April 16, 2014

先致謝一下: UMich的好朋友們、中研院資訊科學研究所林仲彥老師、蘇聖堯同學。 Molas Portal Site (http://molas.iis.sinica.edu.tw/OralCancer/login.php)。 username: OralCancer  password: sufang 對有興趣的基因請先在NCBI_Gene找到gene symbol, 如DDR1, CBX8, COL4A5 etc. 然後按 “Full text search on annotation table” ，輸入gene symbol. 若成功跳出來該筆資料則直接click該gene symbol. 進去後一直拉到最下面即可看到這個基因在7株細胞中的FPKM值! 下圖是DDR1的搜尋結果。 另外、若使用 “Enrichment analysis”，則可以輸入多個gene symbol，一次可同時找多個基因。下圖是輸入FGFR四個gene symbol，做GO analysis所得結果。 大力感謝中研院林仲彥老師、蘇聖堯同學幫忙建立這個Portal Site! 如果各位想要知道心目中的gene在標題所示的七株細胞中表現量為何，請先在NCBI_Gene找到gene symbol,然後貼篇新文在這個blog裡，我們將儘快為您服務! —————-以昨日Jounral Club之內容而言，毛怪若想知道LKB1在口腔癌細胞中之相對表現量為何？HIF1-alpha以及下游的三個基因呢？ 那第一步就是去NCBI找出這些基因的gene symbol, 然後貼個文說想知道這些基因的FPKM (fragments per kilobase of exon per million fragments mapped)。FPKM是RNA-seq用來表示基因表現量的常用方法之一，我們由衷感謝UMich的朋友幫忙做這七株細胞的RNA-seq, 以及中研院合作夥伴幫忙把這些結果灌成一個portal site. […]