2014/01/25-26 PI Retreat

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地點: 台南統一大樓1/25/2014 (Saturday) 和信醫院鄭鴻鈞醫師：-OrCA: 1405 (Frozen tissues)-NPC: 1206 (Frozen tissues)-Biobank and Informed Consent Form (ICF) 有研究要進行才會去簽ICF-在該醫院開刀的，約有一半的檢體留存率。-800多例檢體要做expression array. 基因表達平台。 劉柯老師： -乙醛Acetaldehyde, ROS, Nitrosamine-P. gingivalis/C.albicans (TLR2 -> IL10 ->Treg)-P.gingivalis LPS -> miR-146a increases-P.gingivalis LPS ->TLR2-JNK, low inflammation-E. coli LPS -> TLR4 /p38MAPK, TLR4-NFKB-Areca nut -> increases miR-146a Jeffery:-Infection:  1. Direct: HPV  2. Indirect: inflammation (P. gingivalis), carcinogens,

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TCGA DATA 下載

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TCGA data download 上次回去尾牙 Dr. Lin 提到TCGA的DATA DOWNLOAD 目前找到的地方是這裡 https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/dataAccessMatrix.htm 我有試著下載 HNSC的miRNAseq的data跟clinical data 看data matrix 其中miRseq的data 應該是已經處理過的 給的數值是count 跟 frequency 但是會有不同read frame的問題 我想 gene expression 應該也會有類似問題 目前還是不知道怎麼處理 跟NGS資料分析 一點都不熟阿! XDDDDD

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20140115 Lab meeting-小丸子

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1. 整理與Harvard Skin Disease Research Center Dr.Rheinwald購買之細胞株培養方法 2. 試著釐清Src與DDR1的活性之關聯性: 過去研究指出(1)Src innibitor會抑制collagen I induced DDR1的活性(2)Src會與p-DDR1有交互作用 我的結果指出(1)imatinib處理會抑制Src的活性 (2)比較不同株細胞Src的活性與DDR1的活性似乎有相關 (3)加入Src innibitor會影響OEC-M1中DDR1與Src的交互作用(此現象在TW2.6不明顯) (4)加入Src innibitor 對於OSCC細胞生長的抑制影響不是很明顯(1uM濃度, 48小時) 3. 整理過去發現Collagens處理後DDR1,ITG..等mRNA level增加的例子, 結論為大多條件均在serum free下進行, 因此會嘗試改變為這樣條件去觀察在keratinocytes中處理Collagens對DDR1及ITGs mRNA level的影響 4. QPCR的CT值差異約要載1.5-2以上 以終產物跑agarose gel 才看的出來差異

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CRISPR/Cas9 Plasmids

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https://www.addgene.org/CRISPR/ Addgene最近在賣的一系列有趣的plasmid(addgene的另外意思就是 不貴) 目的是辨識特定DNA序列，去切斷、造成Nick、抑制基因表現或是促進基因表現。 最早能辨識DNA序列的 是Zinc finger，後來出現TALEN，這兩個都是protein為主的數位編碼。 後來又有人發現CRISPR/Cas系統 CRISPR/Cas9本來是用在抵禦外來DNA，辨識序列、切斷。 整個原理 簡單的說 Cas9會利用guide RNA (特定序列+一個二級結構的RNA)去辨識DNA序列 再將雙股DNA切斷 (去防禦外來DNA入侵) 一開始被利用其實是拿來做transgene ES，增加DNA recombination 的效率。 這幾年陸續有人將enzyme activty移除，甚至做成fusion protein， 接上抑制性domain HP1/KABP)或是活化domain (VP64)，去專一性的抑制或表現特定基因。 跟Zinc finger跟TALEN比起來，其辨識主要是gRNA 序列而不是protein的排列順序(編碼) 所以可以利用合成oligo-nucletides insert 到gRNA expression plasmid去達成鑑別力， 整個彈性、速度跟CP值，完全大勝前兩項。 CRISPR抑制 (CRISPRi)也可以媲美RNAi，甚至更好。 我看其中一篇reference，他們做CRISPRi後去做Sequence，發現專一性極高，也無off-target effect。(paper data都是最漂亮的! 哈) 然後合成DNA primer的價錢，也遠比RNA 便宜很多，所以CP值跟彈性都更高。 activation部分，也可以去操作特定基因﹐的表現。可以用來證明某些未知的transcript 是來自於同一個還是獨立的。 其實在Zinc finger/TALEN的部分，也是有人將epigentic enzyme，DNMT, PRC Complex or Tet去做fusion，去達成特地區域的epigentic change。 CRISPR應該也可以做到。

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