 3 min ´ 2 times (new). ¯ immerse […]
Immunohistochemistry of FGFR3 in oral and bladder tissue microarray Read More »
LV2081與LV8011都有ICC cases，比較如下。 合 (LV1503, LV247, LV642) #1由 sufang 在 三, 09/24/2014 – 03:53 發表。 測試片呢? 請問這些都是正片嗎？記得maruko在做DDR1時好像有種較破損便宜的測試片可供做條件測試，可以請教一下小丸 看看值不值得加購! 另外, you know what, 妳們找到、附的IDO1 refernece也是用IHC篩選IDO1在OSCC檢體中表現情形耶! 看來這個技術有夠重要．(I like the 掃片功能at Academia Sinica. 是大頭的功勞嗎?) #2由 natsumi 在 三, 09/24/2014 – 15:32 發表。 回應 1.這些都是正片，我們在看的這幾片沒有測試片。 想比之下測試片真的很便宜，現在買(*38)就比丸子第一次買還時還貴，也許之後還會漲價也不一定，我自己覺得可以買，這個我再跟丸子討論一下。 2. 嗯嗯，有唷，我有看到用IHC篩選IDO1在OSCC檢體中表現情形，IHC也是一門藝術。 3. 掃片功能是軒鈺教我的唷，省了很多用顯微鏡照相的時間，眼睛也不會花掉。 4.另外，剛剛發現LV20810的27例cholangiocellular carcinoma，與LV2081比對，這27例當中有9例與LV2081的ICC cases是overlap的，因此，一樣的9例在LV2081就可以寫說是ICC，不知道為什麼LV20810不寫清楚，不知道cholangiocellular carcinoma當中有哪些是ICC cases? 這個問題sales說會再另請專員回覆我。 #3由 natsumi 在 四,
The Intrahepatic Cholangiocarcinoma in tissue microarray (Biomax) Read More »
大家好:這個是我下周二(9/30)要報告的paper。題目: Fibroblast growth factor receptor 2 tyrosine kinase fusions define a unique molecular subtype of cholangiocarcinoma.謝謝各位。
2014-09-30 Journal Club Paper Read More »
由 natsumi 在 四, 09/18/2014 – 14:58 發表 Pre-published IDO1 #1由 sufang 在 五, 10/24/2014 – 14:50 發表。Dr. George Prendergast’s visit Time: 10:00~11:30 October 24, 2014 (Fri) Topic: IDO pathways in pathogenic inflammation and immune escape in cancer Speaker: George C. Prendergast, PhD (CV download) Professor, President & CEO, Lankenau Institute for Medical Research
IDO1 expression in OSCC Read More »
由 natsumi 在 四, 07/17/2014 – 17:30 發表 EBV and KSHV Methylation 最近聽Dr. Lin講Methylation的故事，我想到之前曾經做過的一個小實驗，分享之。 AB851 #1由 ingrid 在 五, 07/18/2014 – 12:20 發表。 ER沒有被acetylated-lysine Ab認到 #2由 ingrid 在 五, 07/18/2014 – 15:30 發表。 其他Data #3由 sufang 在 五, 07/18/2014 – 14:48 發表。 是KR! 記錯了，所以ER什麼都沒有! 可能只有phosphorylation. -而且只有 Ser/Thr-phosphorylation. #4由 sufang 在 五, 07/18/2014 – 09:10 發表。
5年前的一個小實驗 (EBV and KSHV Methylation) Read More »
A. 預計進行 wound healing analysis(1) OC3 and TW2.6 cells-改變細胞數 (約7-8分滿)+medium中不含collagen(2) 若有差異 則會再加入 imatinib觀察B. 預計進行 3D spheroid invasion assay(1) OC3(2) 若有差異 則會再加入 imatinib觀察形成球後invasion的情形目前有的data如下圖所示 C. 預計進行Immunostaining of p-MLC in TW2.6 and OC3cells:(1) TW2.6 cells 在沒有coating COLI及IV下p-MLC的分佈情形(2) OC3處理imatinib下p-MLC的分佈情形
加強Figure 6. DDR1 vs. collective migration預計進行之實驗~ Read More »
LabMeeting-小夏由 EVKVLIN 在 一, 04/07/2014 – 10:30 發表 LIN Lab 2016 LabMeeting natsumi 小夏 2008/09/16 Lab Meeting 心得彙整小蓮:sip21/sip27 其實都蠻成功的.請再repeat一次這組實驗(去掉gapdh後共六個sample,seeding sample時細胞數目要算對,記住搖勻(前後左右,而非順/逆轉, wagada?)si轉染部份照舊,五個要加Dox,Dox加後6~9天內做綠染) Pusa bless you. 2008/09/23 Lab Meeting 心得彙整小蓮:微調ERKV/rapa調件,重複HONE1/ER transient transfection (除了western外, wst-1會重做嗎?),還有,我們算講完了嗎? 2008/10/14 Lab Meeting 心得彙整 小蓮: Rapamycin對ERKV似乎有正向作用,黃老師建議思考mTOR可能是宿主細胞反制病毒活化的機制之一, 現在block住它,virus活化得較高興.這是很有意思的論點,要記住. siRNA繼續調條件中,HONE1補作ER實驗似乎okay. Slide做得很好(可是最後一張圖下方忘了加lane number,加上去就可與左邊說明相乎應). Good. 2008/10/21 Lab Meeting 心得彙整 小蓮:HONE-1 transient transfection的rH2AX及actin待補齊,也期待paper被review得順利☺。 mTOR pathway對ERKV reactivation似乎是抑制作用而非加成。建議再跑一、二片新膠確定p70S6K有被抑制、KR/p21/p27/ER有沒有出來(用NTU的抗 體,因為1ng/ml的Dox24h可提引出的Rta可能不多。原來那片blot,請留給下週BioRad新機demo時用flag染,配套他們的超強 ECL試劑和儀器,看做得出來嗎)。 si-p21/p27部份保持這一次INTERFERin三天,然後dox三天的步驟(L2K同樣條件下似乎toxicity較強一些)。另一盤 duplicate留做老化綠染用(Good)。Hoeffer
#1由 EVKVLIN 在 二, 05/12/2015 – 15:07 發表。 2014/05/20 IFA assay for p-gH2AX(S139) in dox-treated 293TetER AE703 Immunofluorescence assay for p-gH2AX(S139) in dox-treated 293TetER 5/6 Seed 1X10^5/6-well in 22mmx22mm coverslip 5/7 add Dox50ng/ml 5days 5/12 Immunofluorescence assay –> Fix with A. 100% iced MeOH -20degreeC 5min (3片NC,3片Dox) B. 2% paraformaldehyde RT10min (2片NC,2片Dox) ==> to test the fix condition (AE702) 5/15 Fixed
A. IP結果1. AE316: 1) KR跟DNMT3b有很強的interaction; 2) ER/gZ跟三個DNMT都有interaction。 2. AE326: KR跟DNMT3b有interaction, ER沒有; ER與KR和DNMT3a都有interaction (雖然ER大於KR, 但KR本身的量也較少, 若補回來可能差不多)。 3. IP將Focus在DNMT3a與Flag-Luc, ER, KR間的Interaction情形。 B. To screen IFNG induced-IDO1 expression 1. 各個OSCC細胞間的IDO1表現應好好的跑在一起公平比較，在AE324中無法下定論。 2. AE324: IFNG can induce IDO1 expression in OSCC cells. 3. AE342: 參考Dr.洪明秀實驗室Wenchy的實驗方法，觀察OSCC在IFNG處理之下的細胞狀況(e.g., Cell rounding, Cell arrest, Cellular senescence, Cell death).
2013/12/11 Lab Meeting- 小夏 Read More »
分享兩篇paper1. 這篇: A model for ligand-induced DDR1 shedding.(1) DDR1 在沒有collagen存在下，為全長125kDa的蛋白質。(2) collagen刺激之下誘導DDR1 autophosphorylation，引起sheddase活化，進而將DDR1從細胞表面切成兩段(ectodomain shedding)。(3) ectodomain shedding後，產生soluble DDR1 (a-subunit) 及membrane-anchored truncated DDR1 (beta-subunit) ，此時膜上的DDR1為tyrosine-phosphorylated 62kDa的蛋白質。 ->因此猜測在OSCC細胞中Glivec處理之下，我們看到DDR1全長的增加的同時應該也可以看到62kDa DDR1的減少。->對照我們的4株OSCC細胞在Glivec處理之下，62kDa DDR1在C9及OEC-M1中確實可以看到有下降的現象，撇開OC3來講，TW2.6仍需要再次確認這件事情。 2. 這篇: Discoidin domain receptor 1: isoform expression and potential functions in cirrhotic human liver. 肝硬化病人肝組織中全長的DDR1較正常人來得少，而shed DDR1 fragments較正常人多。->已將cytosol改為soluble。 修改後的報告PPT檔案已放入NAS上。