◉ Oral Presentation: Identification of recurrent gene fusions in luminal type breast cancer in Taiwan 日支費 297/day (10/24-10/26, Thu to Sat) SFL 10/24 (四) 9-10 am Rm6 International Session 2: 6-min talk + 2-min discussion YWC/Janelle/Hui- : 10/24, 16:30-17:30 Rm 5. 出國上簽 (NHRI這邊) 地點改變上簽 (NTU那邊)
Progress report 1. 比對RRE與CBS的差異. RRE的序列可能為16~18 bp, 主要由兩個core element(GNCC和GGNG)和中間間隔的8~10個nucleotides所組成. 若以分析RRE方式分析CBS, 可發現CBS與RRE的序列組合有高度相似性, CBS也有兩個core element, 差別在於隔開core element的序列只有7個nucleotide.–> Rta是否可能透過結合在類似CBS的DNA序列干擾CTCF對基因表現的調控.–>> 注意CpG, RRE, CBS相對位置 2. 觀察在EREV8和ERKV細胞中, Rta所調控基因的蛋白及RNA表現量的改變. EBV Rta在Dox誘導表現之下, 可在3小時被偵測到; 而細胞週期調控蛋白c-Myc和CCND1在Rta表現3-6小時表現量下降; p21及14-3-3σ在6小時表現量上升; 病毒溶裂期蛋白則在12-24小時才有明顯的表現量產生. –> Rta表現後改變許多細胞周期相關基因的表現, 而這些基因的promoter或intron上有CBS存在. 3. CTCF 可能扮演壓制EBV或KSHV不能進入lytic cycle複製的角色. 若外送質體表現較多的CTCF於細胞中, 可以發現EBV和KSHV的溶裂期蛋白表現被抑制, 細胞中的病毒DNA套數減少; 相反地, 以shRNA方式減低CTCF表現量時, 可以發現EBV和KSHV病毒的溶裂期蛋白表現, 並且細胞中的病毒DNA有增加的趨勢. 4. Rta結合於DNA上的功能對於基因的調控是重要的. 外送EBV Rta的DNA binding mutant(K156A)進入細胞中, 可以發現Rta原來調控的基因, 在K156A組別中的反應都較小. 5. EBV Rta結合到DNA上讓CTCF無法穩定地坐落於DNA上. 以ChIP assay觀察目標DNA片段, 可以看到大約在Rta表現6-12小時就可看到Rta結合在DNA上, 而CTCF的訊號則在較後面的時間點(24小時)變弱.–>>
09/25 Lab Meeting- 小嬿 Read More »
Dear all: Here is the paper I’ll present next Tuesday, please check and enjoy it.
20131015 journal club paper Read More »
E2: dimerE1: di-hexamerOnce integrated, HPV is no longer reproducible. G0: basal cellsHPV DNA amplifies during G2 arrest (CCNB in the cytoplasm) p130 is the key: disappears and re-appear during keratinocyte differentiation (reactivates cell cycle, promoting S-phase); N268D U0126
Prof Chow 周芷 visit Read More »
實驗室減壓方式有許多種 但是SFL覺得重點只有一個 就是要 〔放得下〕 學習放下批評者和你的看法不同處 學習放下你和惹你懊惱者的不同處 學習放下時間老是不夠用的惡習 早一點動手 承認無法接受這份工作
大家好，這篇是蕃茄10/01要報告的paper，請查收，謝謝! (Elevation of S100A4 expression in buccal mucosal fibroblasts by arecoline–involvement in the pathogenesis of oral submucous fibrosis-PLoS One 2013) 大家好，這一篇是2號版主附贈的相關paper，請查收，謝謝!(Identification of two distinct carcinoma-associated fibroblast subtypes with differential tumor-promoting abilities in oral squamous cell carcinoma.)
2013-10-01 Journal Club Read More »
小羊畢業口試rehearsal! ——– 意見彙整:Major Comment:1. 不要對著螢幕解釋抄來的英文內容，這是論文口試、不是即席英文翻譯。試著把英文二行以上的句子縮短微小於二行、或是直接改成中文。另外要時時看一下聽眾的反應。2. 要打講稿，注意大約一分鐘一張slide。3. 覺得不好講的地方要用圖表幫忙。4. Introduction 是不是改成 口腔癌–> Gene Fusion–> FGFR3 –> TACC3 會不會比較順? (或許論文也應該這樣子編排比較好。不過別擔心，有了「Insert目錄後」，改那個很快)5. Cell Line 名稱要做個簡單的表格、在需要的地方帶出來，因為不做這個題目的不熟這些cell line, 會不知所云。Specific Comments (slide number 可能會差一、二號):Slide 1 :頭頸癌的skin若發生病變應屬皮膚癌而非HNSCC. 1982到2013才上升一位，不能叫做一路攀升。應強調男性發生率及癌症死亡率即可Slide 3 (cartoon of FGFR3 signalling pathways): 明明是五個箭頭、為什麼你卻說四個pathway?Slides 3 & 4: tyrosine kinase domain 要指對地方。Slide 8: 英文有錯，考慮用中文。Slide 10: 圖扭曲得很難看. TMPRSS2 是 protease? 那保留甚麼功能區? 圖A和C不同點在哪裡?Slide X (結果第一張) 要附 F3-T3、抗體、shRNA位點的示意圖，而不是一直對著空中指指點點。Slide
Title: EGFR Inhibition Promotes an Aggressive Invasion Pattern Mediated by Mesenchymal-like Tumor Cells within Squamous Cell Carcinomas.(PubMed) (Accepted MS下載)
2013-09-17 Journal Club Read More »