June 30, 2011

1. 修正sonication條件為30″ ON, 30″ OFF, 8 cycles, 利用此條件在TW01TetER_16細胞做ChIP. 初步測試myc primer, PCR條件未達到最好: 1) 跑膠結果有很多用剩的primer或dimer; 2) input量很多, 而IP的量很少, 沒有調整好比例; 3) myc-2和myc-3的product跑2% agarose不漂亮–>end-point PCR 固定template量, 調整input的跑膠量; myc-2 myc-3跑3% agarose gel–>試試Q-PCR條件 2. 利用Thermo fractionation kit分出TW01TetER_16細胞的nuclear extract做IP, WB結果看到CTCF有抓到疑似Rta的band, 但用Flag抗體IP則看不到CTCF.–>將Flag-Luc, ER, KR, gZ送入HEK293細胞中表現24 hrs後收lysate做IP, WB結果看到CTCF可抓到明顯的ER(by 467)和微弱的gZ(by 4F10), 抓不到Luc(by Flag)和KR(by Yoshi’s Ab); 但用Flag IP, 則在四組細胞中都沒有看到CTCF.