1. 著手進行三張tissue microarray的DDR1 staining給分(1) 依顏色深淺給予: 0-3分(2) 依tumor所佔區域大小給分: 0-3分(3) 分部位分開計分 (已完成舌頭, 臉頰)仍需解決的問題是 tumor part的判別~~需要請教別人 並且再多看一些slide 累積經驗希望早日完成計分 並進行統計分析2. 學姊建議整理DDR1相關data, 以利之後的方向
0914 Lab meeting-蔡小丸 Read More »
A. Whether serum is required for Rta-induced senescent phenotype in TW05tetER1. 找出positive control沒有出來的原因。2. 在一直serum free的情況下，dox-induction若有差別，才可以說明serum的重要性。3. SA-beta-gal stain在9天有部分細胞是negative，像Escapee的細胞，也許時間要抓早一點來減少這些細胞的比率。B. 接著先完成以下:To figure out the expression kinetics and stability of EBV Rta inTW05Tet cellsTW05TetER的doubling time，生長曲線。
09/07 Lab Meeting- 小夏 Read More »
1. to observe whether CTCF interact with EBV Rta by Immunoprecipitation assay a) in TW01 inducible cell lines, CTCF and Flag-Rta can not be immunoprecipitated by each other. I also tried Flag beads, which are provided by Sigma, both of Flag-Luc and Flag-ER caught CTCF. I can not prove the interaction between CTCF and EBV
08/31 Lab meeing-小嬿 Read More »
(1) 用IP將KR抓下，用WB(RL2)來確認O-GlcNAc變化程度；經更改IP流程，可以有效率以KR(660) from ICON將KR抓下(ERKV_Dox48h)，但是之後應用於ERKV_shLuc_Dox48h、ERKV_shOGTA1_Dox48h及ERKV_shMGEA5B2_Dox48h，卻效率不佳，以致於後來的RL2及PARP1皆無法辨認。目前持續改進IP流程中。Note:如果是要看KR蛋白質，建議Lysis buffer要加phosphotase inhibitor以避免KR的碎裂。 (2) 關於進行shRNA的Q-PCR，已完成實驗數據。但是分析時，應注意星號的標誌，正確為*p
8/24 Lab Meeting-ingrid Read More »
1. 在HEK293細胞中共同表達KR, S634A/S636A, Luc及不同量的Pin1, 結果發現大量的Pin1會造成KR, S634A/S636A, Luc蛋白量的降低, 由於Luc已知不會與Pin1交互作用, 因此大量Pin1可能部份造成細胞general的影響了。 2. IP結果初步看到, KR及S634A/S636A會被sumo-1所修飾, Luc則沒有, S634A/S636A被sumo-1修飾的能力較差, 但仍需進一步實驗確認sumo-1修飾KR及S634A/S636A所扮演的角色。
8/17 Lab meeting-蔡小丸 Read More »
1. The trial of new medium KGM-2 ── comparing with medium DKSFM/EpiLife for culturing NP460hTert: (1) Cells culturing in KGM-2 showed more like triangle shape rather than elongated morphology as seeding in DKSFM/EpiLife. (2) Cells culturing in KGM-2 had slower proliferation rate (Doubling time:55.4hrs) than culturing in DKSFM/EpiLife medium (Doubling time:36hrs). 2.Different [Ca2+] treatments for
1. 在TW01TetER及TW05TetER上Serum starvation的條件: 6-well種50000-100000 incubate 48h，serum free組與complete medium組相比，serum free組細胞數少，細胞長得細細長長，在細胞數與細胞型態上有差異性。 補充：根據之前flow data (call cycle analysis) 看48小時的實驗，細胞6-well種100000不至於過滿，200000細胞會過滿。所以我偏愛100000 incubate 48h的condition。接著模仿MB教授的實驗方法看看serum (glucose順道一起看)對Rta-induced cellular senescence.的重要性。(Ref） 2. Establishment of TW05-EREV： 結果： (1) PEG濃縮病毒可以提高virus infection的效率（5%至20%, combine TGFbeta可達到30%），而TGFbeta則效果不彰。 (2) 細胞先放大至6-cm dish，再種1000顆細胞至10 cm dish進行G418 selection的過程中細胞便死光。 討論： 從12-well放大不要一下就放到6-cm dish中，建議先至6-well較適當。而G418 selection的步驟應該要在細胞放大時就做，防止沒有病毒的細胞勢力擴大。 若現在手邊的細胞已經沒有綠光的存在了，便重新開始以濃縮病毒的方式感染細胞。
08/10 Lab Meeting- 小夏 Read More »
由 sufang 在 三, 08/10/2011 – 14:54 發表 Older Posts EBV infection EBV Rta NP460hTERT transient lytic 2011/08/10 Lab Meeting 1. The trial of new medium KGM-2 ── comparing with medium DKSFM/EpiLife for culturing NP460hTert: (1) Cells culturing in KGM-2 showed more like triangle shape rather than elongated morphology as seeding in DKSFM/EpiLife. (2) Cells
NP460hTERT in KGM2 Read More »
進度報告1. 在HEK293分別做Flag-Luc/ER/KR/gZ的transient transfection 24hrs,a. IP CTCF: 1/6 of IP中, WB CTCF未有band–>用5/6的memebrane check again;5/6 of IP中看到ER (by 467), 微弱的gZ(by 4F10), 未見KR(by Yoshi’s);b. IP Flag: 失敗! 1/20 of IP可見Flag蛋白被IP下來, 但未見CTCF!@WHT建議二抗濃度可再做調整, 讓background更乾淨(e.g. ~100 kD的band)@在TW01系統試試看!@SFL建議在293FT做transfection效果更佳! (plus co-co-co-transfection!)2. 利用ChIP分析TW01TetER_16細胞中, 在Dox induction的狀況下, CTCF所binding的DNA fragment量是否有所改變–>依據Q-PCR結果顯示, input DNA量不穩定, 影響CTCF IP的數值計算; mock(IgG) IP所得DNA量較少, Ct值SD非常大@SFL建議做少一點sample量, IP CTCF和Rta, 並且screen先前擬定偵測的gene GOGOGO! 往PLoS Pathogen邁進!!!
08/03 Lab Meeting-小嬿 Read More »
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生技醫藥國家型計畫NRPB誠徵生力軍 Read More »