June 2011

06/29 Lab Meeting-小嬿

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1. 修正sonication條件為30″ ON, 30″ OFF, 8 cycles, 利用此條件在TW01TetER_16細胞做ChIP. 初步測試myc primer, PCR條件未達到最好: 1) 跑膠結果有很多用剩的primer或dimer; 2) input量很多, 而IP的量很少, 沒有調整好比例; 3) myc-2和myc-3的product跑2% agarose不漂亮–>end-point PCR 固定template量, 調整input的跑膠量; myc-2 myc-3跑3% agarose gel–>試試Q-PCR條件 2. 利用Thermo fractionation kit分出TW01TetER_16細胞的nuclear extract做IP, WB結果看到CTCF有抓到疑似Rta的band, 但用Flag抗體IP則看不到CTCF.–>將Flag-Luc, ER, KR, gZ送入HEK293細胞中表現24 hrs後收lysate做IP, WB結果看到CTCF可抓到明顯的ER(by 467)和微弱的gZ(by 4F10), 抓不到Luc(by Flag)和KR(by Yoshi’s Ab); 但用Flag IP, 則在四組細胞中都沒有看到CTCF.

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To ship RNA sample without dry ice

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2011/06/28 To ship RNA sample without dry ice由 sufang 在 二, 06/28/2011 – 10:19 發表 Older Posts RNA-seq shipping RNA samples This is an old post from sophia at 仲彥老師’s lab (sophia).  2011-06-28There is a new way to preserve samples. In room temperature, not deep freeze in -80C. http://www.biomatrica.com/rnastable_products.php (not working)try this one : tinyurl.com/yasox9n2 The

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生技醫藥國家型計畫NRPB誠徵生力軍

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研究主題: Identification of gene fusions in cancer cells by RNA-seq 1. 碩士級研究助理2. 博士後研究人員 學歷及專長:生物資訊、資訊工程或相關研究系所畢業熟悉perl、python、linux、unix，有分析基因體序列經驗者具備分子生物學、細胞生物學之專業知識者尤佳 工作內容：本計畫含wet-bench及dry-lab兩種性質的工作。合作團隊包括台大癌症研究中心盧彥伸；國衛院癌研所林素芳；中研院資訊科學研究所林仲彥 (工作地點主要在台北；工作待遇依國科會支薪標準，享勞健保)。 應徵碩士級研究助理請下載並填妥此頁問卷;應徵博士後研究人員請下載並填妥此頁問卷。 應徵方式：請將 (1) 履歷與填妥之問卷 (2)二位以上推薦人之連絡資料 (3)最高學歷論文摘要，逕寄蘇玉芬小姐(suyufen7011@gmail.com) 或是郵寄至『100台北市中山南路七號台大醫院腫瘤醫學部 』。 資料審查通過者則安排進行面談，資料恕不退件。面談時間及地點將以e-mail或電話通知。

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6/22 Lab Meeting-ingrid

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(1) 以shLuc、shOGT、shMGEA5的lentivirus (稀釋倍數1/8) 送入ERKV (6×10^5/2ml/well/6well*6) 中，48小時後加Dox，再48小時收細胞計數螢光比例(第4次實驗)。發現綠螢光的細胞佔全部細胞約80-85%；紅螢光的細胞佔綠螢光細胞約30%(Dox)、5-10%(NC)、30%(shLuc)、40-50%(shOGT-A1)及65-70%(shMGEA5-B2)。收lysates進行WB確認。且用IP將KR抓下，用WB(RL2)來確認O-GlcNAc變化程度。 (2) 進行Q-PCR檢查送入shOGT的293FT細胞樣本中，MGEA5的mRNA是否有減少，反之亦然。由於結果無法排除off-target作用，進行或重複實驗以確認。(3) TW01TetLuc有2株clones及TW05TetLuc有8株clones進行IFA (Flag Ab) 確認。由於背景值太高，無法確定是否有Luc蛋白質表現，故進行WB以確認。

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徵人啟示草擬

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6-19-2011 生技醫藥國家型計畫NRPB誠徵生力軍 研究題目: Identification of gene fusion in cancer cells by RNA-seq 1. 碩士級研究助理 2. 博士後研究人員 學歷及專長：(1) 生物資訊、資訊工程或相關研究系所畢業。熟悉perl、python、linux、unix，有分析序列經驗者尤佳 (2) 具備分子生物學、細胞生物學之專業知識與操作經驗 (3) 兼具上述二項條件者。 工作內容：本計畫含wet-bench及dry-lab兩種性質的工作。合作團隊包括台大癌症研究中心盧彥伸；國衛院癌研所林素芳；中研院資訊科學研究所林仲彥 (工作地點主要在台北；工作待遇依國科會支薪標準，享勞健保)。 應徵碩士級研究助理請下載並填妥此份問卷; 應徵博士後研究人員請下載並填妥此份問卷。 應徵方式：請將 (1) 履歷與填妥之問卷 (2)二位以上推薦人之連絡資料 (3)最高學歷論文摘要逕寄林素芳 (sflin1@gmail.com) 或是郵寄至『350苗栗縣竹南鎮科研路35號 癌研所 林素芳』收. 資料審查通過者則安排進行面談，資料恕不退件。面談時間及地點將以e-mail或電話通知。 ———————————————— 6-2-2011 NRPB計畫誠徵生力軍 1. 博士後研究人員一名 2. 碩士級助理一名 3. 博士班學生一名 研究題目: Identification of gene fusions in cancer cells by RNA-seq

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BrCA Reading Notes

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05-14-5 pm也就是說GR+DEX 本可活化一些和invasion/migration相關的 genes (in 231), 而有ER的細胞如MCF7則抑制了這些功能。Therefore, next time you should look fora. DEX and metastasisb. ER-mediated repression of metastasisc. combine both a and b. I compiled all the YSL-related NSC grants in “大家的國科會”I compiled steroid, glucocorticoid, dexamethasone, 鄭醫師國科會in “GR and ER”.———————————05-14-3pm1. steroid biosynthesis vs. steroid hormone (progesterone, androgen, estrogen and cortisone)2. Dexamethasone (Dex) is

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0615 Lab meeting-蔡小丸

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1. 再次整理Pin1對於K-RTA的影響, 結果顯示Pin1會結合至K-RTA 並且影響K-RTA之穩定性, 而Pin1結合至K-RTA是經由其WW domain, 且isomerase activity也貢獻於pin1與K-RTA之交互作用2. 此外, S634A/S636A被anti-MPM2結合的能力較差, 表示S634/S636可能是Pin1所結合的位點3. Pin1對於K-RTA活性的影響 則尚未釐清4. 完成oral cancer tissue array (OR2081)的DDR1染色

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TW01TetER相關

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(AC503, Ingrid, 2010-05-18) 6-well plate format (200K/well = 100K/ml)(1) No Dox control of both cells grew similarly before Day4, doubling time約為24h(2) #7 continued to grow between Day 4 and Day 7(3) #19 stopped to increase after Day 4 (猜測是第三天換 medium時同時移掉 死細胞)(4) YLC 將Day 8細胞拿來做SA-b-Gal staining,是positive, 但比例不詳 (AC 263 小夏) 6-well plate format (200K/well = 100K/ml)

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