有獎徵答
為了讓下一週以及未來充滿希望,這裡提供一份有獎金的實驗:第一個篩到239TetER_MaxiEBV的人可獲得新台幣2,000元。意者請留言《10/31截止報名》。謝謝。並祝大家週末愉快!
Sample ID (182240):A(Luc48)B(Luc24off24)Luc小丸子C(ER48) D(ER24off24) ER小蓮 (p11)E(KR48) F(KR24off24) KR小丸子(p4)G(EV48) H(EV24off2) EV小嬿I(KV48) J(KV24off24) KV小蓮 (p8)各細胞maintain者在星期五種三個10公分盤(2.5~3M),隔週週一,每種細胞seed兩個6孔盤(0.5M/well)培養在不含藥的tet-free medium中。週二全部加dox。週三取一盤6孔盤做wash-off步驟。週四收細胞(五格for RNA,一格for protein)。小丸子負責三個重複中的第一組,Ingrid負責三個重複中的第二組,小蓮負責三個重複中的第三組。哪一組細胞送抽RNA做microarray呢?把30個protein sample先抽好做flag,p21,KbZIP, EA-D等測試,看induction及wash-off情形再定。因為要抽RNA,所以所有細胞harvest下來後均勻拍散,全部先放進-80C冰箱待用。5M細胞約可抽出50ug RNA,而我們的需要量是3~5ug左右。——————————————————————————————–2008/10/16 SFL wrote:Purpose: To analyze transcriptome changes modulated by R. (餘略)
Sample ID:A(Luc48)B(Luc24off24)C(ER48) D(ER24off24)E(KR48) F(KR24off24)G(EV48) H(EV24off24)I(KV48) J(KV24off24) 預計流程(可再議)各細胞maintain者在星期五種三個十公分盤細胞在含藥培養其中,分別為Monday(2M),Tuesday(1.5M), Wednesday(1M)。隔週週一,取Monday盤細胞,種兩個6孔盤(0.5M/well)培養在不含藥的tet-free medium中。週二加dox,週三取一盤6孔盤做wash-off步驟,週四收細胞(五格for RNA,一格for protein)。這是三個重複中的第一組。三個重複中的第二組:週二取Tuesday盤細胞,種兩個6孔盤(0.5M/well)培養在不含藥的tet-free medium中。週三加dox,週四取一盤6孔盤做wash-off步驟,週五收細胞(五格for RNA,一格for protein)。三個重複中的第三組:週三取Tuesday盤細胞,種兩個6孔盤(0.5M/well)培養在不含藥的tet-free medium中。週四加dox,週五取一盤6孔盤做wash-off步驟,週六收細胞(五格for RNA,一格for protein)。哪 一組細胞送抽RNA做microarray呢?把30個protein sample先抽好做flag及p21測試,看induction及wash-off情形再定。因為要抽RNA,所以所有細胞harvest下來後均勻拍 散,全部先放進-80C冰箱待用。5M細胞約可抽出50ug RNA,而我們的需要量是3~5ug左右。——————————————————————————————–2008/10/16 SFL wrote:Purpose: To analyze transcriptome changes modulated by R. Fact1: Treatment of TetER for 24h, remove dox, ER is depleted in 24h.Fact2: Treatment of TetKR for 24h, remove dox, KR is depleted in 24h.Fact3:
10/23/2008 SFL wrote: 已安全過關,謝謝大家配合演出。改進事項: 1.藥品間貼上”毒性化學物質運作場所”之大紅長條標籤(警示來客用)。 2.確實知道沖洗眼睛,緊急淋浴拉環,滅火器所在地點與操作方法。 3.MSDS 是化學藥品的身分證。做什麼用呢?中毒時解毒用。所以有毒的東西MSDS一定要印出來。現在實驗室內有哪幾樣是絕對要有身份證的呢?甲醛,氯仿,丙烯醯 胺,鹽酸,丙酮(acetone),乙酸酐(glacial acetic acid)。新款16項樣式的MSDS在這裡下載。其餘藥品的MSDS在與其它實驗室商量過後再說。以後丙烯醯胺要有使用登記記錄,我建議每二週輪報大meeting時登錄一下。三個月後考慮改為由化安負責人每個月登記一次即可(要跟他們嗆說每天吃飯,久了之後就知道一家子多久該添一次米,不需要每天報告)。謝謝。 4.拖盤,急救箱待購。臨檢時間日期待查。垃圾丟棄方式協調統一中,有任何好點子請隨時不吝分享(這時…北海小英雄搓搓鼻子,靈活眼珠子轉了一下,說了一聲”有了!”)。 5.雖然不舒服,日後操作實驗時還是請大家盡量穿著實驗衣,保護自己。另外,嚴禁飲食(沈重肅然地在說…)。
這一篇/2001是講以三種不同方法induce EBV lytic replication,發現EBV lytic cycle會protect host cell from apoptosis。這一篇/2003則是講一個Zta的inducible B95-8做lytic replication時,細胞雖停在G0/G1,但卻測得到高量的S-phase cyclins。然後呢,這些S-CDKs和immediate-early gene expression還有相關(2004)。Nitrosamine會增加S期的paper則要請問勝彥或phil。
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有空要多留言喔,告訴我們你很威風(或是相反)。分發時抽到能幫助你成長的籤。吃到不好吃的食物就立刻回想起在這裡的種種negative controls。志玲姐姐改走勞軍路線、胃疼不藥而癒、前途光明燦爛!
隨著醫療的進步,台灣的人現在都比較高壽,所以癌症成為死亡的主要原因是一個必然的現象。好比一棟房子我們住60年以上,它產生壁癌漏水的機率就比只住 30,40年的高許多。臨床上就有好多例子發現因其它原因死亡的人, 死後解剖時發現體內也有許多腫瘤細胞。 美國國家癌症研究所訂了一個目標, 就是在2015年以前,癌症要成為是一種可以治癒的疾病。這個目標是很有希望達成的。目前我們對產生癌症主要成因,較確定瞭解的有幾項:第一是遺傳性,例如某些特別類型的乳癌,大腸癌,血癌。第二類型是感染性,好比說病毒,寄生蟲,細菌的長期慢性感染,而引起的發炎性癌症。第三類是接觸到化學性與物理性致癌物質。在台灣最顯著的例子就是嚼檳榔。另外吸煙、酗酒和接觸到高劑量的幅射線等,也是罹患癌症的高危險因子。這些因子相互之間還會有加成作用。 反過來說, 另一方面, 心情較為開朗,作息時間正常, 身體體重沒有過度超重,整個免疫系統佳的人確實罹患癌症比率較低。 做為一個學佛的人,有二點要跟大家分享。第一是說不要有一種心態說 “啊,菩薩怎麼沒有保佑我”“啊,真是丟臉,講出去人家會笑我說沒有修行才會得癌症”或是說“吃素怎麼也會得癌症?”這些觀點都有待商榷。癌症是細胞生長調節出了問題所生的一種病,以後找到能夠把它調節回來的方法後,會變成像現在的一些慢性病、或是感冒變這一類成為可以調控的疾病。那在那一天還沒到來之前, 我們可以把它當做是一種,預知時至的方法、預知我們還有多少時間要走完這段人生旅程。千萬不要自我譴責或是對修行失去信心。第二點是用慚愧、包容的心來看待癌細胞。這個觀念是從長庚大學楊定一博士那裡學來的, 覺得很受用。好歹這是我們自己經營出來的細胞, 好像是有好小孩、比較壞比較自私自利的小孩吧。但都是我自己養出來的啊。包容它們吧,慚愧過去沒有好好教導它們,不要與之對立,不要把癌細胞當做壞人,學習共處、安忍。能這樣想,至少在心理方面會比較安定。我要分享的就是這些。謝謝各位菩薩,阿彌陀佛。
RNA Polymerase II Pausing 的延伸閱讀歷史背景介紹(before 2005):1986年Lis實驗室首先發現以chromatin immunoprecipitation (ChIP)偵測RNA Pol II在果蠅Hsp70 promoter(hsp70)的結合位點時,發現雖然還未被heat induction,但hsp70上卻已有Pol II binding.他們進一步以KMnO4 footprinting和nucear-run等解析度較高的技術算出,在未被heat shock的hsp70上 面Pol II結合位點集中在transcription start site下游20~50 nt附近(+20~50).這種RNA Pol II停在+1下游40 nt左右,而且不再往前polymerization的狀態稱為promoter-proximal pausing.因為hsp70被heat shock後transcript的合成的上昇速率高達100~1000倍之多,因此當初認為這應該僅僅是少數的特例之一.在mammalian cell中較為熟知的類似例子有三,分別是c-myc (1992), c-fos(2006), 和junB(2006). Pausing 的另一種含義是elongation受阻,在in vitro實 驗中發現,若加入positive transcription elongation factor b (P-TEFb)那pausing的現象可被大幅解除.P-TEFb是由cyclinT1和CDK9組成.其中CDK9扮演的角色就是 phosphorylate停滯在promoter-proximal pausing上的三種成份:(1)Pol II CTD上的Ser5 (不知道是不是52個repeat上的S5都會被modify) (2)negative elongation factor-DSIF(磷酸化後的DSIF反而變成positive ELF,會與Pol II緊密結合在一起,直到做完transcription後,一起跳海) (3)另一個negative ELF complex叫NELF(由A,B,C/D,E四個subunit組成,磷酸化後的NELF會掉下來,是一個正港的negative elongation factor!) 病毒界有兩個蛋白質是透過與CDK9結合/增加Pol
深思熟慮的Pol II (10/13 更新) Read More »
2006/10 Molecular and cytogenetic changes involved in the immortalization of nasopharyngeal epithelial cells by telomerase (the link to NCBI) 2008/10/10 這一篇.所以送EBV進入NP460h-hTERT不就等同於把EBV關禁閉? Dr.George Miller有篇在J.Virol.Methods(2006)的文章,看起來像是一位MD/PhD的學生做的。他以兩位IM病人血清(富含各種anti-EBV抗體)去分離經NaB處理過的P3HR1(HH514)細胞。分什麼呢?分那些在走lytic cycle和不被NaB活化的HH514。分下來後的細胞再送回去petri-dish養。結果發現走lytic cycle的細胞無一存活、而沒有induce的細胞可以再被養回來,而且induction rate隨著時間增加而增加。很有意思的一篇文章。George大學是學歷史的,非常會寫文章,邏輯性很強而且要言不贅,讀他的paper總覺得能做science真好。 2010/02 MTA_Signed_LinSF_NP460hTERT 2010/08 Epstein-Barr virus infection in immortalized nasopharyngeal epithelial cells: regulation of infection and phenotypic characterization (the link to NCBI) 2012/06 AC944 Primary infection of akata-EBV in NP460hTert
Primary infection of EBV in keratinocytes – the history Read More »