由 sufang 在 三, 08/10/2011 – 14:54 發表 Older Posts EBV infection EBV Rta NP460hTERT transient lytic 2011/08/10 Lab Meeting 1. The trial of new medium KGM-2 ── comparing with medium DKSFM/EpiLife for culturing NP460hTert: (1) Cells culturing in KGM-2 showed more like triangle shape rather than elongated morphology as seeding in DKSFM/EpiLife. (2) Cells […]
NP460hTERT in KGM2 Read More »
進度報告1. 在HEK293分別做Flag-Luc/ER/KR/gZ的transient transfection 24hrs,a. IP CTCF: 1/6 of IP中, WB CTCF未有band–>用5/6的memebrane check again;5/6 of IP中看到ER (by 467), 微弱的gZ(by 4F10), 未見KR(by Yoshi’s);b. IP Flag: 失敗! 1/20 of IP可見Flag蛋白被IP下來, 但未見CTCF!@WHT建議二抗濃度可再做調整, 讓background更乾淨(e.g. ~100 kD的band)@在TW01系統試試看!@SFL建議在293FT做transfection效果更佳! (plus co-co-co-transfection!)2. 利用ChIP分析TW01TetER_16細胞中, 在Dox induction的狀況下, CTCF所binding的DNA fragment量是否有所改變–>依據Q-PCR結果顯示, input DNA量不穩定, 影響CTCF IP的數值計算; mock(IgG) IP所得DNA量較少, Ct值SD非常大@SFL建議做少一點sample量, IP CTCF和Rta, 並且screen先前擬定偵測的gene GOGOGO! 往PLoS Pathogen邁進!!!
08/03 Lab Meeting-小嬿 Read More »
報告去英國參加EBV研討會的感想 針對我的POSTERDr. Tsao提出以下的問題1. TW01TetEREVp2089是否產生具有感染性病毒顆粒?(目前無)2. 有考慮送入Zta做stable clone嗎?(Rta在epithelial cell內比Zta更能夠活化EBV溶裂期)3. senescence與lytic cycle的關連?(以下簡述SEL在噗浪的發言 謝謝SFL:)Senescence大致分兩類,一種是replicative senescence就是telomere越來越短的”自然老化”; 另一類是oncogene-induced的senescence簡稱OIS.我們Rta造成的senescence屬第二型.) 另外報告1. Dr. Shannon C. Kenny的海報中，提出Na在上皮細胞中會與p53一同誘導lytic protein表現2. Dr. Tsao的海報中，他們建立了HONE1-EBV、HK1-EBV及NP460htert-EBV細胞株，其中前二者可以產出有感染力的病毒顆粒。送入EBV的方式則是用Akata 細胞株進行cell-to-cell contact方式進行，成功送入EBV的細胞會發綠光，再以TPA加以誘導使其進入lytic cycle以產生病毒。還有說明加入TPA，雖然細胞的綠光會變強，但並不表示一定會產生相對應多的病毒。
09/29 LabMeeting ingrid Read More »
1. CTCF是一個疆界蛋白,調控基因體該被轉錄或不該被轉錄的區域。 最近Genome-wide的ChIP-chip或ChIP-sequencing訂出human genome上約有15,000~20,000個CTCF binding sites。2. EBV和KSHV genome也會被CTCF bind,尤其在KSHV的latecny control region及EBV 的Qp都有被報導過。但是,在此次EBV會議中,聽到二組做此實驗的人在討論由Raji cell中所map出來的區域好像頗有差異。所以參考data時要特別注意。3.EBV Rta的recognition site究竟為何?CTCF是個典型Zn finger protein(11個finger), 但是Rta卻不像。
09/29 LabMeeting SFL Read More »
網站在此 (這裡). 開放報名: 3/1~ 5/24, 會議時間: 9/4~9/7. 另外,鑑於上次匆匆忙忙上陣的慘痛經驗,請有意參加者再閱讀一下這篇po文. 謝謝.
Teacher蔡: (1) Fig 1C western 太髒, not qualified for publication (要改進!). (2) EAD clone 88 is a good one for IFA (3) Akata strain 比 B95-8 transforms B cell 能力弱很多. (3) Dox-treated ERKV中 knock-downKR (siRNA),用以證實ER是透過KR做事… (4) ACIF是做好EBNA1 IFA之唯一良藥. (5)淑君的Blood paper中述及primary infection可有Z, R, 一直到VCA. (6)葉醫師的differentiation系統為Sphenoidal sinus, 並未有un-differentiated cells. Teacher陳M.-R.: (1) MA 220 is a good antibody
小嬿Progress Report有感 Read More »
1/21/2010 (Thu) 第一次討論會議Speaker 1-北醫劉景平: Structures of 292, J-30, SAHA etc. One OCH3 group in 292 is enough, two OCH3 increases IC50 from 50 nM to 1400 nM; replace with OH increases IC50 from 50 nM to 500 nM. SAHA is a planer structure, quite stable. SAHA is a pan-HDACi, with uM range. B291 is also
真是不好意思,我又改變順序了1. 回溶HeLaTet (#3、#4)及HONE1Tet2. 測試Bsd在TW03、CGHNK2及Zeo對HeLaTet、HONE1Tet的耐受性3. 293FT用來包pLentiTR6, pLentiFlag-gZ, -cZ及GFP (每種包3個well, 就是半盤6-well plate之意).同時,可否問一下進階業務,”LONZA”有款叫KGM的medium,專門用來養keratinocyte,是否有進一部資料可供參考! 謝謝. ———————————————————-on 12/2/2009 Crazy SFL wrote:哈哈哈, 新年新氣象,這是給YCK和YLC的小禮物。先把手邊的東西忙完後,請著手下面有趣的實驗: Try to establish TW03-TetR, CGHNK2-TetR, CGHNC8-TetR and TW2.6-TetR。 Try to establish Luc, ER and gZ (B95-8 strain) in HONE1Tet, NP460Tet, TW03Tet, CGHNK2Tet, CGHNC8Tet and TW2.6Tet。這裡有個重點就是請再重讀一下原instruction manual, 把induction量弄到和293TetER相可匹配的程度。我們需要步步為營。