睡覺前還是查一下mailbox, 還沒回音 (CAF index MS)… 明天家裡日曆的每日格言是…

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 Jun 23, 2020, 10:01:51 PM 「最困難的時候，就是離成功不遠的時候。」  睡覺去吧!  (31-3)+23=51d 賴亭羽<b002010033@gmail.com> Jun 24, 2020, 2:18:22 PM to sflinlab2020   (31-3)+23=51 d  <- (._.)? SFL<sflin1@gmail.com> Jun 25, 2020, 11:22:01 AM to sflinlab2020 (31-3)+25=53! 您嘛給我醒一醒…推推推… ___________________________________________________________ Jul 10, 2020, 2:23:30 PM Reviewer#2 名字揭曉! 原來是亭羽JC paper 團隊中，2017年J Exp Medicine的第一作者, 謝謝丹尼爾大大… Distinct Populations of Inflammatory Fibroblasts and Myofibroblasts in Pancreatic Cancer (PubMed […]

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D614G相關

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 (from groups.google.com/News Dashboard) (treasureCollection) News Archives: 05/20 Int J Infectious Dis (Dasman Diabetes Institute, Kuwait City, Kuwait) Could the D614G substitution in the SARS-CoV-2 spike (S) protein be associated with higher COVID-19 mortality? …..Overall, our observation speculates that the S-D614G strains may be more virulent, increasing the severity in infected individuals, especially in Europe where this mutation

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第一份測試po文

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(From google Groups/sflinlab2020) 成功收到第一份 來自 Guest Forum 的測試文。 早上一直找不到「建立群組」按鈕，結果先在 @gmail.domain 建立一個新群組，邀請 @g.ntu加入，就成功了 a reply mail from lab account also works 先到 https://groups.google.com/forum/#!newtopic/sflinlab2020 論壇區發表主題  就可以開始玩… 賴亭羽<b002010033@gmail.com> Jun 23, 2020, 9:17:18 AM to sflinlab2020 玩…網站? 所以要貼主題的意思嗎? SFL<sflin1@gmail.com> Jun 23, 2020, 9:50:31 PM to sflinlab2020 Yes, post whatever you wish to discuss, record, or show-off here.

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The hybrid E/M phenotype of EMT 竟然與 collective migration有關

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Survival Outcomes in Cancer Patients Predicted by a Partial EMT Gene Expression Scoring Metric (PubMed Link)  Jason T George, Mohit Kumar Jolly , Shengnan Xu, Jason A Somarelli, Herbert Levine  Recent experimental and theoretical evidence suggests that cells can be stably halted en route to EMT in a hybrid E/M phenotype. Cells in this phenotype tend

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D614G的最新進展

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被地震嚇醒，然後.. 找到知音了  一整個掃掉被地震嚇醒的擔憂，哈哈哈 原新聞連結如右 tinyurl.com/ya4ydkd3 The D614G mutation in the SARS-CoV-2 spike protein reduces S1 shedding and increases infectivity (bioRxive 06/12)Lizhou Zhang, Cody B Jackson, Huihui Mou, Amrita Ojha, Erumbi S Rangarajan, Tina Izard, Michael Farzan, Hyeryun Choe作者群名字看起來像中國人，其實是USA Scripps Research Institute # (old thought by SFL) 這個點與ACE2結合區離得蠻遠的，看得出來它自成一區，但卻無法猜出分子機轉。另外，D to G 似乎在演化上是理所當然之變… 06/15 原來要這樣講才對… https://youtu.be/Fvd-J1kIOYQ?t=31 # SARS-CoV2 # D614G

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Reviewer 3: It will be nice if you can share the codes… (CAF index MS)

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哎呦我的媽，醜醜的code見得了人嗎? Difference between R MarkDown and R NoteBook NoteBook多一個 .html檔，多麽邪魔 Daniel 太好了! 這一篇有望被接受! 我是安裝Gossamer bioinformatics suite (https://github.com/data61/gossamer)使用裡面的Xenome模組 (https://github.com/data61/gossamer/blob/master/docs/xenome.md) Xenome 我需要給一個workflow的 script file 裡面包含所有指令跟檔案路徑嗎? XenofilteR 應該可以直接給GitHub連結 (https://github.com/PeeperLab/XenofilteR) 對, 可以建立一個github account for this publication. 有兩種方式, 1, 直接fork (像給link, 可以追朔源頭) 別人的project, 2. 另外寫一套流程 python code for pipeline 把別人的程式碼放/包進來, 我之前都是一個個下指令, 沒有寫成腳本script 執行 這是我以前的github account …. :p  https://github.com/danielsu0523 都是直接implement成web application, Epimolas有放在江博士的github上

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Reviewer 3: It will be very useful of you can share your codes…

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哎呦我的媽，醜醜的code見得了人嗎? Difference between R MarkDown and R NoteBook NoteBook多一個 .html檔，多麽邪魔 Daniel 太好了! 這一篇有望被接受! 我是安裝Gossamer bioinformatics suite (https://github.com/data61/gossamer)使用裡面的Xenome模組 (https://github.com/data61/gossamer/blob/master/docs/xenome.md) Xenome 我需要給一個workflow的 script file 裡面包含所有指令跟檔案路徑嗎? XenofilteR 應該可以直接給GitHub連結 (https://github.com/PeeperLab/XenofilteR) 對, 可以建立一個github account for this publication. 有兩種方式, 1, 直接fork (像給link, 可以追朔源頭) 別人的project, 2. 另外寫一套流程 python code for pipeline 把別人的程式碼放/包進來, 我之前都是一個個下指令, 沒有寫成腳本script 執行 這是我以前的github account …. :p  https://github.com/danielsu0523 都是直接implement成web application, Epimolas有放在江博士的github上

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