6/22 Lab Meeting-ingrid

(1) 以shLuc、shOGT、shMGEA5的lentivirus (稀釋倍數1/8) 送入ERKV (6×10^5/2ml/well/6well*6) 中,48小時後加Dox,再48小時收細胞計數螢光比例(第4次實驗)。發現綠螢光的細胞佔全部細胞約80-85%;紅螢光的細胞佔綠螢光細胞約30%(Dox)、5-10%(NC)、30%(shLuc)、40-50%(shOGT-A1)及65-70%(shMGEA5-B2)。收lysates進行WB確認。且用IP將KR抓下,用WB(RL2)來確認O-GlcNAc變化程度。 (2) 進行Q-PCR檢查送入shOGT的293FT細胞樣本中,MGEA5的mRNA是否有減少,反之亦然。由於結果無法排除off-target作用,進行或重複實驗以確認。(3) TW01TetLuc有2株clones及TW05TetLuc有8株clones進行IFA (Flag Ab) 確認。由於背景值太高,無法確定是否有Luc蛋白質表現,故進行WB以確認。

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徵人啟示草擬

6-19-2011 生技醫藥國家型計畫NRPB誠徵生力軍 研究題目: Identification of gene fusion in cancer cells by RNA-seq 1. 碩士級研究助理 2. 博士後研究人員 學歷及專長:(1) 生物資訊、資訊工程或相關研究系所畢業。熟悉perl、python、linux、unix,有分析序列經驗者尤佳 (2) 具備分子生物學、細胞生物學之專業知識與操作經驗 (3) 兼具上述二項條件者。 工作內容:本計畫含wet-bench及dry-lab兩種性質的工作。合作團隊包括台大癌症研究中心盧彥伸;國衛院癌研所林素芳;中研院資訊科學研究所林仲彥 (工作地點主要在台北;工作待遇依國科會支薪標準,享勞健保)。 應徵碩士級研究助理請下載並填妥此份問卷; 應徵博士後研究人員請下載並填妥此份問卷。 應徵方式:請將 (1) 履歷與填妥之問卷 (2)二位以上推薦人之連絡資料 (3)最高學歷論文摘要逕寄林素芳 (sflin1@gmail.com) 或是郵寄至『350苗栗縣竹南鎮科研路35號 癌研所 林素芳』收. 資料審查通過者則安排進行面談,資料恕不退件。面談時間及地點將以e-mail或電話通知。 ———————————————— 6-2-2011 NRPB計畫誠徵生力軍 1. 博士後研究人員一名 2. 碩士級助理一名 3. 博士班學生一名 研究題目: Identification of gene fusions in cancer cells by RNA-seq

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BrCA Reading Notes

05-14-5 pm也就是說GR+DEX 本可活化一些和invasion/migration相關的 genes (in 231), 而有ER的細胞如MCF7則抑制了這些功能。Therefore, next time you should look fora. DEX and metastasisb. ER-mediated repression of metastasisc. combine both a and b. I compiled all the YSL-related NSC grants in “大家的國科會”I compiled steroid, glucocorticoid, dexamethasone, 鄭醫師國科會in “GR and ER”.———————————05-14-3pm1. steroid biosynthesis vs. steroid hormone (progesterone, androgen, estrogen and cortisone)2. Dexamethasone (Dex) is

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0615 Lab meeting-蔡小丸

1. 再次整理Pin1對於K-RTA的影響, 結果顯示Pin1會結合至K-RTA 並且影響K-RTA之穩定性, 而Pin1結合至K-RTA是經由其WW domain, 且isomerase activity也貢獻於pin1與K-RTA之交互作用2. 此外, S634A/S636A被anti-MPM2結合的能力較差, 表示S634/S636可能是Pin1所結合的位點3. Pin1對於K-RTA活性的影響 則尚未釐清4. 完成oral cancer tissue array (OR2081)的DDR1染色

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TW01TetER相關

(AC503, Ingrid, 2010-05-18) 6-well plate format (200K/well = 100K/ml)(1) No Dox control of both cells grew similarly before Day4, doubling time約為24h(2) #7 continued to grow between Day 4 and Day 7(3) #19 stopped to increase after Day 4 (猜測是第三天換 medium時同時移掉 死細胞)(4) YLC 將Day 8細胞拿來做SA-b-Gal staining,是positive, 但比例不詳 (AC 263 小夏) 6-well plate format (200K/well = 100K/ml)

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考慮用Bioruptor sonicate你的protein extract

上週末Bioruptor業務幫我們把儀器fix好的同時,也提及許多Lab在置備protein extract的同時,現在都會加一步sonication的步驟。 set at “Low”, 5 cycles. 據說這樣才可以充分地把胞膜上面的蛋白質都萃取出來。有做膜蛋白的人要注意一下! 非膜蛋白的人也可以試試看多加這一步驟,protein是不是萃取得更完全。

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06/01 Lab Meeting-小嬿

1. 設計12個target gene的CTCF binding site primers. 初步用ERKV及Raji的genomic DNA測試primer, 九組較佳, 三組較弱, 一組沒有p出來. –>後面這四組primer會再做進一步確認condition2. 利用IP觀察CTCF是否跟Rta有interaction. IP CTCF後有抓到Rta, 但其抓到的量與Dox induction與否沒有關係(偽Rta?). (使用ICON的blocking reagent後, IgG的band有比較乾淨.)3. 利用Thermo的fraction kit區分TW01TetER-19細胞的cytosol及nuclear protein. PARP1及CTCF乾淨地位於核內; Rta, p53, H3在cytosol有殘留; GAPDH及a-tubulin主要在質; 怪的是PCNA大部分在細胞質. –>1. 這篇paper指出位於質內的PCNA具有anti-apoptosis的效用(in neutrophil), 或許這是TW01細胞可以serum starvation還如此快樂的原因之一. (而一點點的PCNA在核內就夠DNA replication 用?或大部分細胞在G1 phase, PCNA不用進核工作)–>2. 試試沛文的fractionation方法–>3. 試試IP Flag, 看CTCF是否會被抓下來

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