20121205 小夏報告

分享兩篇paper1. 這篇: A model for ligand-induced DDR1 shedding.(1) DDR1 在沒有collagen存在下,為全長125kDa的蛋白質。(2) collagen刺激之下誘導DDR1 autophosphorylation,引起sheddase活化,進而將DDR1從細胞表面切成兩段(ectodomain shedding)。(3) ectodomain shedding後,產生soluble DDR1 (a-subunit) 及membrane-anchored truncated DDR1 (beta-subunit) ,此時膜上的DDR1為tyrosine-phosphorylated 62kDa的蛋白質。 ->因此猜測在OSCC細胞中Glivec處理之下,我們看到DDR1全長的增加的同時應該也可以看到62kDa DDR1的減少。->對照我們的4株OSCC細胞在Glivec處理之下,62kDa DDR1在C9及OEC-M1中確實可以看到有下降的現象,撇開OC3來講,TW2.6仍需要再次確認這件事情。 2. 這篇: Discoidin domain receptor 1: isoform expression and potential functions in cirrhotic human liver. 肝硬化病人肝組織中全長的DDR1較正常人來得少,而shed DDR1 fragments較正常人多。->已將cytosol改為soluble。 修改後的報告PPT檔案已放入NAS上。

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練習英文又可檢驗自我科研潛力的好東西

早上被家中電腦可以上網卻又無法上Google網站煩到不行,逛啊逛得看到這一個site (按我). 看到幾篇title很有趣的文章:Q&A: Douglas OsheroffFinding fascination in nature Nature 490, S8–S9 (11 October 2012)——————————————————Q&A: William PhillipsIn search of ignorance Nature 490, S11–S12 (11 October 2012)——————————————————Graduate students: Aspirations and anxietiesGene Russo Nature 475, 533–535 (27 July 2011)——————————————————Postdoc or not?Karen Kaplan Nature 483, 499–500 (21 March 2012)—————————————————— Job applications: Straight to the top of the pileKaren Kaplan Nature 488, 241–243 (08

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1017 Lab Meeting-FYC

Progress Report1. 探討oral cancer cell lines中MMP-2以及MMP-9與DDR1之間的關係a) 透過Western blot發現在oral cancer cell lines中,MMP-2 protein的表現與DDR1間較有關聯,MMP-9則無b) 利用Zymography偵測MMP-2以及MMP-9的活性則發現,在oral cancer cell lines中,以MMP-9的活性較為明顯,MMP-2則無–>以後如果要做深入的研究會以MMP-2方向進行,因與DDR1關聯性較高 2. 研究台灣oral cancer cell lines中的FGFR3-TACC3 gene fusiona) 透過PCR analysis可在C8以及C9 oral cancer cell lines中發現確實有FGFR3-TACC3的gene fusion情況b) 透過DNA sequencing可定出在C8及C9中FGFR3-TACC3在genomic DNA level上的breakpoint site–>之後希望選出一對適合的primer在gDNA上能順利work,再去偵測clinical sample的gDNA中有沒有FGFR3-TACC3 gene fusion的情形

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amazing~人瑞生子的時代快來臨了~

        根據今天刊登在「科學」雜誌(Science)的研究報告,日本京都大學研究團隊利用iPS的技術成功將母鼠取出的幹細胞,誘導成卵子,再進行體外受精後植入代理孕母老鼠,並成功生下健康子鼠,並能繁殖下一代。連同他們之前的研究:從公鼠身上取出幹細胞,利用iPS的技術誘導成精子,未來八十歲的老爺爺老奶奶想生小孩可能不是夢想了!iPS真的是太神奇了~ 新聞稿      science report                                                                                           

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cBIO Cancer Genomic Portal

cBIO cBIO database is one browser of Cancer Genome Anatomy Projects (CGAP).This project is supported by NIH and NCI that 20 cancer types will analyse with Copy-number (Array-CGH), mRNA expression (RNA-seq), mutation (NGS), and DNA methylation status between clinical tumor samples and adjust normal tissues. Now, there are 7 type of cancers  that have finished this project and can

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