LogID Title Initial Date AC002 Test optimal diluted fold of cDNA (C8) by qPCR (b-actin, GAPDH primer for YJC) WHT 3/20/10 AC006 To detect a series of tyrosine kinase exresson profule by q-RT-PCR (K6; 1/40, 1/400 dilution) WHT 3/26/10 AC007 To detect a series of tyrosine kinase exresson profule by q-RT-PCR (K2; 1/40, 1/400 dilution) […]
由 maruko 在 二, 08/05/2014 – 09:34 發表 Older Posts FGFR3 IHC 整理FGFR3已發表文章中使用Santa Cruz的anti-FGFR3(B9) 的條件及染色情形(圖片1-4)(圖片5為DDR1染在細胞核及染在細胞質) 1.後來發現 原參考論文2013 J Pathol中的CC1 buffer為偏鹼的條件(PH=8) (之前疏忽了 抱歉!!) 所以 使用PH=6的buffer應該是較不恰當(non-specific較高) 因此會請小夏詢價 買CC1 buffer再做做看 應該就可知道答案了 2. 雖然大多FGFR3都染在細胞質或膜上 但不能排除FGFR3 fusion可能出在核中 Start: 08/05/2014 Timezone: Asia/Taipei 發送此內容 Transfer this content to remote ELN server Bookmark/Search this post with ‹ 2014/11/04 Epigenetic Talks
2014/08/05 關於FGFR3 IHC Read More »
Dear all: 如題~ 謝謝大家 (論文按我下載) Title: Regulation of adipose oestrogen output by mechanical stress 綜合此文下方二個回應
2014-05-13 Journal Club Paper Read More »
LabMeeting-小丸由 EVKVLIN 在 二, 03/25/2014 – 00:00 發表 LIN Lab 2016 LabMeeting maruko 小丸2008/09/09 Lab Meeting 心得彙整 Maruko:要不要考慮這個跟這個,還有一個這個. 另外S186A是一個至今仍然未解的有趣mutant. 它可以bind DNA,可以transactivate一些promoter,有被訂出in vivo是被PKC磷酸化,但似乎此位點磷酸化的有無與disrupt latency無關.所以此例子並不適合追太久.. 2008/09/16 Lab Meeting 心得彙整 Maruko: (1) 為確保293TetKR中仍是每個細胞均具有transgene,小丸子成功地以flow demonstrated that, although weak, but Dox treated 293TetKR homogeneously shifted the anti-flag staining (1:50) to the right (not seen in 1:100 staining). 這樣子的結果可以讓我們安心的繼續使用這個細胞株.當初其實很怕是部份細還有KR,部份細胞則沒了,而以immunoblotting 又分不出來,所以小丸子勇猛地做這個實驗(熱烈鼓掌 霹靂啪啦 霹靂啪啦)智者常言:打鐵趁熱,所以讓我們也篩一下ER.能否請小蓮協助/學習小丸子把手中的293TetLuc及TetER也做一次這樣的實驗,我猜KR不幸是最弱的表現者.
Dear老闆: 這是tissue microarray的網址 http://www.biomax.us/tissue-arrays/Head_and_Neck/ 我挑了一下 (case多及有附normal control的) Bladder: BL2081 (203 cases) US. 455 BL802 (80 cases) US. 255 (兩片有60個cases重複) 建議買BL2081 Head and neck, oral cavity: Old: OR2081 (98 cases) US.455 (仍有trial等級 US.150) BC34011 (24 cases) US.140, HN811 (27 cases) US.215 New: HN483 (48 cases) US.165 (與OR2081有1個cases重複) HN803a (80 cases) US.255 (與OR2081有4個cases重複) 建議OR2081 trial等級+ HN803a 給你參考
Biomax tissue microarray informations Read More »
1. 整理與Harvard Skin Disease Research Center Dr.Rheinwald購買之細胞株培養方法 2. 試著釐清Src與DDR1的活性之關聯性: 過去研究指出(1)Src innibitor會抑制collagen I induced DDR1的活性(2)Src會與p-DDR1有交互作用 我的結果指出(1)imatinib處理會抑制Src的活性 (2)比較不同株細胞Src的活性與DDR1的活性似乎有相關 (3)加入Src innibitor會影響OEC-M1中DDR1與Src的交互作用(此現象在TW2.6不明顯) (4)加入Src innibitor 對於OSCC細胞生長的抑制影響不是很明顯(1uM濃度, 48小時) 3. 整理過去發現Collagens處理後DDR1,ITG..等mRNA level增加的例子, 結論為大多條件均在serum free下進行, 因此會嘗試改變為這樣條件去觀察在keratinocytes中處理Collagens對DDR1及ITGs mRNA level的影響 4. QPCR的CT值差異約要載1.5-2以上 以終產物跑agarose gel 才看的出來差異
20140115 Lab meeting-小丸子 Read More »
Title: EGFR Inhibition Promotes an Aggressive Invasion Pattern Mediated by Mesenchymal-like Tumor Cells within Squamous Cell Carcinomas.(PubMed) (Accepted MS下載)
2013-09-17 Journal Club Read More »
就目前DDR1 paper完成後，預計要進行的實驗: 1. DDR1 silence後如何影響P21、P27及CDK6? 假設ERK1/2下游FoxO3a及SP1扮演重要角色，然而初步結果顯示FoxO3a不如預期的變化，因此應該是經由其他因子影響P21及P27，未來將先進行DDR1 silence後對於P21及P27 mRNA量的影響，以決定是否為mRNA層次上的調控。 2. 在OSCC中DDR1是否會影響collective migration的進行? 初步以F-actin的分布觀察一群collective migration的細胞 發現silenced DDR1的確會改變F-actin的分佈 進一步將加入p-MLC (S19)的染色以確認DDR1對於OSCC cells collective migration是否扮演重要角色。 3. TGF-beta 1是否影響 DDR1的表達及活性? 40對病人microarray data表示DDR1與TGF-beta1的大量表達呈現正相關，過去研究指出檳榔萃取物會造成上皮細胞TGF-beta 1上升及collagen堆積，另外也有報導指出TGF-beta 1可以活化DDR1，因此假設TGF-beta 1可能對於DDR1的表達及活性上具有調節的能力。進一步會以TGF-beta 1處理正常oral keratinocytes觀察是否對DDR1有影響。
20130718 Lab meeting_蔡小丸 Read More »
大家好: 小龍年前最後一次journal club 要跟大家分享的paper 請下載連結檔案。Title: Fibroblast Growth Factor Receptor 3 (FGFR3) Is a Strong Heat Shock Protein 90 (Hsp90) Client
2013/02/05 Journal Club Read More »
1. 利用pooled shDDR1 clones探討DDR1對於OSCC cells的影響，結果發現抑制DDR1表達造成OSCC cells數目降低及細胞凋亡數目增加，而p-SHC、p-SHP2、p-MAPK、CDK1及bcl2為參與DDR1 pro-survival 路徑的重要分子。 2. 比較一系列DDR1 inhibitors (Imatinib、Dasatinib及Nilotinib )對於OSCC cells生長的影響，其中Dasatinib對於OSCC cells的生長抑制效果顯著，但其為廣效型抑制劑，相較之下對DDR1專一性較差，因此，之後實驗仍會著重於Imatinib及Nilotinib當作DDR1抑制劑，觀察對於OSCC cells生長的影響。 3. 利用HOK探討collagens是否會增加DDR1及collagens的protein及mRNA level表達，結果發現collagen typeIV扮演重要角色。
20130116Lab meeting-小丸 Read More »