小丸子

1. 將DDR1 IP後的interacting proteins (no. 1-4) 切下後訂mass, 而no. 1約60 kDa, no. 2約75kDa, no. 3約85 kDa, no. 4約160 kDa的蛋白質, 其中最有興趣在一些OSCC細胞中可能有高度磷酸化的區域為no.2 利用MASCOT分析的結果統 整出較有可能的protein分別為 Heat shock 70 kDa protein 8, Heat shock 70 kDa protein 9 及 Polyadenylate-binding protein 1, 這些結果進一步需實驗進行驗證2. 利用OEC-M1處理Glivec後, 觀察抑制DDR1活性對OEC-M1的影響 結果發現細胞生長停止, 但細胞死亡的情形不明顯3. 觀察K2及K6細胞對Glivec的敏感性, 結果發現Glivec對於DDR1表達量較少的K2的生長抑制效果較差, 此結果仍須重複確認

1. 完成三組tissue microarray的DDR1, collagen type 1及collagen type 4的染色, 初步計分結果, 似乎DDR1的大量表達與collagen type1的大量表達較為相關,而DDR1大量表達也與疾病的grade較相關2. 比較OSCC cells DDR1 tyrosine phosphorylation的情形, 結果為DOK, C9, OC-3, OEC-M1, TW2.6>HSC-3, SCC-15, T47D>HEK293, 發現DDR1 tyrosine phosphorylation的程度與gilvec對於這些細胞的抑制能力,沒有很好的相關性, 然而發現在OEC-M1, TW2.6, HSC-3, SCC-15這幾組IP DDR1 sample中, 發現約略80-85kDa的DDR1-associated protein有強烈的tyrosine phosphorylation, 但此蛋白為何未知3.此外 DDR1的活性反映出的下游為何未知 (但排除非p-MAPK及p-AKT)4.利用Q-PCR分析一系列oral cells的DDR1 isoforms的表達, 結果發現大多細胞只表達1a及1b這兩種isoforms, 而mRNA表達量也與蛋白表達量具相關性

日前投稿至Frontiers in Virology的manuscript的初次結果為minor revised報告三個reviewers的建議, 重點摘要如下:1. 針對NLS提問, 希望我們討論為何與過去發現不同 (no.1 reviewer)2. 希望能加做分析KSHV viral particle的產生情形 (n0.1-3 reviewers)3. 希望我們討論CDK9磷酸化KR的其他可能位點, 還有是否有其他CDKs結合 (n0.1-3)4. 覺得luciferase assay差異不明顯 (n0.1, 2)5. 關於KR吸引CDK9後影響Poll2下游的轉錄機制的可能假說, 覺得證據非常不足 (no.2)6. 提到KR會被IgG所直接binding (no.2)7. 要我們再詳加解釋S634A/S636A與KR 10kDa的差距是否來自於磷酸化改變 (no.2)

1. 測試anti-DDR1 (Sanat Cruz, C-20) IP條件, 發現增加Ab的量, 並沒有增加IP下來DDR1的量2. 測試serum free後加入collagens對於DDR1活性的影響, 在T47D這組有看到DDR1的Tyr-phosphorylation增加, 但OEC-M1的結果不同, 推測是細胞太滿之後serum free造成的影響, 因此 必須重新試條件3. 分析silence DDR1後對於下游訊息傳導的影響, 在OEC-M1及TW2.6走向不同路徑

1. 著手進行三張tissue microarray的DDR1 staining給分(1) 依顏色深淺給予: 0-3分(2) 依tumor所佔區域大小給分: 0-3分(3) 分部位分開計分 (已完成舌頭, 臉頰)仍需解決的問題是 tumor part的判別~~需要請教別人 並且再多看一些slide 累積經驗希望早日完成計分 並進行統計分析2. 學姊建議整理DDR1相關data, 以利之後的方向

1. 在HEK293細胞中共同表達KR, S634A/S636A, Luc及不同量的Pin1, 結果發現大量的Pin1會造成KR, S634A/S636A, Luc蛋白量的降低, 由於Luc已知不會與Pin1交互作用, 因此大量Pin1可能部份造成細胞general的影響了。 2. IP結果初步看到, KR及S634A/S636A會被sumo-1所修飾, Luc則沒有, S634A/S636A被sumo-1修飾的能力較差, 但仍需進一步實驗確認sumo-1修飾KR及S634A/S636A所扮演的角色。

1. 在293FT細胞中共同表達K-RTA, S634A/S636A, Luc (control protein)及Pin1, 結果發現Pin1降解K-RTA及S634A/S636A的能力相似2. 用一批新抽的K-RTA及S634A/S636A transfection至293FT後發現, K-RTA與S634A/S636A穩定性接近, 推測634/636位點磷酸化與否與其穩定性無關3. 完成oral cancer tissue microarray (BC34011, HN811)之DDR1 IHC染色, 未來將進行DDR1表達量之給分4. 整理DDR1之ligans-collagens(type1-5)在一些oral cancer tissues中觀察到他們的RNA level有增加的情形, 最後我們認為在口腔癌中, collagen type1及type4為可能較重要的DDR1 ligands

1. 再次整理Pin1對於K-RTA的影響, 結果顯示Pin1會結合至K-RTA 並且影響K-RTA之穩定性, 而Pin1結合至K-RTA是經由其WW domain, 且isomerase activity也貢獻於pin1與K-RTA之交互作用2. 此外, S634A/S636A被anti-MPM2結合的能力較差, 表示S634/S636可能是Pin1所結合的位點3. Pin1對於K-RTA活性的影響 則尚未釐清4. 完成oral cancer tissue array (OR2081)的DDR1染色