註二: 還有靜娟的10片array和夏博的5片可能不要放在一起比: 在”library comparison”我用DOK1/DOK2當pool A, DOK3當pool B, 或是比AC50與AC50_1, NNK6與NNK6_1, 都有許多基因大於2倍以上。(結果檔案) 註二之ㄧ: DOK1 vs DOK2 >=二倍差異有2069個基因 (有這麼多! unexpected)。 註二之二: DOK1 vs DOK3 >=二倍差異有2162個基因。 註二之三: DOK2 vs DOK3 >=二倍差異有3192個基因。 註二之四: pool (DOK1, 2) vs DOK3 >=二倍差異有2065個基因。 註二之五: AC50 […]
大會網址由此進~ Day 1, May 2 (Friday) 下午長庚閻紫宸 OI-03 MR/PET in Oncology ImagingINTEGRATING IMAGING DATA WITH INFORMATION FROM GENOMICS IN ONCOLOGYTzu-Chen Yen Molecular Imaging Center, Chang Gung Memorial Hospital and University, Taiwan As a physician and researcher in medical imaging, we have been fascinated by the rapid and dramatic improvement of imaging capabilities over the past decade.
第十九屆台灣癌症聯合學術年會 (ACOS-TJCC, 2014/5/2–4) Read More »
A. 預計進行 wound healing analysis(1) OC3 and TW2.6 cells-改變細胞數 (約7-8分滿)+medium中不含collagen(2) 若有差異 則會再加入 imatinib觀察B. 預計進行 3D spheroid invasion assay(1) OC3(2) 若有差異 則會再加入 imatinib觀察形成球後invasion的情形目前有的data如下圖所示 C. 預計進行Immunostaining of p-MLC in TW2.6 and OC3cells:(1) TW2.6 cells 在沒有coating COLI及IV下p-MLC的分佈情形(2) OC3處理imatinib下p-MLC的分佈情形
加強Figure 6. DDR1 vs. collective migration預計進行之實驗~ Read More »
由 EVKVLIN 在 二, 05/12/2015 – 10:10 發表 Older Posts Seminar Identification of metastasis-related genes and microRNA in hepatocellular carcinoma and oral squamous cell carcinoma. 補充一張TCGA 2012 Annual Meeting上HNSCC project leader的slide, 解說HNSCC的tumor staging. Staging of oral cancer: Stage I T1, N0, M0 Stage II T2, N0, M0 Stage III T3, N0, M0 or T1, T2,
2014/03/31 雅雯老師升等演講有感 Read More »
大家好，我下週二要報告的 paper 請按連結下載，謝謝！題目搶先看: Expression, Regulation and Roles of MiR-26a and MEG3 in Tongue Squamous Cell Carcinoma
2014-04-29 Journal Club Paper Read More »
重要文獻集中區_Oral Cancer 由 sufang 在 二, 09/16/2014 – 14:01 發表 Oral Cancer Knowledgebase Literatures Oral Cacner Recent update on 2015/05/12。 Start: 04/09/2014 Timezone: Asia/Taipei 發送此內容 Transfer this content to remote ELN server Bookmark/Search this post with ‹ HPV and p16 in HNSCCOSCC Cell Line STR information 20150312 更新版 › 增加新的回應 行事曆
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先致謝一下: UMich的好朋友們、中研院資訊科學研究所林仲彥老師、蘇聖堯同學。 Molas Portal Site (http://molas.iis.sinica.edu.tw/OralCancer/login.php)。 username: OralCancer password: sufang 對有興趣的基因請先在NCBI_Gene找到gene symbol, 如DDR1, CBX8, COL4A5 etc. 然後按 “Full text search on annotation table” ，輸入gene symbol. 若成功跳出來該筆資料則直接click該gene symbol. 進去後一直拉到最下面即可看到這個基因在7株細胞中的FPKM值! 下圖是DDR1的搜尋結果。 另外、若使用 “Enrichment analysis”，則可以輸入多個gene symbol，一次可同時找多個基因。下圖是輸入FGFR四個gene symbol，做GO analysis所得結果。 大力感謝中研院林仲彥老師、蘇聖堯同學幫忙建立這個Portal Site! 如果各位想要知道心目中的gene在標題所示的七株細胞中表現量為何，請先在NCBI_Gene找到gene symbol,然後貼篇新文在這個blog裡，我們將儘快為您服務! —————-以昨日Jounral Club之內容而言，毛怪若想知道LKB1在口腔癌細胞中之相對表現量為何？HIF1-alpha以及下游的三個基因呢？ 那第一步就是去NCBI找出這些基因的gene symbol, 然後貼個文說想知道這些基因的FPKM (fragments per kilobase of exon per million fragments mapped)。FPKM是RNA-seq用來表示基因表現量的常用方法之一，我們由衷感謝UMich的朋友幫忙做這七株細胞的RNA-seq, 以及中研院合作夥伴幫忙把這些結果灌成一個portal site.
FPKMs for C8, C9, K2, K6, OC3, OEC-M1 and TW2.6 Read More »
由 sufang 在 二, 04/15/2014 – 11:10 發表 Pre-published CHASE SUN para-toluenesulfonamide PTS（对-甲苯磺酰胺注射液） 吳宜莊 林懋元 紅日藥業 美商PTS國際公司 鍾南山 Dear all, 口腔癌合作討畫討論會議訊息，提供本所竹南口腔癌研究團隊卓參時間：4/16(三)上午11時地點：研究大樓 R2-1042與會人員：林懋元先生、吳宜莊博士、Dr.王陸海、Dr.洪文俊、Dr.劉柯俊、Dr.莊志立、Dr.陳雅雯、Dr.李家惠林懋元先生、吳宜莊博士現在任職於生技公司(林懋元先生現為該公司負責人)他們二位會進行公司簡報, 我們則出席聽取簡報即可再視狀況看是否有合作的可能及機會 會議敬備有餐盒，若有老師茹素，敬請提前告知，謝謝。 佩瑩 ________________________________________從: 洪文俊寄件日期: 2014年4月15日 上午 09:01至: 林佩瑩; 陳立宗; 劉柯俊副本: 郭靜娟; 蔣秀月主旨: RE: 4/16(三)口腔癌合作討畫討論會議 Dear All,The message sent by Pon is correct. But his name is NanShan Zhong. Please see attached website
所長來函 RE: 4/16(三)口腔癌合作討畫討論會議 Read More »
由 EVKVLIN 在 四, 04/10/2014 – 13:29 發表 Pre-published BrCa Gene Fusion NGS patient history #1由 sufang 在 二, 04/15/2014 – 11:15 發表。 最終版 新加入三例NGS data後、聖堯重新計算FPKM (normalization), 所得結果再灌入Molas中。 http://molas.iis.sinica.edu.tw/ntuh_brca/ (account: ntuh_brca, password word does not change)
Patient history of 19 NTU Breast Cancer Read More »