Richard Young (2/2)Nature Genetics: 2007 Dec Figure 1 Different classes of Pol II binding profiles. ChIP-chip assays were carried out with 2-4 h Toll10b embryos using antibodies that recognize both the initiating and the elongating forms of Pol II. Figure 2 Whole-genome analysis of Pol II binding.
RNA Pol II Pausing Read More »
Dear諸作者:因要po一些較detailed/confidential的文,今天下午以後一個禮拜內,麻煩你們進來時登錄一下,或是讓account保持登入狀態,這樣就不用重複sign-in/log-out了.造成不便,請多包涵.
那麼,祈願美國經濟不可崩盤,歐盟諸公繼續挺台灣入衛,台灣八點檔連續劇恢復一個鐘頭,青菜水果價格恢復…（喂喂喂,大家多多開文啊,這裡是”Our Thoughts”~寫了不愛還可以自己消掉啊.也許大家都忙著做實驗吧,看來當老闆還是不錯的)下週二Lab meeting時,小嬿要報告RNA Pol II pausing的paper(rehearsal).現在請各位捫心自問:R/Z這些傢伙是怎樣幫忙RNA Pol II做病毒基因轉錄的?
1998 Metastatic melanoma1999 PKC/p21/G2/M 2001 TPA/p21/morphological change2006 Pancreatic cell TPA/G2M2006 HepG2/TPA and previous study in 2003
TPA,PKC,G2/M arrest Read More »
拍拍手,我們歡迎你,旻潔!(確定不用藝名嗎?)(又,依據老鼠會原則可否請把Sheng-Yen的email給Reactivation(sflin3@gmail.com)我等他過一陣子較不忙時再邀他加入作者群). Many thanks, and again, welcome!
On Sep-16-2008 AM 10:00, SFL wrote:Dear All, 陳老師在上週三院務會議後,熱切地吩咐我要把Rta造成MN增加的現象(楚穎論文)再加幾個圖(仿常申之paper)希望Int. J. Cancer這一篇被接受後,能夠把Rta對GI的contribution由我們Taiwan人自己發表(餘略)—————————————————————————–三個成見(二不一會):1. Rta’s function in the cytoplasm is NOT considered here.2. Rta-mediated MN formation in cells during EBV lytic replication may NOT contribute to NPC tumorigenesis, because cells may die before MN are formed.3. Rta does lead to MN and rH2AX formations in EBV-ve cells. Rta, AKT/ERK
On Sep-16-2008 AM 10:00, SFL wrote:Dear All, 陳老師在上週三院務會議後,熱切地吩咐我要把Rta造成MN增加的現象(楚穎論文)再加幾個圖(仿常申之paper)希望Int. J. Cancer這一篇被接受後,能夠把Rta對GI的contribution由我們Taiwan人自己發表(餘略)—————————————————————————–三個成見(二不一會):1. Rta’s function in the cytoplasm is NOT considered here.2. Rta-mediated MN formation in cells during EBV lytic replication may NOT contribute to NPC tumorigenesis, because cells may die before MN are formed.3. Rta does lead to MN and rH2AX formations in EBV-ve cells. Rta, AKT/ERK
Dual Luciferase assay: 所以,測試結果簡述如下. (1) Internal control: pFA-GAL4 系列因KRTA/TA在40ng/well/24-well plate含有約1K~2K的內生性renilla luciferase活性,所以最後選擇以活性最高的pEF1-RL為internal control. pLenti-Flag系列因pEF1-RL在不同activator:reporter比例被活化的程度不一, 所以選擇以variaion較少的pTK-RL或pTK-hRL為internal control. (3)(叮嚀:日後碰到)
9/30 Lab Meeting 心得彙整 Read More »
Widespread changes in protein synthesis induced by microRNAs / The impact ofmicroRNAs on protein output MicroRNAs可通過抑制一個信使RNA（mRNA）的轉錄或通過誘導其降解來調控基因表達。 雖然以前的研究工作已經在mRNA層面上對這種調控進行了測量，但過去對有多少調控發生在蛋白層面上仍不知道。現在，由David Bartel和Nikolaus Rajewsky領導的兩個小組，利用被稱為SILAC（全稱為“利用細胞培養中的氨基酸進行穩定同位素標記”）的方法的變通形式，對蛋白層面上所發生的蛋白組範圍內的變化作為內生和外生microRNAs的表達的一個函數進行了測量。他們發現，雖然microRNAs能直接抑制數百個基因的轉錄，但更多的間接效應卻能導致數千個基因的表達發生變化。然而，所觀察到的很多變化在數量級上不到兩倍，表明不管是直接還是間接，microRNAs都能充當“可變電阻器”，來微調蛋白合成，以便在任何一個給定的時間都能與細胞的需求相匹配。（Articles Nature 2008 SePost Optionsp-4-Vol 455:pp. 58, 64; Author page）
微RNA在蛋白層面上對基因表達的調控程度（MiRNA tunes proteins） Read More »
First of all, I want to clarify several disputing issues:1. Is Rta functional in the cytoplasm? Maybe, but most of the time Rta is working hard in the nucleus.表現量過多,過快,或是一邊進核一邊在胞質內”到此一遊留點紀念”的功能不是今天討論範圍.同理RtaNLSm在我心目中是一個細胞質蛋白,它的主要活性與核內的Rta應是截然不同的. 2. Does over-expression of Rta lead to MN formation in EBV-ve cells?是的,在楚穎論文裡,所算的p值都是許多次實驗重複驗證而成.據聞旻潔加做的synchronize細胞也可觀察到許多multinucleated, binucleated, and mis-segregated cells. 3. Does Rta-mediated MN formation contribute to NPC tumorigenesis?傾向不是.因為在有病毒genome存在下,Rta和其所活化的病毒蛋白會造成細胞停止生長或是凋亡.也就是說 cell